2016年2月2
在许多亚洲文化中，一种长期被认为是幸运和繁荣象征的濒临灭绝的鱼被成功测序，揭示了它的进化史，并为在野外重建创造了希望。亚洲龙鱼，也被称为“龙鱼”，因为它与中国的龙相似，属于一个古老的鱼类家族，是在东南亚的河流中发现的一种受欢迎的观赏鱼类。
来自马来西亚莫纳什大学的研究人员希望通过追溯其族谱来了解鱼类的进化以及最原始鱼类之间的关系。通过使用Illumina的HiSeq2000，他们能够快速且经济地生成一个全面的DNA序列数据集和一个健壮的基因组组装。这是马来西亚首次对鱼进行测序。研究结果发表在基因组生物学与演化杂志。
马来西亚莫纳什大学的克里斯·奥斯汀教授和他的团队破译了这种濒危淡水鱼的基因组，并讨论了他们的研究对该国鱼类研究的重大影响。
你研究鱼序列的目的是什么?
在项目开始时，只有20种已知的鱼类的全基因组序列可用，这些鱼类要么是研究的模式物种(如斑马鱼)，要么是常见的商业物种，如罗非鱼、鲤鱼和鲑鱼。亚洲龙鱼是进化生物学家感兴趣的，因为它是保护关注和商业利益的主题，特别是在马来西亚。
马来西亚大学和马来西亚的研究人员首先对马来西亚鱼类进行基因组测序，这对马来西亚研究团体来说非常重要，因为这不仅有助于深入了解这个古老的物种，也有助于了解其复杂的分类学和高商业价值。
您在高情商2000的工作经验是什么?
这项技术运行良好，满足了我们所有的期望，成为我们在莫纳什大学测序的第一个动物物种。与用于海量数据生成的其他下一代测序技术相比，Illumina的技术速度更快、操作更简单、精度(高Q30)和一致性更强。
你能描述一下Illumina的技术是如何让你的团队进行这项研究的吗?
Illumina Hiseq技术的低成本使我们能够在没有大量金融投资的情况下获得Arowana基因组的足够覆盖率（60倍）。这很重要，然后我们可以将资金渠道到项目的后续阶段，例如生物信息学分析。该技术是我们在启用研究中的研究的一个组成部分，并最大限度地提高了研究基金利用效率。拥有亚罗瓦纳基因组序列已经有助于我们设计新的研究，以根据部分基因组扫描在其广泛的地理范围内测量亚罗瓦纳人群中的遗传多样性。这将有助于解决分类学问题，并确定可能需要特别保护注意的不同群体。
你的发现对整个物种有什么影响?
巨大的!龙鱼属于最古老的鱼类谱系之一，这项研究有助于解决哪一种鱼类是最古老的鱼类谱系的问题——龙鱼群和鳗鱼群。该物种是重要的保护对象。它被列为濒危物种国际保护性的国际联盟红色名单。
人类活动造成的生境退化是目前东南亚龙鱼生存的主要威胁。龙鱼的主要栖息地正在消失，淡水沼泽已经变成了农田，河流流经的森林已经被砍伐，变成了种植园。根据占用面积、发生范围、栖息地质量和开发水平的下降，该物种被评估为濒危物种。
体型大、色泽鲜艳，是世界上最珍贵的观赏树种之一。金色和红色尤其受重视。高质量的鱼可以卖到几千美元。仅在马来西亚，出口业的价值就超过5000万美元，每年生产20多万条鱼。
以龙鱼基因组资源为基础的新的测序研究已经在进行中。这有助于探索与性别决定、颜色表现型的遗传基础和商业种群的遗传状况有关的重要问题，因为它们可能根据农民的育种实践显示近亲繁殖或种群混合的证据。
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