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细胞遗传学检测为复发性妊娠丢失提供了新的见解

使用Infinium CytoSNP- 850K BeadChip进行高分辨率分析，与传统的细胞遗传学分析方法相比，在识别染色体和基因组异常方面具有较高的分析灵敏度和特异性。

细胞遗传学检测为复发性妊娠丢失提供了新的见解

基于微阵列的细胞遗传学检测为RPL的遗传基础提供了新的见解

介绍

流产或流产比许多人意识到的更常见。美国妇产科医师学会(ACOG)估计，大约五分之一经临床证实的妊娠会自然终止，大多数在妊娠的前12周。1什么是常见的是经常性怀孕损失（rpl），美国生殖医学（Asrm）的美国社会在这些怀孕之前定义为2或更多的流产（通过超声波诊所证实）达到20周的标记。2大约1-2%的女性会经历多次、连续的流产，而流产的原因通常是遗传的。3.

据Combimatrix临床事务副总裁Trilochan Sahoo介绍，传统染色体核型核查核查综合算法提供有关某些夫妻中可能导致RPL的有限信息。他在宪法细胞遗传学和基因组学中的长期作用表明，染色体微阵列分析（CMA）可能提供比旧技术用于流产分析的更好的可靠性，分析敏感性和特异性。4-6为了测试他的假设，Sahoo博士和他的同事们表演了> 3年系统，大规模的回顾研究。7.该研究明确证明CMA使用CytosNP-850K Beadchip有助于检测各种样品类型的临床显着异常，提供关于染色体状况的更全面的信息，而不是传统的核型。

作为细胞遗传学服务的主要供应商，Combimatrix每年从概念（POC）产品中进行超过2500个样品的细胞遗传学分析。Sahoo博士与Icommunity有关使用常规染色体分析来了解RPL的遗传支撑的历史挑战，以及Cytosnp-850k Beadchip的CMAS如何使科学家和临床医生能够获得对妊娠损失原因的关键洞察力。

Trilochan Sahoo，MD，是Combimatrix的临床事务副总裁和细胞遗传学总监。

问：人口中流产和rpl的发生率是多少？

Trilochan Sahoo（TS）：流产相当普遍。据称，大约15-20％的所有临床认可的怀孕最终导致流产事件。1然而，在甚至被医生被认为是怀孕之前，许多怀孕都丢失了。大约1-2％的夫妻将有RPL。3.我们对POC样品进行细胞遗传学分析，以确定可能对RPL负责的遗传原因。

问:对POC样本进行细胞遗传学分析有什么困难?

TS:表演POC样品的细胞遗传学分析有几个问题。流产难以预测，并且经常出现在临床环境中，可以快速获得POC样品。无论是在家还是在医院发生流产，我们获得的POC样品的质量也存在显着的变化。即使新的POC样品也是如此。通常，样品是次优，质量和实验室不能成功培养常规染色体分析或荧光所需的绒毛膜绒毛的胎儿细胞原位杂交(鱼)分析。

历史上，对POC样本进行常规染色体分析时，检测失败率为20-40%。8-9当我们成功时，我们会遇到患有母体组织的样本的风险。具有子宫组织的母细胞污染可以使POC样品的细胞遗传学分析无法实现，并且大大增加了假阴性结果的可能性。我们的最佳结果来自纯粹和直接从胎儿组织提取的DNA，从而提供我们需要了解其基因组状态的高质量和高度具体数据。

问：如何使用Cytosnp-850k珠芯片来开始用于PoC细胞遗传学分析的原因是什么？

TS:我们自2012年以来一直在使用Cytosnp-850k Beadchip，专门用于所有细胞素检测，包括产前，小儿和流产分析。它是一种全基因组，高分辨率微阵列，可检测高灵敏度和特异性的异常。当我们看到使用这种微阵列删除或重复染色体区域时，我们相信它是准确和真实的。

cytosnp-850k珠芯片评估了850,000个单核苷酸多态性（SNP），使我们能够识别RPL后面的重要遗传阶段。这些包括三重倍数，如三重子，三倍体，其中有3个完全单倍体套，和摩尔妊娠，其中卵缺乏遗传物质被精子受精。这些异常中的大部分与寿命不兼容，并且难以确定常规染色体分析。

CytoSNP-850K BeadChip的一个有价值的方面是，它可以成功地用于福尔马林固定，石蜡包埋(FFPE)组织样品，已在病理实验室处理。我们能够分析这些FFPE样品，以及新鲜POC样品，成功率很高。事实上，使用CytoSNP-850K BeadChip，我们可以在90%以上新鲜和FFPE样品中提供准确和信息丰富的结果，我们收到这些样品用于微阵列分析。分析FFPE样本的能力对研究多胎妊娠的损失是有好处的，因为我们可以回到早期怀孕的POC样本存档，并确定哪些异常。

“使用CytoSNP-850K BeadChip，我们可以在收到的用于微阵列分析的新鲜FFPE样品中提供准确和信息丰富的结果。”

问：使用CMA激发了您的怀孕损失样本研究吗？

TS:Combimatrix一直在对PoC样本进行微阵列分析数年，是PoC CMA服务的最大供应商之一。随着我们的实施Cytosnp-850k Beadchip，我们意识到该技术在鉴定通过染色体分析经典鉴定的标准三元的强大，以及超出传统技术能力的额外异常的光谱。Cytosnp-850k珠芯片可用于识别可能导致妊娠损失的长期异常列表。因为我们有这么多的数据，在许多频率发现的众多案例中，我们觉得我们有责任让我们能够向社区提供。

我们很自豪地发表了使用最新一代基因组工具对8000多个POC样本进行的最大的单一研究。这些新技术对我们理解妊娠流产的基因原因做出了重大贡献，并让我们有机会问我们需要知道的其他问题。

问:您在CMA研究中分析了哪些类型的POC样本?

TS:在我们的研究中，大约75%的样本是新鲜样本，大约23%是FFPE样本，一小部分是血液、羊水培养细胞或DNA。近60%来自RPL患者。

“我们很强烈地觉得我们建立了一种思考染色体非血糖和基因组失衡的新标准，导致或有助于妊娠损失。”

问：您在CMA研究中使用了哪些技术？

TS:几年前，当我们开始检测POC样本时，我们使用了较老的CMA平台，如细菌人工染色体阵列比较基因组杂交(CGH)或寡核苷酸阵列CGH。我们转向基于单核苷酸多态性的CytoSNP-850K BeadChip的意义尤其适用于FFPE样品，因为在这些样品中，染色体核型是不可能的，而且旧的平台失败率很高。在我们的研究中，这些技术占了大约18%的病例。我们在2012年改用了CytoSNP-850K BeadChip，结果88%的研究案例使用了该技术。

问：您评估了哪些类型的异常？

TS:当你观察POC样本时，你通常会识别出三体、三倍体或大型基因组不平衡，如缺失和重复。由于我们的研究规模大，我们获得了大量关于单染色体三体发生频率的数据，如16三体或21三体。我们还获得了多个三体的病例的显著百分比，其中一个患者有16三体，加上21三体和另一个三体。近8%的人有三倍体或全基因组单亲本二体(UPD)。三倍体提示部分葡萄胎，全基因组单亲本二体提示完全葡萄胎妊娠;这两种基因异常几乎都必然导致妊娠失败。重要的是，这个庞大的数据集让我们能够准确估计特定染色体异常的频率。我们强烈认为，我们已经建立了一个新的标准，来思考染色体非整倍体和基因组失衡导致或促成怀孕损失。

问：使用cytosnp-850k beadchip可以获得什么洞察以评估RPL？

TS:正如您可能想象的那样，遭受RPL的患者被驱使为此为什么发生在他们身上的答案。尽管流产的共同之处，但怀孕损失并不总是容易理解。最近的研究表明，遗传原因是超过50％的妊娠损失的原因。10-11然而，仍然没有多大的动力来进行遗传测试以了解这些损失。

CMA测试的好处是，我们可以在50％以上的情况下实际定义异常。我们可以提供答案，即这是三兆癣21或三重奏16，或导致这种妊娠损失的其他一些主要基因组异常。我们现在对最有能力和什么类型的基因组异常具有最能导致妊娠损失的理想。当异常较小而不那么明显时，我们不能确定，但​​通常可以说，某种遗传异常引起或显着导致妊娠损失。

结果是我们可以为患者提供答案。在许多方面，它可以给这种情绪和创伤家庭活动发出一些关闭感。除了这种关闭感，我们还可以为未来怀孕的类似事件的可能性提供一些预测价值。从我们的角度来看，这可能是最有价值的信息。它为患者提供有关其妊娠损失的信息，以及在未来怀孕中应预期复发风险。

高效的工作流程，以流线型方式同时处理多个样品的能力，以及我们通过CytoSNP-850K BeadChip获得的高质量数据，使我们在调用我们的样品中发现的不同类型的异常时具有高度的信心。”

问：您对分析POC样品的Cytosnp-850k珠芯片的评估是什么？

TS:CytoSNP-850K BeadChip是一个强大的平台，为我们提供了高敏感性和特异性的遗传异常数据。从处理样品到实际执行微阵列运行和分析数据，它涉及到一个精简的过程和用户友好的技术。CytoSNP-850K BeadChip使我们能够在处理各种类型的多个样品时以高度的效率工作。大部分流程是由Illumina提供的技术和我们在实验室开发的流程实现自动化的。最重要的是，CytoSNP-850K BeadChip为我们提供了高质量的数据，包括拷贝数变异(即缺失、重复、三体和单体)和等位基因异质性。高效的工作流程，以流线型方式同时处理多个样本的能力，以及我们使用CytoSNP-850K BeadChip获得的高质量数据，使我们对在我们的样本中发现的不同类型的异常调用具有高度的信心。

问:未来你将如何使用Illumina技术?

TS:CytosNP-850K Beadchip是我们分析侵入性产前试验的POC的优选平台，并用于评估儿科组织样品。

微阵列技术，尽管一切，并不像我们希望的那样经济。因此，我们正在评估不同调查领域的Illumina高吞吐量，下一代测序（NGS）技术。我们正在评估NGS，看看我们是否可以使用CytosNP-850K Beadchip实现的相同程度的灵敏度和特异性。正如我们在本文件中阐述的那样，如果我们可以使用NGS达到一定程度的评估能力，我们将非常积极主动地将其作为筛选试验，然后才能攻击CMA分析，以挑战POC样本。

Cytosnp-850k珠芯片提供的敏感性，特异性和异常拾取率将是即时未来的一种金标准。高分辨率染色体微阵列为我们的患者及其家人提供巨大的价值，这对我们来说非常重要。

问:关于RPL的研究，你希望发现有什么变化?

TS:仍有大量的临床医生认为常规染色体核型分析是POC样品的首选选择。除了我们的论文外，还有其他研究表明染色体微阵列，使用右平台，提供更多答案，具有极高的灵敏度和特异性。6,12.这种深刻地覆盖了通过标准染色体分析可以密切地实现的任何东西。我们希望看到越来越多的临床医生和专业的社会，将其作为未来的PoC测试的第一线。我们很强烈地觉得患者在诊断价值方面受到显着的益处。

未获批准的适应症或此特定用途的产品。这一意见是以审稿人的评价为基础的。

参考
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