Trusight Myeloid测序面板使用专家定义的内容,并经过验证的下一代测序(NGS)技术,以鉴定骨髓恶性肿瘤中的体细胞变异。
面板内容由血癌疾病的公认专家的联盟设计,靶基因经常变异:
Trusight Myeloid测序面板涵盖15个全基因(仅外外显子)和39个额外的基因,其中覆盖了致癌热点,对已知粘性粘液性恶性肿瘤的关键基因进行了全面评估。结果是一种准确,经济有效的解决方案,使研究人员能够概述液体肿瘤。
Trusight Myeloid库非常适合在桌面定序器上运行,并使用MiSeq Reporter或本地运行Manager放大器工作流进行对齐和变体调用,其中包含躯体变体调用者。然后可以使用过滤和注释Basespace Variant Interpreter.。
仪器 | 推荐的样品数量 | 读长度 |
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MiniSeQ系统 | 每次运行的样品:中输出:2-3个,高输出:8个(基于95%的扩增在> 500x覆盖) | 2 × 150 bp(推荐最大) |
MiSeq系统 | 每次运行8个样品,使用v3试剂(基于95%扩增在> 500x覆盖) | 2 × 150 bp(推荐最大) |
NextSeq 550系统 | 每次运行示例:中间输出:48,高输出:96(基于95%的扩增子> 500x覆盖范围) | 2 × 150 bp(推荐最大) |
TruSight髓系测序面板 | Amplumina myeloid面板 | illumina癌症热点面板v2的扩增 | |
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试验时间 | 8小时 | 5.5 - 7.5小时(仅限图书馆预备;不包括库量化,归一化或汇集时间) | 5小时(仅限图书馆预科;不包括库量化、规范化或池化时间) |
癌症类型 | 血液 | 血液 | Pan-Cancer,固体肿瘤 |
内容规范 | 靶向与髓系恶性肿瘤相关的54个基因。探针扩增了568个来自肿瘤抑制基因和突变热点的扩增子。 | 靶向69个基因的生物标志物(40个关键DNA靶基因,29个RNA融合驾驶员基因和5个基因表达水平) | 50个基因的热点区域,具有已知癌症的关联 |
描述 | 用于髓系恶性肿瘤的体细胞突变检测研究。 | 有针对性的小组研究40个DNA基因,29个RNA融合驾驶基因和5种与骨髓癌相关的基因表达水平。 | 体细胞分析研究50个癌症相关基因的热点区域。 |
实践时间 | 3小时 | < 1.5小时 | < 1.5小时 |
输入数量 | 50 ng. | 20 Ng高质量的DNA;10 NG高质量的RNA (建议每池10ng) |
1-100 ng(每池10 ng推荐) |
方法 | 扩增子测序那有针对性的DNA测序 | 扩增子测序那有针对性的DNA测序那有针对性的RNA测序 | 扩增子测序那有针对性的DNA测序 |
多路复用 | 96 -丛 | 96 -丛 | 96双重指数组合 |
核酸类型 | 脱氧核糖核酸 | DNA, RNA | 脱氧核糖核酸 |
专门的样品类型 | 不兼容FFPE | 血液,骨髓,不是FFPE兼容 | FFPE组织 |
物种分类 | 人类 | 人类 | 人类 |
ABL1 | CEBPA | HRAS. | MYD88 | SF3B1 |
ASXL1 | CSF3R | IDH1. | NOTCH1 | SMC1A |
atrx. | CUX1 | IDH2. | NPM1 | SMC3 |
BCOR. | dnmt3a. | IKZF1 | NRAS. | SRSF2 |
Bcorl1. | ETV6 /电话 | jak2. | PDGFRA | STAG2. |
BRAF | Ezh2. | jak3. | PHF6 | TET2 |
CALR | FBXW7. | KDM6A | PTEN. | TP53 |
CBL | FLT3. | 工具包 | PTPN11 | U2AF1 |
CBLB. | gata1. | 喀斯特 | RAD21 | WT1. |
CBLC. | gata2. | MLL | Runx1. | ZRSR2. |
CDKN2A | 玲娜 | MPL | SETBP1 |