冠状病毒测序

在基本级别，诊断测试有助于临床医生管理患者，传染病监测需要管理人群。

诊断测试为个体患者提供重要的是/否答案，以便提供适当的管理。

监视帮助公共卫生官员跟踪流行病的路径，了解传输路线，执行联系跟踪，确定病毒演化的速度，并了解病毒是否正在改变可能影响诊断或治疗效果的方式。

NGS可以在事先不了解病原体的情况下对患者样本中的新病原体进行无偏检测。

传染病检测的一个关键挑战是，许多微生物，包括病毒，导致人类呼吸系统、消化系统和其他疾病，尚未被研究和鉴定，因此无法通过PCR等有针对性的方法进行了解或检测。PCR检测的发展需要对病原体基因组的了解。NGS在发现这些未知的新病原体方面起着关键作用；由此产生的基因组序列可用于开发常规检测，如PCR，以帮助临床医生管理患者。

NGS可以用来追踪病原体基因组的进化，以帮助公共卫生官员监督感染扩散，并确定在群体水平最佳的隔离计划。来自不同患者的测序的病毒随着时间的推移可以确定病毒进化的速度和地址的病毒是否在可能影响致病性以及诊断或治疗效果的方式发生变化。PCR是用来检测病原体基因组的特定区域的存在和整个快速发展的病原体的基因组将无法识别新的基因突变。此外，如果突变发生在引物或探针结合区PCR性能会受到影响。

流行病学家可以利用NGS研究全球患者样本中的病毒基因组突变。他们可以利用这些信息建立一个基因树（或图谱），以指示患者之间的传播路径。由于病原体的遗传相似性而形成的集群属于同一传播链内的患者。这些传播链使公共卫生官员能够快速确定病原体来源，追踪疫情路径，了解传播途径，并告知适当的遏制措施。

一种鸟枪宏基因组学工作流支持对新物种和已知物种进行排序。在涉及未知病原体的暴发期间，经常使用多种分子诊断试验；这可能会导致不必要的费用和鉴定病原体的延误。鸟枪宏基因组学可以作为一种单一的综合筛选分析，用于鉴定和表征病原体。这一研究工作流程有助于加快疫情调查，并支持为大规模筛查工作开发新的实验室测试。

一旦一种病原体如SARS-CoV-2被确定，一种目标富集工作流可以提供检测病毒所需要的高灵敏度，并提供有关其流行病学和演变信息。这些信息可以帮助研究人员优化感染控制策略，包括监测时，它是可以接受的逐步降级隔离机制，并继续在疫苗的开发正常活动和援助。

这些使用Illumina测序的互补工作流程可以与传统检测方法一起执行，并集成到全面的疫情应对模型中。

这呼吸道病毒寡核苷酸面板包括7,800个探针序列序列伴呼吸道病毒，最近的流感菌株，SARS-COV-2和其他冠状病毒，以及人体探针，以充当阳性对照。这些探针是80-MEL寡核苷酸，非常靠近地间隔开，提供面板中所有病毒的全基因组覆盖。小组中病毒表：

目标富集是一种通过杂交捕获感兴趣的基因组区域以靶向特定生物素化探针的重新测序方法。通过混合捕获方法实现的目标富集允许高灵敏度检测，因此不需要高读取深度。此外，靶标富集NGS工作流程允许靶标接近完整的序列数据，并为病毒进化或病毒监测打开了变异分析等应用程序。

或者，扩增子测序通过识别病原体基因组的特定区域来检测样本中目标病原体的存在。这种方法不能在快速进化的病原体基因组中识别新的突变(如病毒进化或病毒监测研究所需要的)。

靶标富集NGS工作流程允许获得靶标的几乎完整序列数据，并为冠状病毒进化或病毒监测研究提供了变异分析等应用。与其他靶向重测序方法（如扩增子测序）相比，通过混合捕获富集允许显著更大的探针板和更全面的靶区轮廓。此外，用于杂交捕获协议的寡聚物探针即使在高度致突变区域（这对于基于扩增子的分析（如qPCR）来说可能是困难的）内仍然有效，允许针对快速进化的病毒（如RNA病毒）。

一旦鉴定了SARS-COV-2冠状病毒等病原体，扩增子测序可以提供成本效益，快速，可扩展的病原体检测。当用作普通全基因组测序诊断方法时，它允许更广泛的目标覆盖，使其易于突变效应。对于研究，病毒全基因组测序可用于监测病毒突变并允许系统发育分析。

一旦鉴定了SARS-COV-2冠状病毒等病原体，就通过检测不同样品发现的完整基因组和基因组突变，提供高灵敏度检测与流行病学信息相结合。这些信息有助于定义传输的流行病学，并可以帮助公共卫生官员优化感染控制策略。

的Illumina公司呼吸道病毒寡核苷酸面板扩展检测到〜30个呼吸道病毒系列，并允许研究人员与面板中的其他病毒一起研究相同感染。

以扩增子为基础的NGS检测包括用于检测SARS-CoV-2病毒RNA的2019-nCoV引物。

我们建议您访问我们的初学者的NGS网页部分。

参观我们的排序平台页面探索我们的投资组合。定序器的选择取决于您最常使用的方法。请参阅上面的工作流程，了解哪些序列仪是最佳的方法。