澳大利亚微生物学会(ASM) 2021年年会

自中国出现以来，SARS-CoV-2已在全球蔓延，对我们的卫生保健系统、经济和社会构成了前所未有的挑战。在此次大流行期间，基于“NGS”的SARS-CoV-2全基因组测序在全球公共卫生应对中发挥了关键作用。基于NGS的全球范围全基因组测序能够识别和跟踪传播率和/或发病率增加的新病毒变异(“关注变异”)，在PCR检测中发现特征侵蚀，并允许对疫苗和单抗治疗进行上市后监测。截至今天，全球数据库包含300多万份SARS-CoV-2基因组提交文件，这是传染病基因组学领域最大的公共卫生合作之一，巩固了NGS作为疫情管理和未来防范大流行威胁的重要工具。Illumina混合捕获和扩增技术为基础的端到端NGS工作流程，具有简化的变型调用，已部署在集中测序“枢纽”和去中心化站点，使低、中、高收入国家能够参与全球响应。目前的工作流程用于对临床样本进行测序，但对大流行应对至关重要的新出现的应用包括基于NGS的方法，如基于废水的人口监测或宿主反应分析，以预测潜在的疾病结果。全球应对COVID-19的行动正在促进全球病原体基因组学监测生态系统的发展，以便及早发现和管理新出现和再次出现的病原体，以及具有大流行潜力的抗菌素耐药性决定因素。近年来，在社会全球化、城市化和人口增长的推动下，传染病暴发的频率有所增加，促进了病毒和多药耐药细菌从动物到人类的人畜共患病溢出事件。自1980年以来，世卫组织报告了12 000多起传染病疫情，但迄今尚未充分发挥基因组监测对应对疫情的影响。