Infinium HumanMethylation450K BeadChip常见问题解答

LIMS支持可用于Infinium MethylationEPIC珠子芯片和Infinium Mouse甲基化珠子芯片。

在比较用不同扫描仪采集的数据或处理属性(如日期、试剂批次、仪器、操作人员等)时，需要进行背景减法。当您在同一台扫描仪上扫描芯片时，背景减法的影响要小得多，而且可能没有必要。使用减法和不使用减法分析数据子集，并根据结果选择您喜欢的数据子集。

Infinium HumanMethylation450珠片的阵列密度要高得多。有大量的CpG列出了多个转录本，并且CpG站点可以分为不同的注释类别。因此，计算TSS距离的任务将是一项巨大的生物信息学任务，而且每次基因组更新时，这些数字都必须被修改。另外，“UCSC_RefGene_Group”一栏中有关于CpG相对于特定区域的位置和相关基因的特征的内容，这在很多方面比相对于转录起始位点的简单距离更丰富。

FFPE样品不推荐用于标准方案。FFPE样品已经高度降解，具有高水平的交联，因此转化不能有效地发生。但是，您可以在Infinium HumanMethylation450 BeadChip上运行FFPE样本，使用FFPE自动或FFPE手动协议以及Infinium FFPE DNA修复液工具包．

Illumina还没有对任何商用标准进行广泛测试，目前也不推荐其中任何一种。在内部，Illumina使用我们自己实验室产生的标准。下面的文章描述了我们生成标准的方法:

周丽娟，周丽娟，周丽娟，等。(2009)基于DNA甲基化分析的全基因组DNA甲基化分析，中国生物医学工程学报，1 (1):77- 77

这是一个双色实验。

对于基于Infinium I assay设计的Infinium HumanMethyation27 BeadChip分析，所包含的颜色取决于被查询的CpG位点之前的碱基。可以是绿色也可以是红色。

Infinium HumanMethylation450 BeadChip分析包括Infinium I和Infinium II研究设计。在后一种情况下，来自探针序列3'端(查询基上游的一个碱基)的单个碱基扩展将导致红色或绿色信号，这取决于查询位点是未甲基化的还是甲基化的。

是的。Illumina推荐以下货架亚硫酸氢盐转换套件从Zymo研究．

• 50个反应(单列格式)(目录# D5001)
• 200个反应(单列格式)(目录# D5002)
• 2×96 reactions EZ-96 DNA甲基化试剂盒(深井格式)(目录# D5004)

snp被包含在珠子芯片上，因此研究人员可以生成他们样本的DNA指纹，作为质量控制的附加级别。详情请参阅Infinium HD甲基化分析协议指南．BeadChip上的SNP检测在检测指南中没有提及，仅在genome estudio甲基化模块中进行了简要描述。按照这个方法来确认来自同一个人的样本的身份:

1. 突出显示样本甲基化配置文件中的SNP检测，右键单击并选择只显示选定的行．
2. 对于假定来自同一个体的任意一对样本，在样本甲基化剖面的散点图中绘制beta值。

同一个体的样本:



来自不同人士的样本:



散点图不同，因为从SNP测定计算的β值将聚类，就像在标准基因分型图中那样。来自同一个体的样本的SNP结果在散点图中沿身份线分布，而来自不同人群的样本则根据其基因型分布在9个不同的可能点上。

你所看到的是beta值的直方图，以0.02步为单位，并根据Infinium设计类型进行分类。Infinium I和Infinium II分析设计类型之间beta值范围的差异导致了双峰。一般来说，Infinium I探针的极值峰值往往比Infinium II探针的极值峰值更远。

贝塔喙的差异不会影响项目的最终分析。单个CpG测定不打算直接与其他CpG测定进行比较，因为每个探针(或Infinium I设计的探针组)具有不同的结合特征，并且与任何其他探针或探针组的行为不同。相反，每次检测都是在两个样品或样品组之间进行比较(即，在确定相对而不是绝对甲基化值时)。

与Infinium基因分型检测相似，Illumina推荐大小≥2kb的DNA，可以在琼脂糖凝胶上进行评估。

如果至少使用250 - 1000ng DNA进行亚硫酸氢盐转化，则不需要再要求化。使用PicoGreen量化输入DNA浓度是至关重要的，以确保在亚硫酸氢盐转化反应中添加足够的DNA。亚硫酸氢盐转化使DNA互补性降低。因此，大部分DNA已变性，难以精确定量。

从BeadChip支持页面的Product Files页面下载数组的清单文件。

看到合并基因表达和甲基化数据技术报告。

有关信息，请参见Infinium甲基化覆盖技术说明．

Illumina尚未验证5-hMc的阵列。然而，已有出版物使用Infinium HumanMethylation450K阵列进行5-hMc分析，该协议可能适用于Infinium MethylationEPIC阵列。

欲了解更多信息，请参阅Nazor, christopher L.， et al.。“应用低成本阵列技术- tab - array-在人类多能干细胞中以单碱基分辨率量化和绘制5mC和5hmC。”基因组学104.5(2014): 358-367。