Illumina公司COVIDSeq测试

这种高通量新一代测序检测可在疑似COVID-19患者中检测SARS-CoV-2,并使病毒基因组分析用于研究。阅读更多…

主要特点和好处
  • 准确:在SARS-COV-2上检测98个目标,以获得高精度的检测
  • 综合:检测SARS-CoV-2病毒RNA;报告共识基因组呼吁研究中使用的病毒分析
  • 质量控制:内置的质量控制功能在每个反应
  • 灵活:无缝的端到端工作流程。温度规格允许使用不同的热循环仪。
  • 可扩展:可在Novaseq 6000,NextSeq 2000或NextSeq 500/550 / 550DX(在RUO模式)系统上。

产品亮点

Illumina covid - seq检测用于授权国家的SARS-CoV-2病毒RNA检测*和用于研究的病毒基因组分析。了解样本中存在的SARS-CoV-2毒株有助于跟踪病毒毒株。这种基于扩增子的NGS检测包括2019-nCoV引物,用于检测疑似COVID-19感染症状和体征的患者鼻咽、口咽和中鼻甲鼻拭子中SARS-CoV-2病毒的RNA。

快速、可扩展的SARS-CoV-2检测

Illumina COVIDSeq测试可以放大或缩小,以适应不同数量的样本。在NovaSeq 6000系统上,使用两个SP或S4试剂包可以在12小时内处理1536至3072个结果,使用NextSeq 2000或NextSeq 500/550/550Dx(在RUO模式下)HO试剂包可以在12小时内处理384个结果。

工作流程和组件

该工作流程包括病毒RNA提取、RNA到cdna转换、PCR、文库制备、测序、分析和报告生成等步骤。关键组件包括高吞吐量的NovaSeq 6000系统或NextSeq 2000系统或NextSeq 500/550/550Dx(在RUO模式下)系统,以及Illumina COVIDSeq测试和DRAGEN COVIDSeq测试管道或DRAGEN COVIDSeq测试应用程序在BaseSpace序列集线器快速分析。

设计及品质控制

Illumina COVIDSeq检测采用了经过验证的、公开可用的ARTIC多重PCR协议的改进版本,结合经过验证的Illumina测序技术,有98个扩增子用于扩增SARS-CoV-2病毒特异性序列。作为质量特征,每个样本中包含一个由11个人类mRNA靶标组成的内部控制。当检测到+90个扩增子时,该检测报告一致的序列,这使得病毒基因组分析有助于在研究环境中跟踪病毒毒株。

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规范

预期用途

EUA批准的预期用途

Illumina COVIDSeq测试是下一代测序(NGS)体外Illumina NovaSeq 6000测序系统、NextSeq 2000测序系统、NextSeq 500测序系统、NextSeq 550测序系统或NextSeq 550Dx仪器用于从鼻咽(NP)拭子、口咽(OP)拭子、前鼻拭子、中鼻甲鼻拭子定性检测SARS-CoV-2 RNA。医疗服务提供者向疑似COVID-19患者提供鼻咽冲洗/吸出物、鼻吸出物和支气管肺泡灌洗(BAL)标本。

检测仅限于根据1988年临床实验室改进修正案(CLIA), 42 U.S.C.§263a认证的实验室,用于执行高复杂性的检测。

结果用于SARS-CoV-2 RNA的鉴定。SARS-CoV-2 RNA通常可在感染急性期的呼吸道标本中检测到。阳性结果表明存在SARS-CoV-2 RNA;确定患者感染状况需要与患者病史和其他诊断信息的临床相关性。阳性结果不排除细菌感染或与其他病毒合并感染。美国及其领土内的实验室必须向有关卫生当局报告所有阳性结果。阴性结果不能排除SARS-CoV-2感染,不应作为患者管理决策的唯一依据。

阴性结果必须结合临床观察、病史和流行病学信息。Illumina COVIDSeq测试适用于经过资质和培训的临床实验室人员,特别是经过NovaSeq 6000测序系统、NextSeq 2000测序系统、NextSeq 500测序系统、NextSeq 550测序系统或NextSeq 550Dx仪器的使用培训的人员。以及下一代测序工作流程体外诊断程序。Illumina Covidseq测试仅适用于食品和药物管理局的紧急使用授权。

在体外诊断使用。

请联系Illumina代表了解区域可用性。

高层工作流

常见问题

关于covid - seq测试

该测试已由FDA授权,在紧急使用授权(EUA)下用作用于检测和/或诊断Covid-19的体外诊断测试。

Covidseq可用于对监测病毒演化和流行病学进行应变键入。它可用于在临床样本中报告病毒序列,用于公共卫生和研究应用。

Illumina Covidseq试验没有提供有关检测到的特定突变的作用的信息,其风险降低疫苗疗效,影响传播性,或对患者的影响。

不,这种检测只检测导致COVID-19的SARS-CoV-2病毒。

本试验采用扩增子方法对SARS-CoV-2进行目标重测序。当检测到+90个扩增子时,报告一致序列。这些信息使病毒基因组分析能够用于研究,并提供对样本中存在的SARS-CoV-2毒株的深入了解,以帮助研究人员跟踪病毒毒株。

紧急使用授权授权FDA在宣布的紧急状态期间促进未批准产品的供应,或已批准产品的未批准使用。当紧急状态结束时,该检测不再被授权用于临床,并默认符合标准的监管要求。

检测仅限于根据1988年临床实验室改进修正案(CLIA), 42 U.S.C.§263a认证的实验室,用于执行高复杂性的检测。

必须进行更多的检测,以控制全球大流行,并恢复工作、学校和正常活动。然而,COVID-19检测相关产品严重短缺,许多临床实验室面临能力和资源限制。covid - seq利用高度可扩展和准确的测序技术,使实验室能够加强和多样化检测,有助于提高COVID-19的检测能力。

本产品适用于授权国家(加拿大、日本、菲律宾、新加坡和美国)各自授权机构的SARS-CoV-2病毒RNA检测。*根据地区和国家的情况,可能需要额外的数据才能将covid - seq用作诊断检测。一个仅研究使用(RUO)版本的本产品可用作病毒基因组分析以供研究之用。

covidseq工作流程

本检测仅授权使用NovaSeq 6000 v1.0 S4和SP试剂试剂盒,NextSeq 2000, NextSeq 500, 550, 550Dx(在RUO模式下)v2.5 HO试剂试剂盒。使用其他系统和/或试剂包需要独立验证,并单独提交紧急使用授权。

本试验获准与鼻咽(NP)、口咽(OP)和中鼻甲(MT)鼻拭子一起使用。

在NovaSeq S4和SP流动池中,每个通道最多可装载384个样品,每个S4流动池可装载1536个样品,每个SP流动池可装载768个样品。两个流动槽可以同时运行,每次运行分别为3072或1536个样品。

在NextSeq 2000上运行高达384个样本。

通过Illumina可获得多达384个独特的双指标(IDT for Illumina PCR indexes Sets 1-4)。

分析和报告

分析由安装在本地Dragen服务器上的Dragen CovidSeq测试管道或BaseSace序列集线器上的Dragen CovidseQ测试应用程序执行。

如果COVID-19检测结果呈阳性,表明检测出SARS-CoV-2 RNA,患者感染了该病毒,可能具有传染性。在作出最终诊断和病人管理决定时,应始终结合临床观察和流行病学数据考虑实验室检测结果。患者管理应遵循目前的CDC指南。

该检测结果为阴性,表示标本中未出现SARS-CoV-2 RNA超标。然而,阴性结果并不排除COVID-19,不应作为治疗或患者管理决策的唯一依据。如果结果为阴性,也不能排除感染新冠病毒的可能性。

*授权机构:加拿大卫生部在加拿大,药品和医疗器械机构(PMDA)在日本,美国食品和药物管理局在菲律宾,卫生科学局(HSA)在新加坡,南非保健产品管理局(SAHPRA)在南非和美国食品和药物管理局