在血液中寻找癌症线索
下一代测序技术有可能为检测血癌打开新的大门。
在血液中寻找癌症线索
简介
仅在美国，就有超过100万人患有血癌。1早期发现对任何类型的癌症都是至关重要的，但许多血液疾病，如白血病、淋巴瘤和骨髓瘤，都很难诊断。标准测试包括细胞、蛋白质和血液中的化学标记物的表型和形态学检查。今天，新技术使医生能够将可疑的样本送到实验室进行遗传和生物标志物分析。基因检测可以让我们更近距离地了解分子水平上发生了什么。
然而，目前的癌症遗传分析技术可能是有限的，导致诊断的潜在延误。某些方法的有效性也会根据所评估的癌症和血液样本的来源而有所不同。
位于新泽西州卢瑟福的癌症遗传学公司的科学家们正在开发新的方法，通过将下一代测序(NGS)添加到其基因组分析方法的集合中来检测癌症。他们正在NGS系统上进行有针对性的基因组分析，与临床医生、制药公司和研究实验室合作，以确定血癌的重要基因组变化。
iccommunity采访了癌症遗传学的Narasimha Marella博士，Charles Ma博士和Weiyi Chen博士，HCLD (ABB)，了解他们如何使用测序检测关键的基因组变化。yobet亚洲
问:你们做什么类型的基因组分析?
陈伟毅(WC):我们使用Sanger测序、焦磷酸测序、基于实时pcr的测定、aCGH，现在已经将NGS纳入混合。
问:白血病的靶向基因组组包括哪些基因?
厕所:该小组检测与髓系白血病相关的基因，如急性髓系白血病(AML)，骨髓增生异常综合征(MDS)和骨髓增生性肿瘤(MPN)。具体来说，是面板上的三个基因NPM1，CEBPA,FLT3-已被世界卫生组织(WHO)确定为AML的预后评估。2这是一个全面的、最新的小组。我将该小组与公开的信息进行了比较，它包含了许多最近发现的基因，比如CALR，以及国家综合癌症网络(NCCN)指南中建议的MDS预后基因。
面板也很灵活。对于临床试验或研究，我们通常想要查看所有的基因。然而，根据实验室的需要，我们的客户可以选择一个较小的基因组或扩展到整个面板。
“通过观察靶向NGS的突变，我们可以提高对髓系疾病相关基因突变的检测，因为我们的灵敏度更高。”
问:你是开发该面板的财团的一员吗?
Narasimha Marella (NM):我们是髓系联盟(Myeloid Consortium)的一部分，并与其他几个小组合作，以确定可能与该疾病临床相关的基因。
厕所:我们也刚刚开始测序。我们认为这将是一个很好的机会来参与专家组并开始NGS。
问:是什么促使你决定开始使用NGS?
厕所:每周我们都会收到桑格单基因测序测试的样本。这些都是低灵敏度、劳动密集型、高成本的测试。通过观察靶向NGS的突变，我们可以提高髓系疾病相关基因突变的检测，因为我们获得了更高的灵敏度。NGS还使我们能够提供更好的服务，我们的基因面板可以在未来扩展。
细胞遗传学是一种传统的方法，用于确定某人是否为阳性或阴性的疾病，但在现实中，只有约50%的髓系疾病患者有细胞遗传学异常。其余50%的患者细胞遗传学正常，因此细胞遗传学检测无法检测到他们的疾病状况。然而，大约80-90%的患者可能携带突变。
如今，更多的研究使用分子标记将人分为不同的组进行临床试验。例如，在MDS中，如果一个人有5q缺失，他们可能被归为低风险组。然而，如果他们有TP53突变，完全改变了预后。如果你只看细胞遗传学标记，可能会产生误导。你还需要更全面地观察分子标记。
识别突变对治疗也很重要。有些突变，比如IDH1而且IDH2，已被报道为对治疗反应的指标。此外，一些标记物已被用来选择临床试验的人。通过提供更多关于分子水平上发生的事情的信息，NGS远远超出了我们在细胞遗传学上看到的。
马时亨(中):敏感度也是一个问题。传统上，我们对突变的敏感性极限是15-20%。即便如此，这也是一种延伸，因为我们很有可能得到的是正常细胞和肿瘤细胞的异质混合物，这种混合物因人而异。每当我们进行桑格测序时，我们总是要问，我们是否遗漏了什么?这就是我们想采用NGS的原因，在NGS中，我们通常可以在5%左右实现更高的灵敏度。
“从DNA文库准备到可分析数据，只需要2-3天。”
问:在NGS系统中，你还看重其他什么品质?
CM:NGS系统的输出和精度是非常重要的。我们不能每次只处理一个样品。我们必须能够在一次运行中重复多个样本，并仍然获得足够的数据来执行分析。这些特质对研发也很重要。
问:到目前为止，在使用NGS的过程中，你看到了什么?
CM:它的工作原理!这是我们进入的一个全新领域，我们认为学习曲线可能会很陡峭。yobet亚洲一开始我们已经做好了失败几次的充分准备，但我很惊讶我们第一次就成功了。我们在第一次测试中就获得了有用的序列数据，这让我们更有信心使用NGS。
我们选择了一个易于使用的台式步行系统。你只要开始就行，不用看。
问:从样本到结果的转变是怎样的?
CM:从DNA文库准备到可分析数据，只需要2-3天。
问:你认为你所在领域有什么趋势可能会影响基因检测的未来?
纳米:许多开发疗法的公司早在第一阶段试验时就对生物标志物数据感兴趣。它使他们能够通过更快地确定适当的人群来个性化治疗和降低药物开发成本。NGS支持多路复用，在更短的时间内从更多的基因传递这样的数据。我认为制药公司在开发新疗法时都期待着常规使用生物标记物数据。
参考文献
- 事实和统计数字|白血病和淋巴瘤协会(www.lls.org/diseaseinformation/getinformationsupport/factsstatistics) 2016年1月15日访问。
- 王志强，王志强，王志强，等。世界卫生组织(WHO)髓系肿瘤和急性白血病分类的2008年修订:基本原理和重要变化。血。2009;114: 937 - 951。