Illumina SARS-Cov-2 NGS数据工具包
| 新型病原体检测 |  |
DRAGEN宏基因组的应用 | ||
|---|---|---|---|---|
| 检测和监控 |  |
DRAGEN RNA病原体检测应用 |  |
DRAGEN COVID天堂App |
| 共享和协作 |  |
SRA导入应用程序 |  |
GISAID提交应用程序 |
| 在BaseSpace Sequence Hub上提供“Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit”。 | ||||
关于Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包
用于SARS-CoV-2检测和监测的冠状病毒软件分析解决方案套装免费开放基空间序列集线器，由亚马逊网络服务（AWS）提供支持。该工具包由基于Illumina DRAGEN生物it平台，并在BaseSpace序列枢纽，它授权了研究人员无缝提交他们的调查结果，以公共数据库数据提交的应用程序。
DRAGEN冠状病毒软件工具
Illumina的SARS-COV-2 NGS数据工具包利用了速度和DRAGEN的准确性，加快传染病监测和疫情应对。该工具包包括DRAGEN宏基因组学管道用于识别新颖传染病病原体，一个DRAGEN RNA病原体管道用于检测病毒病原体，以及用于检测SARS-CoV的-2突变为流行病学DRAGEN世系应用程序。该DRAGEN冠状病毒工具可以在BaseSpace序列集线器进行访问。关于冠状病毒的检测和监视与DRAGEN平台的附加信息中可以找到这篇软件博客．
用于检测和监测病毒病原体的DRAGEN RNA病原体检测管道
DRAGEN RNA管道的更新版本现在可用于加速病毒病原体的检测。该管道有助于在任何DRAGEN RNA Seq管道运行中检测SARS-CoV-2，无论应用程序如何。该管道包括：
- 全面检测，利用覆盖率和基于k-mer的方法检测病毒病原体
- 与Illumina呼吸道病毒靶标的兼容性富集工作流程
- 结合人类基因组参照(hg38)和选定的病毒参照序列，进行人类和病毒参照
- 集成FASTA一代，用于上传到公共数据库，如GISAID
DRAGEN COVID天堂App
该应用程序将读取的数据与SARS-CoV-2参考基因组进行比对，并报告目标区域的覆盖情况。它执行:
- 基于K-mer检测
- 映射/对齐，变量调用
- 共识序列生成
- 利用穿山甲和nextcliade进行谱系/分支分析
用于临床应用的冠状病毒软件
对于希望生成SARS-CoV-2检测临床报告以诊断有症状患者COVID-19的用户，DRAGEN COVIDSeq检测管道与Illumina-COVIDSeq试验。
对于希望为shotgun宏基因组生成临床报告的用户，IDbyDNA提供简单、强大的生物信息学软件，将我们的测序仪生成的数据转化为可操作的见解。IDbyDNA经过验证的自动化Explify平台分析支持35种呼吸道病毒的检测，包括SARS-CoV-2的基因组特征。请致电IDbyDNA客户服务833-397-5439或clientservices@idbydna.com要学习yobet亚洲亚博官网人口更多的知识。
宿主反应研究的相关引擎
Illumina 2019冠状病毒疾病研究中心正在为CVID-19研究社区提供一个自由、协作的环境，以更好地理解调节宿主反应的关键因素，并帮助识别潜在治疗的生物标志物。
BaseSpace Correlation Engine如何推进您的研究:
- 把它放到上下文中:关联引擎挖掘了数千个基因组研究，允许研究人员将他们的数据与世界基因组知识库整合，生成数据驱动的答案。
- 加速研究:利用相关引擎即时查询数千项研究，减少发现时间，并通过实时进行数据驱动查询，帮助验证假设
- 保持当前的:Illumina有一个专门的团队，致力于用精心整理的COVID-19数据更新相关引擎，并欢迎研究界成员贡献他们的发现，以帮助推进COVID-19研究。
- 整合：关联引擎是我们的转录组的产品全堆到帮助研究人员的集成扩展无缝导航从样品到答案。
- 合作:谈到2019冠状病毒疾病，我们都在一起。2019冠状病毒疾病研究者可以通过研究社区的贡献和分享数据来提高我们对COVID-19宿主反应的理解。
研究人员可以使用Clarity LIMS处理样品。一旦测序完成，研究人员可以使用新的工具包自动将他们的数据流输入BaseSpace Sequence Hub。
提供端到端解决方案
SARS-CoV-2检测
Illumina正在使用NGS和全面、集成的工作流程，使检测和识别SARS-CoV-2变得更简单。
与Illumina的呼吸道病毒靶向富集工作流程兼容，新的工具包如虎添翼研究人员能够安全地流数据直接从我们的序到BaseSpace序列集线器使用DRAGEN RNA病原检测应用程序的快速，全面的分析，充分的投资组合。一旦分析完成后，研究人员可以提交他们的数据直接从BaseSpace序列集线器上的共享所有数据流感全球倡议（全球共享禽流感数据倡议组织）。
对于希望提高实验室效率的研究人员，清晰度极限可用于跟踪2019冠状病毒疾病，并提供全面的端到端解决方案。
清晰LIMS呼吸病毒面板工作流
全面的工作流管理和样本跟踪
BaseSpace Clarity LIM提供了两个新的工作流：
- 根据CDC建议CDC COVID-19 RT-PCR工作流程
- 使用Nextera Flex for Enrichment库准备工具包的呼吸病毒面板工作流
这些新的工作流程有助于确保样本用于分析是可行的——允许实验室迅速开始处理冠状病毒样本，从样本加入和文库准备到对测序运行进行QC。
看到这篇软件博客获取有关Clarity LIMS COVID-19工具的更多信息。
访问基本空间清晰度LIMS
轻松和安全的共享、协作和提交到公共数据库
BaseSpace Sequence Hub旨在促进研究小组之间的安全、审计控制的协作。数据管理和共享功能(如工作组)允许您共享项目并与合作者安全地运行，而不需要下载文件。
Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包具有以下几个特性BaseSpace序列集线器应用程式为协作。的GISAID提交应用程序接受VCF或FASTA文件的集合，以及相同示例的元数据CSV。在将数据提交到GISAID进行进一步的QA和处理之前，应用程序执行数据验证。
下载BaseSpace安全与隐私信息如何访问Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包
在BaseSpace Sequence Hub上可以获得完整的Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包。更新后的DRAGEN COVID-19工具也将在DRAGEN服务器上提供，并将通过DRAGEN API提供给开发者
基于BaseSpace Sequence Hub的Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包
研究人员今天可以在BaseSpace Sequence Hub上开始使用Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包，免费至2021年7月31日。研究人员可以将数据直接从他们的仪器传输到BaseSpace的安全云环境中，以便按下按钮使用整个工具包。
yobet亚洲亚博官网人口了解有关BaseSpace的更多信息面向开发者的DRAGEN冠状病毒工具
DRAGEN API是为希望在云中实现自动化分析的大型研究中心设计的。API构建在Amazon Web Services之上。它允许用户调用一个简单的API端点来将冠状病毒样本数据流化、处理和发送到自己的AWS S3桶中。
如需通过DRAGEN API尽早获得新的DRAGEN冠状病毒工具，请填写以下表格。
主打产品
BaseSpace Sequence Hub和iCredits
BaseSpace Sequence Hub由Amazon Web Services提供支持，通过一组精心设计的分析应用程序，您可以轻松管理和分析数据。信用是用于购买Illumina基因组数据存储和分析选项的货币。
DRAGEN看到你的平台
Illumina DRAGEN Bio-IT平台提供精确、超快速的测序数据二次分析。
NextSeq 2000系统和试剂
NextSeq 2000系统支持新兴和中吞吐量测序应用，以及广泛的方法，如外显子组测序、目标富集、单细胞分析、转录组测序等。
如需访问DRAGEN API，请填写以下表格。
其他冠状病毒软件工具
目标浓缩管道
DRAGEN富集管道也可用于检测和识别SARS-CoV-2。该管道可以在BaseSpace Sequence Hub上以较低的每样例成本获得，并且可以在DRAGEN服务器上访问。
亚博官网人口＊“BaseSpace Sequence Hub SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit”免费至2021年7月31日。Illumina还为COVID-19研究人员提供Clarity LIMS的1年免费试验。