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Agrigenomics

测序海洋

迈克尔·邦斯教授带我们来一次环境DNA之旅

测序海洋
2019年12月13日

环境DNA测序是研究生物多样性和监测生态系统变化的一种新兴方法。当生物体将DNA释放到周围环境时,eDNA分析就会收集这些基因“面包屑”,并提供样本中所有物种的线索——从微生物(细菌)到大型动物(如鲨鱼)。

邦斯教授最近在几所大学进行了古代和环境DNA领域的研究科廷大学在那里,他共同创立了Trace和环境DNA (趋势)实验室。他的主要研究领域包括使用下一代测序技术(NGS)研究生态系统的生物多样性,他通过观察化石骨骼来了解物种灭绝,并通过eDNA海水来调查海洋公园中的鱼类。邦斯教授说:“事实上,我们可以从它们在珊瑚礁的几升海水中留下的DNA中检测到80多种鱼类,这仍然是一个令我感到惊讶的发现。”

Bunce教授探索了海洋中eDNA的许多方面。包括元编码的好处,它为我们了解海洋最深处的东西提供了一个窗口。他解释了基于生态系统的管理是如何帮助理解万物是如何相互关联的。此外,社区科学项目“海洋排序”(SoS)允许学生获得第一手经验,并帮助人们与当地的海滩联系起来。

“我相信eDNA将成为一个关键的数据来源,使我们能够做出明智的保护决定——让我们面对它——鉴于我们在海洋、河流和陆地上面临的挑战,是时候做出正确的决定了,”Bunce教授说。

迈克尔·邦斯教授说:“人们通过eDNA找到生活在该生态系统中的鱼类、珊瑚或鲨鱼,使他们成为生态系统探索者,但还有一个额外的好处。”“它提高了人们对遗传学和基因组学的认识,人们将被要求就他们的基因组、祖先、微生物群和基因改造做出重要决定。我可能有一点偏见,但我会抓住一切机会教育人们DNA是什么,它是如何运作的,以及我们如何捕捉它来探索我们周围的世界。”

用创新的方法来利用埃德娜正在迅速扩大,包括:港口监测、生物多样性调查、压载水测试、土壤测试、水产养殖、授粉昆虫识别和恢复等。

*新西兰古代DNA调查揭示的生存实践、过去的生物多样性和人为影响
FV Seersholm, TL Cole, A Grealy, NJ Rawlence, K Greig, M Knapp, M Stat,…
国家科学院的诉讼程序115(30),7771-7776

**与edna的生态系统生物监测:在热带海洋环境中穿越生命之树的沟通
M stat,mj huggett,r Bernasconi,JD Dibattista,Te Berry,SJ Newman,...
科学报告7 (1),12240

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