Illumina公司COVIDSeq测试

这种高通量的下一代测序检测在疑似冠状病毒19的患者中检测SARS-CoV-2,并在研究中使用病毒基因组分析。阅读更多。。。

主要特点和好处
  • 准确:检测98个SARS-CoV-2目标,实现高精度检测
  • 综合:检测SARS-CoV-2病毒RNA;报告一致认为基因组需要病毒分析在研究中使用
  • 质量控制:内置的质量控制功能在每个反应
  • 灵活:无缝的端到端流程。温度规格允许使用不同的热循环器。
  • 可扩展:可在NovaSeq 6000, NextSeq 2000,或NextSeq 500/550/550Dx (RUO模式)系统。

产品亮点

Illumina covid - seq检测用于授权国家的SARS-CoV-2病毒RNA检测*和用于研究的病毒基因组分析。了解样本中存在的SARS-CoV-2毒株有助于跟踪病毒毒株。这种基于扩增子的NGS检测包括2019-nCoV引物,用于检测疑似COVID-19感染症状和体征的患者鼻咽、口咽和中鼻甲鼻拭子中SARS-CoV-2病毒的RNA。

快速、可扩展的SARS-CoV-2检测

Illumina COVIDSeq测试可以放大或缩小,以适应不同数量的样本。在NovaSeq 6000系统上,使用两个SP或S4试剂包可以在12小时内处理1536至3072个结果,使用NextSeq 2000或NextSeq 500/550/550Dx(在RUO模式下)HO试剂包可以在12小时内处理384个结果。

工作流和组件

该工作流程包括病毒RNA提取、RNA到cdna转换、PCR、文库制备、测序、分析和报告生成等步骤。关键组件包括高吞吐量的NovaSeq 6000系统或NextSeq 2000系统或NextSeq 500/550/550Dx(在RUO模式下)系统,以及Illumina COVIDSeq测试和DRAGEN COVIDSeq测试管道或DRAGEN COVIDSeq测试应用程序在BaseSpace序列集线器快速分析。

设计及品质控制

Illumina-COVIDSeq试验利用经验证的、公开可用的ARTIC多重PCR协议的改进版本,98个扩增子设计用于扩增SARS-CoV-2病毒特异性序列,并结合经验证的Illumina测序技术。作为一项质量特征,每个样本中都包含由11个人类mRNA靶点组成的内部控制。当检测到+90个扩增子时,测试报告了一致的序列,这使得病毒基因组分析能够帮助跟踪研究环境中的病毒株。

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规范

预期用途

EUA批准的预期用途

Illumina COVIDSeq测试是下一代测序(NGS)在体外Illumina NovaSeq 6000测序系统、NextSeq 2000测序系统、NextSeq 500测序系统、NextSeq 550测序系统或NextSeq 550Dx仪器的诊断试验,用于定性检测鼻咽(NP)拭子、口咽(OP)拭子、前鼻拭子、中鼻甲鼻拭子中的SARS-CoV-2 RNA,来自医疗服务提供者怀疑感染新冠病毒-19的个人的鼻咽冲洗液/吸液、鼻吸液和支气管肺泡灌洗液(BAL)样本。

检测仅限于根据1988年临床实验室改进修正案(CLIA), 42 U.S.C.§263a认证的实验室,用于执行高复杂性的检测。

结果用于SARS-CoV-2 RNA的鉴定。SARS-CoV-2 RNA通常可在感染急性期的呼吸道标本中检测到。阳性结果表明存在SARS-CoV-2 RNA;确定患者感染状况需要与患者病史和其他诊断信息的临床相关性。阳性结果不排除细菌感染或与其他病毒合并感染。美国及其领土内的实验室必须向有关卫生当局报告所有阳性结果。阴性结果不能排除SARS-CoV-2感染,不应作为患者管理决策的唯一依据。

阴性结果必须结合临床观察、病史和流行病学信息。Illumina COVIDSeq测试适用于经过资质和培训的临床实验室人员,特别是经过NovaSeq 6000测序系统、NextSeq 2000测序系统、NextSeq 500测序系统、NextSeq 550测序系统或NextSeq 550Dx仪器的使用培训的人员。以及下一代测序工作流程在体外诊断程序。Illumina covid - seq测试仅在食品和药物管理局的紧急使用授权下使用。

请联系Illumina代表了解区域可用性。

高级工作流

常见问题

关于covid - seq测试

该试验已由FDA根据紧急使用授权(EUA)授权,用作检测和/或诊断新冠病毒-19的体外诊断试验。

covid - seq可用于进行菌株分型,监测病毒进化和流行病学。它可用于报告用于公共卫生和研究应用的临床样本中的病毒序列。

Illumina COVIDSeq测试没有提供有关检测到的特定突变的作用及其降低疫苗有效性、对传播性的影响或对患者的影响的风险的信息。

不,这项测试只检测SARS-CoV-2,即导致新冠病毒19的病毒。

本试验采用放大子方法对SARS-CoV-2进行靶基因重新测序。当检测到+90个放大器时,报告一致序列。这一信息使病毒基因组分析能够用于研究,并提供对样本中存在的SARS-CoV-2菌株的深入了解,以帮助研究人员追踪病毒菌株。

紧急使用授权授权FDA在宣布的紧急状态下促进未经批准的产品的供应,或未经批准的产品的使用。当紧急状态结束时,该试验不再被授权用于临床,并默认为标准监管要求。

检测仅限于根据1988年临床实验室改进修正案(CLIA), 42 U.S.C.§263a认证的实验室,用于执行高复杂性的检测。

必须进行更多的检测,以控制全球大流行,并恢复工作、学校和正常活动。然而,COVID-19检测相关产品严重短缺,许多临床实验室面临能力和资源限制。covid - seq利用高度可扩展和准确的测序技术,使实验室能够加强和多样化检测,有助于提高COVID-19的检测能力。

本产品适用于授权国家(加拿大、日本、菲律宾、新加坡和美国)各自授权机构的SARS-CoV-2病毒RNA检测。*根据地区和国家的情况,可能需要额外的数据才能将covid - seq用作诊断检测。一个本产品仅供研究使用(RUO)版本可用作病毒基因组分析以供研究之用。

COVIDSeq工作流

本试验仅授权与NovaSeq 6000 v1.0 S4和SP试剂盒、NextSeq 2000和NextSeq 500、550、550Dx(RUO模式)v2.5 HO试剂盒一起使用。使用其他系统和/或试剂盒需要独立验证和单独提交紧急使用授权。

本试验获准与鼻咽(NP)、口咽(OP)和中鼻甲(MT)鼻拭子一起使用。

在NovaSeq S4和SP流动池中,每个通道最多可装载384个样品,每个S4流动池可装载1536个样品,每个SP流动池可装载768个样品。两个流动槽可以同时运行,每次运行分别为3072或1536个样品。

在NextSeq 2000上每次运行最多384个示例。

每个HO流动池最多可装载384个样品。

通过Illumina可获得多达384个独特的双指标(IDT for Illumina PCR indexes Sets 1-4)。

分析和报告

通过安装在本地DRAGEN服务器上的DRAGEN COVIDSeq测试管道或通过BaseSpace Sequence Hub上的DRAGEN COVIDSeq测试应用程序进行分析。

对冠状病毒-19的阳性检测结果表明,检测到来自SARS-CoV-2的RNA,患者感染了该病毒,并被认为具有传染性。在做出最终诊断和患者管理决策时,应始终结合临床观察和流行病学数据考虑实验室检测结果。患者管理应遵循当前的CDC指南。

本试验的阴性试验结果意味着样本中不存在高于检测限的SARS-CoV-2 RNA。然而,阴性结果并不排除新冠病毒-19,也不应作为治疗或患者管理决策的唯一依据。阴性结果并不排除新冠病毒-19的可能性。

*授权机构:加拿大卫生部、日本药品和医疗器械署(PMDA)、菲律宾食品和药物管理局、新加坡健康科学局(HSA)、南非健康产品管理局(SAHPRA)和美国食品和药物管理局。