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传染病监察

识别和跟踪传染病威胁

利用NGS进行基因组监测可以跟踪传染病传播,并识别新型冠状病毒毒株和其他新出现的病原体。有了接近完整的病原体基因组序列数据,我们可以实施有效的传染病监测策略,以防止进一步的传播和感染。

利用下一代测序技术(NGS)进行传染病监测可以:

  • 追踪全球传染病的传播途径
  • 确定冠状病毒等病原体在传播过程中发生变异的速度
  • 在冠状病毒、甲型和乙型流感等病原体中识别新的和已知的突变
  • 研究传染病治疗耐药性
  • 调查逃避疫苗机制

基因组监测有助于公共卫生官员跟踪流行病的传播路径,进行接触追踪,确定病原体进化的速度,并了解病原体是否正在以可能影响诊断或治疗效果的方式发生变化。

检测和描述冠状病毒突变

检测和描述冠状病毒突变

NGS是一项有价值的传染病基因组监测技术,如COVID-19。与PCR技术不同,NGS不仅可以跟踪冠状病毒突变株的流行情况,还可以识别新型冠状病毒突变。利用NGS,科学家可以检测低频少数变异、多重多态性和新突变。

随着冠状病毒的变异,新毒株也不断进化,如B.1.1.7 (Alpha变种,英国)、B.1.351 (Beta变种,南非)、P1 (Gamma变种,巴西)和B.1.617.2 (Delta变种,印度)。监测和监测是至关重要的,因为突变可导致更大的传播性或传染性。这些冠状病毒突变可能会降低疫苗的有效性/保护性,甚至逃避检测诊断。

用NGS进行全基因组菌株分型可以帮助流行病学家快速识别和描述突变,以防止进一步传播。毒株级追踪可支持确定疫情集群和传播途径。

相比之下,PCR被设计用来检测病原体基因组的特定区域;它不会在快速进化的病原体基因组中识别新的突变。此外,如果引物或探针结合区域发生突变,PCR性能可能会受到影响。

COVID-19:新变种的影响

从第52:31分钟开始,感染和冠状病毒突变影响方面的权威查尔斯·邱博士讨论了病毒变体。其中包括在英国引起疫情激增的B.1.1.7菌株;和B.1.351,首次在南非报告。

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传染病监测网络研讨会

用于SARS-CoV-2检测和监测的NGS

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基因组学在全球COVID-19监测中的作用

加入变革者、思想领袖和行业塑造者,讨论基因组学在传染病监测中的作用。

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用于疾病和AMR检测的靶向富集

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冠状病毒基因组监测流程

主打产品

NovaSeq试剂盒

NovaSeq 6000系统的试剂包为簇生成和SBS提供了即用的粉盒试剂。

NextSeq 550系统

灵活的NextSeq 550系统提供了高通量测序和阵列扫描之间的无缝过渡。

NextSeq 2000

突破性的台式测序仪允许您探索各种当前和新兴应用的新科学,具有更高的效率和更少的限制。

播客:SARS-CoV-2的基因组监测和测试
威尔康奈尔医学院的Christopher Mason描述了他应对COVID-19检测和监测迫切需求的多层面方法。他还讨论了他最近的《自然》杂志论文包括使用组学方法研究COVID-19宿主反应和药物相互作用。
预防下一次大流行

预防下一次大流行

据估计,高达75%的新发或新发传染病源于人畜共患疾病。1、2我们现在知道,人畜共患宿主对病原体的传播具有重要意义。利用NGS,有可能对蝙蝠等储层动物进行筛选,以预测和预防病毒病原体的爆发。

利用基于ngs的目标强化或宏基因组学进行传染病监测,可以帮助我们了解种间传播,了解人畜共患疾病是如何出现、传播和对常见疗法产生耐药性的,并使我们能够更好地控制、治疗和预防疾病爆发。

靶向富集测序可以扩大规模,以监测人畜共患病原体,而宏基因组学的基因组监测可以对大量病原体进行无偏倚、免培养的检测和鉴定。宏基因组学还帮助我们了解微生物群和病原体相互作用之间的关系,这在设计控制传染病的措施时非常重要。

yobet亚洲亚博官网人口了解更多:

目标浓缩

宏基因组测序

更多传染病监测应用

食品监督

微生物全基因组测序可以获得病原体从食物传播到人类的所有遗传变异信息。我们能描述的变异越多,找到感染源和传播途径的可能性就越高。

病毒监测

目标富集使用杂交捕获感兴趣的基因组区域。这种方法可以提供检测病毒所需的高灵敏度,并提供有关其流行病学和进化的信息。

呼吸道感染监测

这些小组为包括COVID-19和流感在内的呼吸道病原体和呼吸道病毒检测和表征提供了靶向富集测序解决方案。

监测人畜共患水库

鸟枪宏基因组学能够对人畜共患样本中完整微生物群落的DNA进行测序,包括新物种和已知物种。测序结果可用于了解AMR基因的出现、进化、传播和物种分布。

医疗获得性感染监测

基于ngs的细菌基因组测序配合用户友好的bioMérieux软件,可以进行全面的分离鉴定和表征。

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污水基因组测序检测区域流行的SARS-CoV-2变体
需要大规模的基因组监测,以便在早期时间点发现新出现的毒株
通过监测和探测捕获的NGS发现蝙蝠冠状病毒

相关解决方案

冠状病毒测序

NGS可以表征SARS-CoV-2和其他呼吸道病原体,识别新型病原体等。比较常用冠状病毒研究的NGS方法。

冠状病毒的软件

用于检测和识别病毒序列的软件工具,检查COVID-19宿主反应,并将发现贡献给共享数据库。

COVID-19宿主风险与免疫反应

方法询问宿主遗传变异和概况分子机制,驱动免疫反应。

参考文献