生成FASTQ文件是可能的，即使MiSeq运行没有完成。为此，使用完整的*集确定最后一个循环。BCL文件、修改运行文件和requeue分析。这个公告描述了如何使用MiSeq Reporter从一个不完整的运行中生成FASTQ文件。

在开始之前:

• 如果您计划对MiSeq进行二次分析，请确保测序运行没有在进行中，并且MiSeq Reporter已准备好进行分析。
• 如果您选择BaseSace，则无法从部分运行中生成FastQ文件，并在BaseSpace中保存分析。分析必须在本地进行。
• 如果运行在完成索引读取之前就停止了(例如，在Read 1中)，就不可能对你的样本进行多路复用。
• 确保RTAComplete.txt文件是不在运行文件夹中。

步骤:

1. 去D：\ illumina \ miseqanalysis \ \ data \ contenties \ basecalls \ l001并检查哪个周期是生成所有* .bcl文件的最后一个循环。如果使用V3试剂，则每个周期有38 * .bcl文件。如果使用V2试剂，则每个周期有28 * .bcl文件。
   
   *如果.bcl文件不存在，可以通过手动启动RTA来恢复它们。要做到这一点，请联系Illumina技术支持．
   
   计算已成功完成并提取了多少个周期。
   例如:
   在2 x 150 + 6 bp索引运行中，运行在循环207停止。如果具有完整* .bcl文件的最后一个周期是循环206，它是一个很好的拇指规则，不能用完整的* .bcl文件推动最后一个周期。从中选择以前的完整周期来进行分析。在这种情况下，它是循环的205。运行故障是（R1）150 +（R2索引）6 +（R3）4 = 205周期。
   
2. 备份原RunInfo.xml和SampleSheet.csv将文件重命名为RunInfo.xml.BAK和SampleSheet.csv.BAK．使用记事本编辑这些文档，并将编辑后的文档保存为RunInfo.xml和SampleSheet.csv在miseqanalysis中的根运行文件夹中。如果在以下示例中的配对结束运行读取3的反向读取 - 尚未执行，则删除相应的行RunInfo.xml和SampleSheet.csv．
   
   

   例如:

   • RunInfo.xml:
     <读取>
     
     
     
     读< / >
     
   • SampleSheet.csv:

     

3. 复制一个RTAComplete.txt文件，并将其粘贴到您的运行文件夹。
4. 您可以期待在MiSeq Reporter和A中看到排队的运行QueuedForAnalysis.txt在miseqanalysis中的运行文件夹中创建的文件。要确保在MiSeQ Reporter中重新排列运行，请指向Web浏览器窗口http://localhost:8042在以。开始的列表中寻找您的运行分析按钮。