NGS术语指南
当您计划您的测序项目时，使用我们的下一代测序术语表来阐明关键术语和重要概念。
总会在术语表
序列特异性短寡核苷酸连接到测序文库中每个DNA片段的5ʹ和3 '端，作为NGS文库准备的一部分。适配器与Illumina流细胞表面的短序列互补。
匹配测序的过程读取到参考基因组。
发生在Illumina流式细胞表面的扩增反应。在流动电池制造过程中，表面被涂覆着两种不同的寡核苷酸，通常称为“P5”和“P7”。在桥式放大的第一步中，将单链测序库(具有互补的适配器端)加载到流单元中。文库中的单个分子与互补的寡核苷酸结合，因为它们“流动”过寡核苷酸草坪。当连接片段的另一端弯曲并“桥接”到表面上的另一个互补寡核苷酸时，启动就发生了。重复的变性和扩展周期(类似于PCR)导致单分子的局部扩增，在整个流细胞中形成数百万个独特的克隆簇。这个过程也称为“聚类”，发生在NGS仪器的板载聚类模块中。
集群放大
库加载到流单元中，并将碎片杂交到流单元表面。每个结合片段通过桥式扩增扩增成一个克隆簇。
结合在流细胞表面的模板DNA的克隆组。每个簇由单个模板DNA链播种，通过桥式扩增进行克隆扩增，直到该簇有~1000个拷贝。流单元上的每个簇产生一个单序列读取。例如，流单元上的10,000个集群将产生10,000个单端读取和20,000个对端读取。
集群
索引对，这样每个i5索引将与矩阵中的每个i7索引配对，以创建惟一的索引对，但不是惟一的单面索引。
连续序列的延伸，在网上，通过对齐重叠的测序读取生成。
重叠群
与已知参考基对齐或“覆盖”已知参考基的序列基的平均数量。例如，一个完整的基因组在30倍的覆盖率下测序，意味着基因组中的每个碱基平均测序30次。在更高的覆盖水平下，基本呼叫可以以更高的可信度进行。
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描述基因组或目标区域在给定深度上测序碱基的百分比的一种度量(例如，至少10×覆盖度覆盖的95%碱基)。平均或平均测序深度本身(如30×平均覆盖率)不考虑测序碱基低于可接受阈值限制的百分比或根本没有测序的碱基的百分比。例如，当一个数据集报告“95%的覆盖率分布和最小的10倍覆盖率”，这也表明5%的基础覆盖低于10倍阈值或根本没有覆盖。由于这个原因，覆盖分布通常与平均覆盖一起用于描述测序结果。
覆盖分布
一种玻璃载片或其他固体表面，有一条、两条或八条物理上分离的通道，用作NGS仪器上的消耗品测序模板固定在流式细胞表面，其目的是以一种方便酶访问的方式呈现DNA，同时确保表面结合模板的高稳定性和荧光标记核苷酸的低非特异性结合。固相扩增(聚类生成)可以近距离生成每个模板分子的1000个相同拷贝。密度达到了每平方厘米一千万簇的量级。
在文库准备过程中添加到每个DNA片段的独特的短DNA序列。独特的序列允许多个库合并在一起并同时排序。在最终的数据分析之前，根据它们的条形码，从池库中读取的序列被识别并进行计算排序。文库复用在处理小基因组或针对感兴趣的基因组区域时是一种有用的技术。使用条形码的多路复用可以成倍地增加单次运行中分析的样本数量，而不会大幅增加运行成本或运行时间。
库复用概述
在库准备过程中，将唯一的索引序列添加到两个不同的库中。(B)库被聚集在一起并加载到同一个流单元通道中。(C)在一次仪器运行中，库被排列在一起。所有序列都导出到单个输出文件。一种多路复用算法根据它们的索引将读排序到不同的文件中。(E)每组读取都按照适当的参考序列排列。
在文库制备过程中，样本DNA被碎片化，特定大小的片段(通常是200-500 bp，但可以更大)被连接或“插入”到两个寡核苷酸适配器之间。原始样本DNA片段也被称为“插入”。
一种分子生物学协议，将基因组DNA样本(或cDNA样本)转化为测序文库，然后在NGS仪器上进行测序。文库准备的第一步是随机分割DNA样本，然后将5个ʹ和3 '适配器连接到每个DNA片段上。另外，“标记化”将片段化和连接反应合并到一个步骤中，大大提高了库准备过程的效率。
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下一代测序的另一个名字。
在文库准备过程中，将独特的短DNA序列或“索引”添加到每个DNA片段上的过程。独特的序列允许多个库合并在一起并同时排序。在最终的数据分析之前，从池库中识别和排序读取。文库复用在处理小基因组或针对感兴趣的基因组区域时是一种有用的技术。多路复用可以成倍地增加单次运行中分析的样本数量，而不会大幅增加运行成本或运行时间。
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多路复用
A、C、G和T核苷酸在测序文库中所有DNA片段的每个碱基位置上具有相等比例的色彩平衡是Illumina测序系统有效图像分析的必要条件。因此，大多数Illumina库的准备工作流程包括一个随机片段步骤，它在库的每个基本位置生成必要的序列多样性。
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核苷酸多样性
短的DNA或RNA序列
对同一段DNA片段的两端进行测序的过程。
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配对端测序和对齐
双端测序使DNA片段的两端都能被测序。因为每个成对读取之间的距离是已知的，对齐算法可以使用该信息更精确地映射重复区域的读取。这导致了更好的reads对齐，特别是在基因组中难以测序、重复的区域。
NGS中的一种度量，用于预测或估计基本调用中出现错误的概率。质量评分(Q-score)是传达非常小的错误概率的一种紧凑的方法。高q值意味着基本预测更可靠，出错的可能性更小。
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参考基因组是一个完全测序和组装的基因组，它作为一个支架，新序列读取与之对齐和比较。通常，从测序运行中生成的读取将与参考基因组对齐，作为数据分析的第一步。参考基因组的例子包括hg19和hg38。
SBS技术使用4个荧光标记的核苷酸，在流式细胞表面平行排列数千万个簇。在每个测序周期中，单个标记的三磷酸脱氧核苷酸(dNTP)被添加到核酸链中。核苷酸标签作为聚合的“可逆终止符”:dNTP掺入后，荧光染料通过激光激发和成像识别，然后酶切割允许下一轮掺入。基本呼叫直接从每个周期的信号强度测量。因为所有四种可逆终止结合的dntp (A, C, T, G)都是作为单独的分子存在的，自然竞争将合并偏差最小化。
合成技术测序
指的是在给定样本中检测特定变体的能力。等位基因频率越低，检测它所需的灵敏度就越高。下一代测序比毛细管电泳提供了更高的灵敏度，提供了检测罕见突变的能力。
与连接序列相邻的PCR引物，指示测序读取的起始点。在测序过程中，引物退火到模板链上的测序适配器的一部分。DNA聚合酶与这个位点结合，并将一个碱基一个碱基的互补核苷酸合并到生长的对链中。
测序文库中对应每个DNA片段的A、T、C、G碱基的数据串。在Illumina技术中，当一个文库被测序时，每个DNA片段在流细胞表面产生一个簇，每个簇产生一个测序读取。(例如，一个流单元上的100万个集群将产生100万个单端读取和200万个对端读取。)根据应用需要，读取长度可以从25 bp到300 bp或更高。
附在衬底上的荧光团的亮度。在合成测序中，基调用直接从每个周期的信号强度测量。
Illumina支持多种索引方法，包括单索引和双索引。使用单一索引，最多可使用48个惟一的6基数索引来生成最多48个惟一标记库。使用双索引，多达24个独特的8碱基索引1序列和多达16个独特的8碱基索引2序列可以组合使用，生成多达384个唯一标记库。
一种快速的酶促反应，双链DNA同时破碎，并用Illumina适配器序列和PCR引物结合位点标记。联合反应消除了在文库制备过程中单独的机械剪切步骤的需要。
Tagmentation
目标重测序实验中所有目标区域的总大小。目标尺寸将在不同的预先设计面板或定制面板中有所不同。(例如，一个由22个目标区域组成的面板，其中每个目标区域为100 kb，则总目标大小为2200 kb。)
下一代测序仪器产生的数据量。通常用兆(Mb)或千兆(Gb)来定义。
1兆酶= 1,000,000碱基。
1gb = 1,000,000,000个碱基。
1兆酶= 1,000,000碱基。
1gb = 1,000,000,000个碱基。
一种广泛使用的测序方法，只针对基因组的蛋白质编码区(外显子组)。
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