利用NGS进行基因组监测可以跟踪传染病传播,并识别新型冠状病毒毒株和其他新出现的病原体。有了接近完整的病原体基因组序列数据,我们可以实施有效的传染病监测策略,以防止进一步的传播和感染。
利用下一代测序技术(NGS)进行传染病监测可以:
基因组监测有助于公共卫生官员跟踪流行病的传播路径,进行接触追踪,确定病原体进化的速度,并了解病原体是否正在以可能影响诊断或治疗效果的方式发生变化。
NGS是一项有价值的传染病基因组监测技术,如COVID-19。与PCR技术不同,NGS不仅可以跟踪冠状病毒突变株的流行情况,还可以识别新型冠状病毒突变。利用NGS,科学家可以检测低频少数变异、多重多态性和新突变。
随着冠状病毒的变异,新毒株也不断进化,如B.1.1.7 (Alpha变种,英国)、B.1.351 (Beta变种,南非)、P1 (Gamma变种,巴西)和B.1.617.2 (Delta变种,印度)。监测和监测是至关重要的,因为突变可导致更大的传播性或传染性。这些冠状病毒突变可能会降低疫苗的有效性/保护性,甚至逃避检测诊断。
用NGS进行全基因组菌株分型可以帮助流行病学家快速识别和描述突变,以防止进一步传播。毒株级追踪可支持确定疫情集群和传播途径。
相比之下,PCR被设计用来检测病原体基因组的特定区域;它不会在快速进化的病原体基因组中识别新的突变。此外,如果引物或探针结合区域发生突变,PCR性能可能会受到影响。
从第52:31分钟开始,感染和冠状病毒突变影响方面的权威查尔斯·邱博士讨论了病毒变体。其中包括在英国引起疫情激增的B.1.1.7菌株;和B.1.351,首次在南非报告。
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据估计,高达75%的新发或新发传染病源于人畜共患疾病。1、2我们现在知道,人畜共患宿主对病原体的传播具有重要意义。利用NGS,有可能对蝙蝠等储层动物进行筛选,以预测和预防病毒病原体的爆发。
利用基于ngs的目标强化或宏基因组学进行传染病监测,可以帮助我们了解种间传播,了解人畜共患疾病是如何出现、传播和对常见疗法产生耐药性的,并使我们能够更好地控制、治疗和预防疾病爆发。
靶向富集测序可以扩大规模,以监测人畜共患病原体,而宏基因组学的基因组监测可以对大量病原体进行无偏倚、免培养的检测和鉴定。宏基因组学还帮助我们了解微生物群和病原体相互作用之间的关系,这在设计控制传染病的措施时非常重要。
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