TruSeq滞留mRNA
准备从信使rna序列库获得的清晰视图与strand-specific编码转录组信息。阅读更多…
图书馆准备
指数适配器
总:
产品之前被称为TruSeq滞留mRNA图书馆准备工具包(猫。不。rs - 122 - 2101, rs - 122 - 2102,和rs - 122 - 2103)现在被称为TruSeq困mRNA。产品配置已经改变了。在新的配置,图书馆准备和指数适配器可以单独购买。个人购买的可用的组件列表中可以找到“选择产品(s)”部分。
TruSeq滞留mRNA提供了简化,有成本效益的和可伸缩编码转录组分析的解决方案。它兼容是一个广泛的样本。
得到精确的测量检测反义转录的信使rna链取向,成绩单注释,提高定位效率。高覆盖率均匀性增强等特性的发现替代成绩单、基因融合,allele-specific表达式。
链信息标识的2股DNA的一个给定的RNA转录是派生的。这些信息记录注释提供了增加信心,特别是对非人类样本。确定链起源增加的百分比读取对齐,减少每个样本的测序成本。
工作流支持健壮的审讯标准和低质量的样品,和工作流兼容多种研究设计。
| 仪器 | 推荐的样品数量 | 读取长度 |
|---|---|---|
| NextSeq 550系统 | RNA分析:13-40样品每运行(基于1000万读/样本) 转录组分析:5-16样品每运行(基于2500万读/样本) |
2 x 75个基点 2 x 75个基点 |
| HiSeq 2500系统 | RNA分析:60 - 400样本/运行(双流细胞;基于1000万读/样本) 转录组分析:24 - 160样本/运行(双流细胞;基于2500万读/样本) |
2 x 75个基点 2 x 75个基点 |
| NovaSeq 6000系统 | RNA分析(每运行样本,双流动池):S1: 320年,S2:384 S4:768。受限于指数组合(双)。根据1000万年的读取。 转录组分析(每运行样本,双流动池):S1: 128年,S2: 256年,S4: 768。受限于指数组合(双)。根据2500万年的读取。 |
≤2×100个基点 ≤2×100个基点 |
| TruSeq滞留mRNA | TruSeq RNA图书馆准备工具包v2 | TruSeq RNA外显子组 | SureCell WTA 3′库ddSEQ系统准备装备 | |
|---|---|---|---|---|
| 试验时间 | ~ 10.5小时 | ~ 10.5小时 | ~ 2天 | 11 - 12个小时 |
| 内容规范 | 捕捉与链编码转录组信息 | 抓住了编码转录组(没有链信息) | 抓住了编码RNA转录组/外显子组 | 抓住了编码转录组(3 '丰富),strand-specific信息 |
| 描述 | 为研究人员提供了一个清晰的、全面的和精确的链编码转录组信息。 | 一个简单的、具有成本效益的解决方案编码转录组的分析研究。 | 为研究人员提供了一个清晰的、全面的和精确的链编码转录组信息和减少样本输入要求。 | 使单细胞RNA-Seq研究使用液滴发生器,隔离~ 1200细胞/盒,和一个简单的图书馆准备过程。 |
| 实践时间 | ~ 4.5小时 | ~ 4.5小时 | ~ 11个小时 | 4 - 5小时 |
| 输入数量 | 0.1 - 1 ug总RNA或10 - 100 ng先前孤立mRNA(从物种聚(反面) | 0.1 - 1 ug总RNA或10 - 400 ng先前孤立mRNA(从物种聚(反面) | 10 ng总RNA从新鲜/冷冻样本,或20 ng FFPE样本的总RNA | ~ 45000细胞/盒(必须输入) |
| 的作用机制 | Oligo-dT珠捕捉聚(反面 | Oligo-dT珠捕捉聚(反面 | 生物素化的捕获探针目标编码RNA。不需要RNA多聚腺苷酸尾。 | 低聚糖dT捕获,单个细胞 |
| 方法 | 信使rna序列 | 信使rna序列 | 外显子组测序,信使rna序列 | 信使rna序列 |
| 多路复用 | 1 - 96 | 24-plex每车道 | 24位单身96组合(CD)双 | - 24 |
| 专门的样本类型 | 不是FFPE-Compatible | 不是FFPE-Compatible | FFPE组织,低投入的样本 | 不是FFPE-Compatible,单个细胞 |
| 物种分类 | 牛,人类,哺乳动物,老鼠,老鼠 | 牛,人类,哺乳动物,老鼠,老鼠 | 人类 | 人类,老鼠 |
| 链特异性 | 被困 | Non-Stranded | 被困 | 被困 |
图2从TruSeq滞留mRNA和总RNA图书馆准备包数据表,2015年12月
技术复制FFPE组织显示高一致性,表明强劲图书馆准备性能。轴是log2 (FPKM)。R2值显示。
一个健壮的、高度可伸缩的whole-transcriptome分析(RNA-Seq)解决方案和样本类型为各种不同的物种,包括人类,老鼠和formalin-fixed石蜡包埋组织(FFPE)。
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