在MiSeq report中修改样品表信息并重新申请VeriSeq PGS分析

10/20/17


在MiSeq上对VeriSeq PGS数据进行二次分析,首先由MiSeq Reporter生成BAM (alignment)文件。这些BAM文件随后被导入BlueFuse Multi软件,以执行随后的整个染色体非整倍体调用。如果样本表中存在错误或差异,则将BAM文件导入BlueFuse Multi可能会失败。用户可能需要修改样本表中包含的信息的例子有:

  • 当在样本表中输入流单元格ID时,出现了一个排版错误。如果BlueFuse Multi检测到样品表中使用的流单元ID与RFID系统在原始数据中记录的流单元ID不匹配,则不会导入BAM文件。
  • 胚胎周期或样本信息输入错误。在BlueFuse Multi进行加工或再加工前,对样品表中的信息进行更正。

更改样本表的方法:

  1. 在MiSeq PC上,进入D:\Illumina\MiSeq Analysis\ 。创建samplsheet .csv文件的备份副本。
  2. 在记事本或Excel中编辑原始的SampleSheet.csv文件,并进行必要的修改。
  3. 以samplsheet .csv的名称保存已编辑的示例表。
  4. 在MiSeq Reporter中请求运行分析。要重新排队,请打开web浏览器并导航到http://localhost:8042 (MiSeq Reporter界面)。选择分析按钮,检查Requeue框旁边的运行,并选择Requeue按钮。
  5. 在D:\Illumina\MiSeq Analysis\\Data\ intensity \BaseCalls中创建了一个新的对齐文件夹alignment 2。文件夹包含新的BAM文件,其中包含了来自新样例工作表的更正。
  6. MiSeq Reporter中的分析完成后,在BlueFuse Multi Cytochip Module中创建一个新的分析:选择文件> Batch > Batch Import。
  7. 导航到新的对齐文件夹alignment 2,并选择SampleSheetUsed.csv。
  8. 启动BlueFuse Multi分析。