经济高效的测序使研究人员能够扩展癌症研究

介绍

加州大学加文研究所金霍恩癌症中心(Garvan Institute’s Kinghorn Cancer Centre)的大卫·托马斯(David Thomas)教授和他的同事们认为，生殖系在癌症研究中被忽视了。他们想知道生殖系DNA是否有助于更好地理解癌症的遗传决定因素，特别是在像肉瘤这样的早期癌症中。

托马斯教授说:“在国际癌症基因组联盟和癌症基因组图谱中，有11000个基因组或外显子已被测序并存入可访问的数据库。”“然而，其中有一小部分附带有生殖系基因组。生殖系已经成为癌症研究中被遗忘的基因组。”

经济高效的测序

他们踏上了一个突破性的肉瘤学习。他们使用与癌症风险相关的72个基因的目标外显子面板分析了1162个副群体的Germline DNA，而不是直接看肿瘤。

托马斯教授说:“这项研究是针对一种罕见疾病的首次同类研究，从我们所花的每一美元中获得尽可能多的收益是我们策略的重要组成部分。”他们选择了HiSeq^®2500系统进行有针对性的外显子测序。

“Hiseq 2500系统非常适合这项研究，并令人难以置信地定制测序，”托马斯教授说。“按照小组的排序成本为每序列约为200美元，这意味着我们的能力在超过1000件案件的规模上进行。”

“HiSeq 2500系统非常适合这项研究，使测序变得非常便宜。”

速度和效率

测序的10批经三年的期间内进行。“对于以后的批次中，测序中使用HiSeq 2500系统的高输出模式三天内即告完成。”托马斯教授说。“我们是96路复用在一个单一的车道，并有充足的阅读深度结束了。所有测序完成了三年前。我们一直在分析它，因为那个时候。”

研究小组进行了罕见变异负荷分析，以确定在72个基因中哪些基因富集。除了TP53，他们确定了强烈富集的基因，他们没想到要与肉瘤相关，包括atm那ATC.， 和ERCC2。

“人与人之间有肉瘤，有61个个人谁的基因有致病性的变化像APC.那MLH1.那MSH2， 和MSH6.，这与肠癌有关，”托马斯教授说。“我们还确定了28个人，在肉瘤队列谁拥有BRCA1或者BRCA2突变，这在乳腺癌药物中是众所周知的。这些基因的重要性在于，我们已经建立了管理风险的程序。我认为这是一个非常重要的结果。”

“对于后来的批次，使用高输出模式在三天内完成测序。我们在一个车道中有96-一孔，并最终充分读取深度。”

全基因组测序随访

该团队将很快地表现同一伙伴的全基因组测序（WGS），以确定患有肉瘤风险的额外基因。“这是非常令人兴奋的，因为我们可以开始向更广泛和更深刻的问题提出比我们在看着一个已知的基因面板，”托马斯教授说。“用WGS，我们可以寻找途径整体的致病变异，并询问我们是否看到来自每个基因的信号，或者只是我们为面板挑选的信号。看着整个基因组也允许我们发现以前没有与癌症有关的新基因。“

WGS可能使它们能够填写从目标外显子测序检测到的遗传性数据。“看看我们可以发现有多少生物标志物，我们可以发现与Sarcoma的早期发作相关的更多生物标志物，”托马斯教授补充道。“整个人类基因组测序将在我们的Hiseq X十个设施在Garvan Institute进行，我们非常兴奋。”

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