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在癌症研究Whole-exome测序

Whole-exome formalin-fixed测序,石蜡包埋肿瘤组织DNA与Illumina公司准备与浓缩

在癌症研究Whole-exome测序

客户的声音:Illumina公司DNA预科与浓缩

教授Shinichi Yachida所以的中国人(医学博士),于金(医学博士)
医学研究生院/医学院,日本大阪大学

介绍

Whole-exome测序(韦斯)是广泛使用的方法综合分析基因畸变的癌细胞和研究癌症基因组的进化。

与Shinichi Yachida教授合作,所以中国人,和于金大阪大学医学院毕业,formalin-fixed石蜡包埋(FFPE)肿瘤组织韦斯使用Illumina公司DNA预科与浓缩(原Nextera™Flex浓缩)检查易于工作流和测序库使用FFPE生成样本的质量。

在癌症研究Whole-exome测序

教授Yachida开始时利用韦斯在约翰霍普金斯大学病理学系。当时,他表现韦斯利用Sanger测序,研究集中在评估克隆胰腺癌患者的原发性和转移性肿瘤之间的关系。本研究1是2011年发表在《自然》杂志上和突出的重要性,分析基因突变在建立癌症的进化历史。

目前,一个Yachida教授的研究领域主要集中在棘手的基因组分析和罕见的癌症。通常是具有挑战性的获得用来进行肿瘤样本由于稀缺的罕见的癌症患者,因此FFPE样品在这些研究中经常使用。Yachida教授指出以下四个优势利用韦斯在他的研究中:

Yachida博士和Kanai博士

中国人博士和Kanai博士

“操作时间更短的TruSeq外显子组装备,我之前使用。我认为这是非常方便的特别是当有许多样品,因为它可以处理样品在一半的时间。我也能够获得必要的数据,我认为这是一个有用的工具。”
——博士的中国人

  1. 分析管道是稳定的。韦斯有着悠久的历史和广泛用于癌症基因组的分析,因为它使高效搜索体细胞突变在癌症。
  2. 韦斯可用于游离DNA。只有非常少量的血液中可以找到肿瘤DNA,和深度测序所需的准确检测突变。
  3. 韦斯是低成本。许多FFPE样肿瘤细胞性较低,这些样品需要很高的阅读深度。韦斯比全基因组测序成本效益(WGS),通过深度测序和它使敏感突变检测。
  4. 韦斯比基因更适合探索性研究目的面板。小说司机在罕见的癌症基因的识别和特定疾病,WGS和韦斯更适合提供一个全面的分析。因为大多数罕见癌症样本FFPE和高度退化的短片段,韦斯是首选方法。

“这是我第一次用测序图书馆准备装备,但协议很简单,我可以非常有效地推进过程。获得图书馆的质量是稳定的,我想这对每个人来说都是一个易于使用的产品。”
——Kanai博士

研究的目标是利用韦斯Yachida教授仍然雄心勃勃。一个例子是他的目标执行韦斯分析肿瘤微环境。这将需要测序方法,包括空间信息,他期待韦斯技术的发展,使这个。

DNA测序FFPE肿瘤样本使用Illumina公司准备与浓缩

Illumina公司DNA预科与浓缩是最快和最灵活的Illumina公司库中的目标DNA测序解决方案准备投资组合。该方法采用Illumina公司的Bead-linked transposome (BLT)化学、整合DNA提取、碎片、图书馆准备,和图书馆标准化的步骤。这有助于简化工作流程,减少工作流程步骤的数目和实践和周转时间。整个工作流只需要2小时的动手时间约6.5小时,而不需要专门的设备,如超声波均质器进行DNA碎片。

Illumina公司与浓缩DNA预科可以支持FFPE样本得出的DNA从50到1000 ng输入金额。验证DNA输入量的影响覆盖均匀,两个不同FFPE样本分为50 ng, 100 ng,分别和300 ng。所有样本的覆盖均匀度高,无论数量的DNA输入(见图1)。

Figure01

图1:DNA的影响差异输入量的均匀覆盖

Illumina公司DNA预科与浓缩健壮的性能甚至年长FFPE样本。虽然有效的读取率2旧FFPE样本通常是低,没有有效的读取率下降,甚至相对稳定的结果FFPE样本2012(图2)。

グラフ3

图2:关系的年FFPE样本获取和有效阅读率

看着喧嚣3值,观察到一个稳定和有效的读取率得到了喧嚣的值是3或更高时,展示喧嚣的效用值作为质量控制措施获取优质测序数据(图3)。

グラフ3

图3:DIN值和有效阅读率之间的关系

总结

与FFPE Whole-exome测序样品为癌症基因组分析是一个重要的应用程序。Illumina公司DNA预科与浓缩工作流提供了一个快速高质量的测序数据,即使在FFPE肿瘤样本不同的质量和输入量。

引用:
  1. Yachida, S。琼斯,S。、Bozic i . et al。远处转移发生在胰腺癌的基因进化后期。大自然467年,1114 - 1117 (2010)。https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20981102/
  2. 有效阅读率:比例的读取,最后可以用于分析重复读取后,从所有读等,已被移除。
  3. 喧嚣代表“DNA完整性数量。“这是一个指数客观评估基因组DNA降解的程度根据安捷伦的概要文件获得,Inc .) TapeStation系统。基因组DNA降解的程度与喧嚣表示值介于1和10(10 = 1 =完全退化状态,几乎未经碰撞的状态)。