荷斯坦基因分型促进了欧洲的合作竞争
Eurogomomics与使用Infinium Bovinesnp50珠芯片和由七个欧盟合作伙伴开发的自定义Bovineld Beadchip共享基因组信息。
荷斯坦基因分型促进了欧洲的合作竞争
介绍
2009年，七个欧洲国家——法国、丹麦、瑞典、芬兰、荷兰、比利时和德国——的荷斯坦牛饲养者选择放弃个人议程，汇集他们的基因组数据，创建了欧洲基因组学参考群体。1后来，来自西班牙和波兰的基因组数据也被加入进来。他们开发了一种利用BovineLD BeadChip的定制阵列，以提高基因组选择的准确性，并在欧洲牛种群中有效地识别和管理遗传疾病。
今天，参考人口的规模增加了一倍，北美的竞争对手。Holstein牛饲养员现在正在使用第五版的定制Bovineld珠芯片，其基因组数据的体积大大增加。2016年4月，合作伙伴觉得需要将其关系与下一个级别进行关系，以便最好地面对基因组选择所提出的所有挑战。现在，欧洲因子是由七欧盟农民拥有的组织组成的合作社：法国的进化和orilecoplus;CRV在荷兰;丹麦，芬兰和瑞典的维京遗传学;西班牙的康佳;和MCB Krasne和Pfhbipm在波兰。2该合作社代表了1000多万头荷斯坦奶牛，并计划开展研究，继续为育种者提供高质量的信息。
Xavier David，是盟友的首席执行官3.和VALOGENE。alice由29个提供育种和生殖服务的法国和比利时合作社组成，并代表法国成员加入欧洲基因组学合作社的利益。VALOGENE是alice的姐妹公司，致力于基因组解决方案。VALOGENE代表欧洲基因组学与欧洲的12个基因分型实验室合作，旨在提供创新和可持续的基因分型解决方案。欧洲基因组学秘书长Clotilde Patry促进所有欧洲基因组学合作伙伴共同项目的开发和实施，目标是改善对欧洲农民的服务。
iccommunity与Xavier和Clotilde进行了交谈，以了解荷斯坦个体养殖者如yobet亚洲何从全大洲的数据共享中受益，他们从中吸取了什么教训，以及欧洲基因组学公司如何提高全球成员的知名度。
问:什么是欧洲基因组学，您是如何参与其中的?
Clotilde ((CP):在2009年的基因组革命开始时形成了欧洲因子，当时繁殖公司决定加入势力和分享数据，使个人育种者和乳制品农民都可以受益于高质量的基因组评估。在我专注于遗传预测质量的动物育种中，我加入了欧洲元素以协调其基因组项目。
泽维尔大卫(XD):法国占欧洲荷斯坦牛群的三分之一。Allice代表涉及荷斯坦育种的所有法国养殖公司。我在人工授精（AI）行业中运行各种公司进行了背景。我于2009年加入了各自族，以使其采用基因组集成，更多的组织比科学方式，目标是增加欧盟荷斯坦参考人口的规模。
问:在欧洲基因组学创立之前，欧洲的荷尔斯泰因育种计划处于什么状态?
XD:当美国和加拿大开始合并2008年底的参考人口时，欧洲育种公司开始注意。
CP：欧洲的育种者根本不分享他们育种计划的信息。然而，他们将共享有利于他们育种计划的基因工具。
XD:美国和欧洲都在北半球，因此有相似的气候、品种和农业知识。一个显著的区别是，美国的养牛业更加工业化，而欧洲的家庭农场更多。
“通过迅速获得遗传信息，无论动物的年龄或性别，我们都可以显着降低发电间隔。”
问:Eurogomomics冠军如何通过欧洲乳制品农民使用基因组工具？
XD:第一步是在同一张桌子周围获得欧洲育种组织。2009年，每个合作伙伴都投入了数百万欧元的荷斯坦人群，并且突然被要求他们向竞争对手提供所有这些宝贵的基因型。由于欧洲内部的历史和文化差异，各国之间的合作并不总是像它声音一样容易。他们不习惯合作，需要花时间建立信任。然而，他们认识到相互成功的关键是互惠性，并且在实现他们将无法单独到达的事情方面存在价值。欧洲因子肯定引发了一个新的关系和过程的新时代。
问:欧洲荷斯坦种群基因分型的第一步是什么?
XD:我们开始使用Bovinesnp50 Beadchip进行基因分型欧洲Holstein群体。我们选择了它，因为科学家告诉我们这是一个很好的工具，我们将获得更好的质量比例。
问:欧洲因子的早期阶段是否有任何推动？
XD:当我们首次启动时，其中一位原始合作伙伴开发了自己的私人定制芯片。对于一些人来说，这是不与他们合作的理由。但是，我们讨论了它并决定共同努力。
我们开发了一种将数据从私有芯片转换到Illumina BeadChip的输入方法。归因非常好，我们能够使用所有来自两个芯片的数据。结果证明，我们将低密度芯片转化为高密度芯片是一个优势。所有的合作伙伴现在都在使用Illumina的芯片。
问:由于欧洲因子合作，基因组学在欧洲荷斯坦育种计划中采用了如何迅速？
XD:基因组学采用已经迅速。因为我们能够为该桌子带来可靠的工具，霍尔斯坦养殖公司开始快速看到结果。在过去三年中，在法国，已根据这些信息进行超过75％的AIS。
问:对AI有基因组信息有什么好处？
XD:通过迅速获得遗传信息，无论动物的年龄或性别，我们都可以显着降低发电间隔。例如，后代测试以获得一公牛的繁殖值，用于花费多达五年。现在需要几个星期。
CP：由于基因组选择，一切都很快。该信息还使育种者能够选择新的特征或特征，并避免遗传异常。
XD:它还为我们提供了更好的健康特征信息。
“BovineSNP50 BeadChip改进了我们的决策，使我们在知道后代测试的价值之前，不必让牛在等候站待上几年。”
问:从使用Illumina Beadchips获得基因组选择的欧洲因子合作伙伴有什么好处？
XD:BovineSNP50 BeadChip提高了我们的决策能力，使我们在知道后代测试的价值之前，不必让牛在等候站等待数年。在BovineLD BeadChip发布后，基因分型变得更便宜了，因为它将用于牧群管理的基因分型从育种公司转移到了育种家。这使得饲养者能够更好地管理牲畜的替换。育种公司也从中受益，因为遗传数据增加了他们对欧洲荷斯坦品种广泛遗传多样性的了解。去年在法国，我们对10万只动物进行了基因分型，其中70%是雌性，这只是出于管理目的。这令人难以置信，因为我们在2.5年前才开始使用定制的BovineLD BeadChips。
CP：我们已经实现了对所有性状的高可靠性基因组预测。虽然每个特质的信度不同，但我们发现男性和女性的信度显著增加。参与欧洲基因组学增加了我们在欧洲的参考人口。2009年，来自德国、荷兰、北欧国家和法国的参考人口分别为16000 - 4000人。到2015年底，参考人口翻了一番，达到32000人，我们又增加了两个国家，西班牙和波兰。
XD:这只是牛市。
CP：我敢说，欧洲的荷尔斯泰因参考人口现在比北美人口还要多，北美人口在加拿大和美国之间大约有25000人。
问:为什么欧洲因子决定开发定制的Bovineld Beadchip？
XD:我们使用的是Illumina公司开发的首批定制芯片之一。BovineSNP50 BeadChip和BovineLD BeadChip之所以成功，是因为它们具有专门针对欧洲人群的特殊snp。新的EuroG10k芯片是基于Illumina BovineLD BeadChip和定制添加标记的商业和研究应用。我们正在用它进行育种计划中的雄性预选、亲代验证和性别控制、疾病和遗传异常检测，以及商业应用，以获得小母牛的基因组育种值(GEBV)。我们还将其用于研究，以测试因果突变，这将导致新的基因测试，并提高传统和新特征的可靠性。
CP：每个研究机构都有自己感兴趣的一套研究主题。通过在系统范围内使用定制的BovineLD BeadChip (EuroG10k)，我们能够在乳制品和牛肉品种的研究中共同涵盖更多的新信息。
问:提供给欧洲荷斯坦育种者的自定义Bovineld Beadchip的价值是多少？
XD:最大的影响是与健康特征相关的遗传信息的质量。我们的合作伙伴也很高兴能够通过基因组评估更好地了解兽群中的雌性。通过提供哪些雌性最适合繁殖的准确信息，它使他们能够更好地管理自己的畜群。
CP：关于女性遗传学的数据是农民的一个非常强大的工具。在基因组时代之前几乎不可能拥有这些信息。为了获得同一级别的遗传信息，女性将不得不生产超过100个女儿。
“新的EUROG10K芯片基于Illumina Bovineld Beadchip，并通过为商业和研究应用添加标记来定制。”
问:基因组选择提高了农业表现吗？
XD:目前，欧洲牛奶危机和牛奶价格下跌。我们的农民需要更高效：技术上和经济。基因组学提供了以精确度管理生长畜群的工具。通过基因分型所有女性，农民可以优化畜群更新，并创造肥沃的奶牛，抗病，具有良好的长寿，需要很少的人力干预。
就出口机会而言，这是一个复杂的问题。世界荷斯坦精液市场由北美公司主导，基因组选择不会改变这一点。这是因为精液市场的成功更多地取决于网络、专业知识、营销和国际经验，而不是产品本身。然而，欧洲育种公司更有能力在世界市场上竞争，因为他们现在有高质量的公牛基因组数据。
问:你打算将来做哪些研发项目?
XD:我们希望将所有的雌性整合到参考种群中，对新性状进行基因组选择。我们也有成千上万的序列，目前正在研究，为基因组工具带来更多的信息。
CP：新的特征很重要，因为不同的特征对欧洲的不同国家很重要。例如，在西班牙，奶牛在高温下表现良好是很重要的，因此热耐受性至关重要。在北欧国家，他们最重视健康。
问:在六个国家的尺度上评估年轻公牛的好处是什么？
CP：六个国家鳞片是法国，西班牙语，荷兰语/佛兰芒，德语，北欧和波兰语。每种比例都基于本地农民的信息，具体取决于其特定需求。
XD:基因分型动物是连续过程，计算管道也是如此。每年三次，我们交换基因型，以便每个国家都可以直接从基因型上以自己的规模来计算它们的繁殖值。这提供了欧洲因子中的透明度。我们交换基因型，然后每个国家都能够根据其独特的育种价值进行自己的计算。
问:欧洲基因组学如何成功地促进竞争组织之间的合作?
XD:我倾向于使用“合作”这个词来表示我们能够在后台合作，但最终我们都是所有竞争对手。它在美国是一样的，其中几个合作社使用一个中央数据库，但仍然竞争在国内外。Eurogomomics不是养殖公司的合并，但更多的后台组织。
CP：一位优势美国合作社都有他们都说相同的语言并有一个国家规模。我们至少有六种不同的语言，六个不同的计算中心等等。但是，我们认为这些不同的经历创造了更丰富的合作。
问:Eurogomomics的后续步骤是什么？
XD:欧洲基因组学的下一个挑战将是帮助育种公司在世界市场上更加引人注目、更具吸引力和创新。
问:您认为基因组学将来会使动物产业有益吗？
XD:基因组选择使新的利益相关者进入这个行业并刺激竞争成为可能。看看美国的情况:仅仅两年时间，美国市场的新进入者——zoetis和Sexing technology——就占据了TPI前100名看涨者的三分之一。仔细想想，你会觉得很神奇。
CP：基因组选择也将使发展中国家受益，特别是在非洲和亚洲等地方。这些国家的荷斯坦育种者大部分时间都花费了大部分时间杂交动物。他们需要特定的工具来更好地考虑当地品种和农业环境的遗传特异性。基因组学也可以帮助他们改善生产，适应和畜群管理。
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Illumina Bovineld Beadchip，
www.169o.com/products/by-type/microarray-kits/bovineld.html
Illumina公司BovineSNP50 BeadChip,
www.169o.com/products/by-type/microarray-kits/bovine-snp50.html.
参考
- Lund Ms，Roos AP，VRIES AG等人。来自四个欧洲荷斯坦人群的常见参考人口增加了基因组预测的可靠性．Genet Sol Evol.．2011; 43：43。
- EuroGenomics。www.eurogenomics.com．2016年5月访问。
- 盟友。www.allice.fr.．2016年5月访问。