准确和稳健的测序低多样性图书馆NextSeq和MiniSeq需要精心设计的实验和信息学管道。低多样性文库的一个常见例子是基于扩增子的文库制备方法，如16S宏基因组学。这些文库的DNA序列往往始于相同的位置——探针结合位点——而且大多相同。一个单一的代表轨迹会导致一个有偏差的碱基组成，在不同的循环中会发生巨大的变化。

NextSeq和MiniSeq系统使用2声道测序化学．因此，为了让软件正确地识别DNA簇并执行准确的碱基调用，在每个周期中代表所有4个DNA碱基非常重要。为了使用低分集库满足这一要求，我们推荐使用以下方法提供循环到循环分集的实验设计:

• 使用索引将来自不同应用程序的多个索引样例添加到运行中。
  -来自更加多样化的应用程序（如人类扩增子测序、富集或全基因组测序）的索引样本可用于平衡多样性。
  -为了获得最佳结果，请使用单索引或双索引对同一流动单元上的多个样本进行排序。
  


• 插入一个全基因组样本(如PhiX)。
  -一个好的起点是使用50%PhiX然后，根据一次和二次分析结果的质量，将滴定量降低。样品中存在的尖峰提供了必要的周期间基分集。
  


• 目标是在NextSeq和MiniSeq系统的推荐集群密度范围内加载Illumina测序平台的簇密度指南支持公告。
  -MiniSeq试剂可容纳170-220 K/mm2的最佳原始簇密度。
  -NextSeq试剂的最佳原始簇密度为170-220 K/mm2。
  

本公告中的设计建议使NextSeq和MiniSeq系统能够对低多样性库进行排序。