2020年2月13日
作者:Michael Oberholzer博士和Phil Febbo博士
概述
严重的急性呼吸综合征冠状病毒SARS-COV-2
(2019 - ncov)爆发是一个重要提醒，全球社会必须加强国家和国际计划的早期检测和对未来疾病爆发的反应。在Illumina，我们将继续确保员工的安全，同时鼓励我们的全球员工劳动力技能和专业知识作为资源，以协助遏制和控制爆发。此外，Illumina还将我们的技术提供给中国卫生当局，我们已准备好支持全球的类似应用和策略，以改善检测，并加强我们对SARS-COV-2的流行病学，进化和毒力的跟踪。
测序在病毒爆发中的作用
对新病毒进行测序有助于消除对未知的恐惧，通过定义病毒基因组序列进行解剖和解释。在我们向世界卫生组织(世卫组织)提交第一次SARS-CoV-2报告的头两个月1现代技术已经确定了该病毒的特征，对其全基因组进行了测序，yobet亚洲并开始在短时间内描述该病毒的遗传进化。
- 1月24日，第一个SARS-COV-2基因组在新英格兰医学杂志上发表。2据我们所知，这是首次在向世卫组织报告第一例病例后如此短的时间内公开获得一种新型感染源的完整基因组。
- 截至2月7日，已通过“共享所有流感数据全球行动”(GISAID)和GenBank共享了80多个SARS-CoV-2基因组，这将促进研究，以了解新病毒的起源、流行病学和传播途径，并促进诊断和治疗策略的制定。3.早期了解SARS-CoV-2的基因组，为了解病毒传播的动态和受影响的应对策略提供了前所未有的视角。
今天已知的是什么——从测序中获得的见解SARS-COV-2基因组
在报告后不到60天内，全球科学家就知道了该病毒的可能来源，它与已得到更好理解的相关病毒的相似程度，以及可能适用的治疗方法。
对现有基因组信息的分析表明，SARS-CoV-2与一种已知的蝙蝠类冠状病毒关系最密切，这表明蝙蝠可能是其来源。3,4.SARS-COV-2基因组序列之间的低差异可用，2019年11月至12月的人口最近出现的点，并在初始人类感染后快速检测。3,4.相关SARS-COV-2感染的簇表明人对人类传播和进一步的病毒演化。基于测序数据的分子建模揭示了临界SARS-COV-2表面蛋白的多样性，与闭合相关的蝙蝠冠状虫（仅为75％相同），可能表明适应人体宿主中的生命的机制。4.这种表面蛋白的多样性也对潜在的疫苗策略有影响，因为基于同源表面蛋白的SARS疫苗概念可能对SARS- cov -2无效。5.
虽然这是爆发的早期，但没有可用于治疗SARS-COV-2的特定药物。SARS-COV-2与病毒药物靶标中的相关SARS-COV之间存在高序列保存，例如蛋白酶和聚合酶。3,6这表明对SARS-CoV蛋白酶和聚合酶具有活性的抑制剂可能对SARS-CoV-2中的同源酶具有活性。4.
史无前例的全球合作来遏制和控制SARS-COV-2爆发 - 许多第一步
SARS-CoV-2基因组的序列也使基于聚合酶链反应(PCR)的诊断技术得以发展，这种技术可被带到第一线，并用于快速识别受感染者。亚博下载app这些测试对于患者管理和发病率跟踪都是必不可少的，因此性能必须高度准确。Illumina之前报道了中国公共卫生部门的努力，他们迅速开发了基于pcr的检测和基于确定测序的方法，以了解从武汉地区和全国范围传播的病毒。就在上周，美国疾病控制中心(CDC)和食品和药物管理局(FDA)也快速开展了SARS-CoV-2 PCR诊断小组的工作。FDA发布了紧急使用授权，使CDC的试剂能够部署到美国各地的实验室。在欧洲，欧洲疾病控制中心(ECDC)也建议对SARS-CoV-2进行pcr检测。
来自非洲的报告表明，到目前为止没有SARS-CoV-2阳性病例。然而，缺乏确诊的诊断可能是由于国内检测能力有限，而不是病毒的真正流行病学。人们仍然担心通过外籍人员旅行将SARS-CoV-2引入非洲的潜在风险，非洲联盟和疾控中心非洲分部的领导人上周在塞内加尔达喀尔为实验室主任和人员举行了培训，以建立国内能力和整个非洲大陆的能力。
病毒传播和毒力 - 我们从哪里开始？
目前对SARS-CoV-2的病毒-人界面以及病毒的传染性、毒性和传播等特征仍知之甚少。根据2月13日世卫组织情况报告，科学家主要依赖于中国的报道，其中有46,550例确诊病例和1,368人死亡。通过呼吸道，传播步伐和感染者的人类传播的人对人体传输表明SARS-COV-2是非常具有传染性的。但是，通过我们提供的有限信息，仍然迄今为止，在这种新的病毒的真正传播性上得出结论。
由于高传播性的建议，卫生当局在中国内部的地区采取了明确的行动和限制日常活动，并限制往返中国。虽然仅报告了少数案件谁在中国之外(截至2月13日，447例确诊病例)，在许多国家，获得SARS-CoV-2检测的途径有限，可能导致对该病毒真正流行病学的低估。因此，随着未来几周在全球范围内建立国内检测和监测能力，我们将对疫情的真正规模和范围以及中国以外的区域动态有更好的了解。
同样，我们不能仅通过测序信息来确定SARS-CoV-2的毒性或评估该病毒对个体患者群体的危险性。根据已报告的数据，死亡率约为2- 3%(1369例死亡和46997例确诊感染)，尽管这个数字高度依赖准确的死亡原因归因和报告，并严重依赖中国官员分享的信息。在中国境外报告的大约447例病例中，有2例死亡——1例在菲律宾，1例在香港。因此，要了解这种新病毒对不同患者群体的危险程度以及合并感染对患者死亡率的作用还为时过早。如果报告准确，SARS-CoV-2可能更接近我们对每年流感病毒的预期，而不是过去观察到的SARS-CoV爆发。
对理解传染性和毒力至关重要，明确地了解SARS-COV-2和可能存在其他共同感染的人。由于SARS-COV-2和其他病毒之间的相似性，并且由于有助于共感染的可能性，中国当局正在将测序整合在患者诊断疗效中以确认阳性病例并检测新颖的突变。Illumina已经向中国卫生当局提供了技术，并准备支持全球的类似应用，以支持改善检测的策略，并加强我们对SARS-COV-2的流行病学，演化和毒力的跟踪。
结论
虽然我们仍处于疫情爆发的早期阶段，但我们对病毒了解甚多:完整的基因组、与以前有特征的病毒的遗传差异、治疗靶点的变化，而且我们正开始了解传播性和毒性。SARS-CoV-2的快速鉴定和测序使病毒得以表征和诊断方法的开发成为可能，并初步为全球应对SARS-CoV-2提供了乐观的前景。然而，越来越明显的是，由于这种新型病毒的“沉默”性质或临床表现让人联想到其他呼吸道感染，追踪和控制其传播将非常具有挑战性。由于该病毒现在不在中国湖北省武汉市的源头，预计需要新的监测策略来确定潜在感染聚集，以指导干预。在今后几周内，我们将继续更深入地研究这种病毒的特征，并将更好地了解大流行的范围和影响。在Illumina，我们随时准备帮助确保获得我们的技术，并帮助我们的全球专家团队支持进一步了解SARS-CoV-2，以限制其传播和危害。
参考：
1。世界卫生组织。新型冠状病毒疫情报告2020年1月21日,
2。朱等。来自肺炎患者的新型冠状病毒，2019年，2019年1月24日，2020年1月24日
4.Carmine Ceraolo和Federico M Giorgi。2019-nCoV冠状病毒的基因组变异。医学病毒，2020年2月
5.路等。2019新型冠状病毒的基因组特征和流行病学:对病毒起源和受体结合的影响。《柳叶刀》。2020年1月30日
6.Tseng CT等。SARS冠状病毒疫苗免疫导致SARS病毒挑战肺部免疫病理公共科学图书馆7(8):10.1371。2020
7.甜点泰。SARS的药理学治疗：当前的知识和建议。安卡院新加坡。66（6）：438-43。2007年
