在高碎裂的RNA样品中识别LNCRNA生物标志物

介绍

jovandesompele教授博士对RNA长达数十年的痴迷使得他在2007年创立了Biogazelle。该公司为制药、生物技术和临床研究人员提供转录组分析和实验设计服务。其服务范围包括:通过定制的RNA定量研究发现和验证RNA生物标志物;高通量反义寡核苷酸筛选;长编码RNA (lncRNA)靶标的识别、测量和沉默;协助客户进行先导药物研发和临床前研究。

非成型RNA研究是生物泽的核心作用的大部分状态。一些癌细胞似乎沉迷于某些LNCRNA的存在，并且当转录物沉默时死亡。¹使用福尔马林固定的石蜡包埋（FFPE）和液检样品，由于低输入量和这些癌症样品的高度碎片性质，可能是困难的。Beogazelle使用NextSeq 500系统和Truseq RNA Exome套件来执行RNA-SEQ，从而获得这些样本的最多信息。

Jo Vandesompele博士是根特大学的教授，也是Biogazelle的联合创始人和首席科学官。

充分利用高度碎片化的样本

根据Vandesompele教授的说法，没有更好的仪器可用于RNA-SEQ而不是NextSeq 500系统。“它有能力，灵活性和规模，我们需要执行总RNA-SEQ，”Vandesompele教授说。“在支持各种图书馆类型方面也非常宽容。”

这些癌症标本非常有价值。“我们的客户和合作伙伴不希望为一种需要微克或甚至100纳克RNA的方法来牺牲生物材料，”脉培道教授加入。

Beogazelle与Illumina合作，减少各种RNA-SEQ应用所需的样品。“我们正在寻求答案，了解样本如何成功地执行RNA-SEQ，”Vandesompele教授说。“10纳米将有效吗？1纳米怎么样？我们可以序列液体活检样本，在那里我们甚至无法可靠地测量RNA浓度吗？令人惊讶的是，少数简单，巧妙的修改并不困难。我们可以进行准确和敏感的RNA测量，只有几纳克总RNA或仅200μL的生物流体。²我们非常感谢Illumina团队的支持，使我们能够实现这一目标。”

NextSeq 500系统“具有执行全rna测序所需的能力、灵活性和规模。它在支持不同的库类型方面也非常宽容。”

克服的挑战

TruseQ RNA Exome Library Prep Kit提供了一种“伟大的解决方案”，可以解决结合超低输入和高碎裂的RNA挑战的FFPE和液检样本。它将总RNA转化为已知股线的模板分子，然后进行序列捕获感兴趣的外显子。“其他总RNA预备方法消耗了许多内含子的读取，这些内含子并产生较低的质量数据，”Vandesompele教授说。“基于RNA极端探针的捕获方法是优越的并且像魅力一样工作。”

RNA极端的一个限制是探针仅靶向蛋白质编码基因。“当我们进行总RNA-SEQ时，LNCRNA几乎处于噪声水平，95％的读取量为高度丰富的编码蛋白质基因，”Vandesompele教授解释。“作为一个解决方案，Illumina使用了我们在跟特大学创建的综合人体LNCipedia数据库，为所有人开发自定义探针。^3.用定制探头补充套件，瞄准这些低丰富的挑战，挑战LNCRNA使我们能够进行奇妙的实验。它对我们的客户来说，研究他们之前不能的事情也开辟了众多可能性，这很好。“

“基于RNA极端探针的捕获方法是优越的并且像魅力一样工作。”

修改低输入样本的工作流程

TruSeq RNA外显子组是处理低输入量的好技术，Biogazelle根据RNA分子做了一些工作流程的修改。Vandesompele教授说:“对于低量的RNA输入，我们采用了几种不同的技巧，比如通过浓缩样本来增加输入量。”

生物血伞团队发现，用Truseq RNA Exome捕获之前的多路复用是液体活组织检查的问题。“由于RNA含量不同，我们的图书馆绝不是等摩尔，”Vandesompele教授补充道。“而不是预捕获多路复用，我们为每个样本执行单独的捕获。它是更多的工作，但数据明显更好，图书馆是等摩尔的。“

lncrna在肿瘤、神经学和其他疾病领域提供了前景。我们正处于一种全新药物的开端。”

高价值RNA-SEQ肿瘤学研究

Vandesompele教授认为RNA-SEQ数据提供相同的，如果不是更多，则提供信息性数据作为DNA测序。生物标志物电位显着大大，49,000个高置信度LNCRNA基因与21,000个蛋白质编码基因。然而，该值可能位于查看RNA和DNA签名，以评估癌症或其他疾病。“LNCRNA在肿瘤学，神经病学和其他疾病类型领域提供承诺，”Vandesompele教授说。“我们在一系列全新的药物开始。”

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nextseq 500系统

Truseq RNA Exome.

参考

1. Huarte M和Rinn JL。大型非编码RNA：缺失癌症链接？哼摩尔麝猫．2010; 19:152 - 161。
2. Biogazelle。专业知识/液体活检。www.biogazelle.com/expertise/liquid-biopsies．访问。2019年6月17日
3. Lncipedia。人类长期非编码RNA综合纲要。lncipedia.org/．2019年5月28日访问。

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