当测序具有低碱基多样性的库时，不平衡的核苷酸组成会对非模式流细胞的聚类模板注册、Q30评分和数据输出产生负面影响。

更多关于Illumina测序平台上碱基多样性重要性的信息，请参阅公告什么是核苷酸多样性，为什么它很重要?

为了弥补库中的低基数多样性，Illumina建议在PhiX Control v3库(fc - 110 - 3001，通常称为“PhiX”)进行测序。PhiX Control v3文库具有不同的碱基组成(45% GC和55% AT)，提供了低多样性样本库在每个测序周期中所缺乏的平衡荧光信号。这反过来又有助于模板注册和提高整体运行质量。

有关使用PhiX Control v3 Library的更多信息，请参阅公告什么是PhiX Control v3文库? Illumina下一代测序中它的功能是什么?

该表列出了当Illumina在指定的测序平台和控制软件版本上运行低多样性库时，Illumina建议增加的PhiX Control v3库的百分比。

平台	PhiX对齐(%)
iSeq 100	最低5%
MiniSeq	10 - 50% *
MiSeq (MCS 2.2或更高)	最低5%
NextSeq	10 - 50% *
HiSeq 2500 (HCS 2.2.38或更高)	最低5%
HiSeq 3000/4000 (HCS 3.3.76或更低)	10 - 50% *
HiSeq 3000/4000 (HCS 3.4.0或更高)	5 - 20% *
NovaSeq	最低5%

†PhiX和样本库之间的聚类效率差异会影响实现PhiX对齐的高于目标百分比所需的PhiX钉入百分比。例如，如果样例库集群比PhiX更有效，则可能需要更多的PhiX。将技术支持电邮至techsupport@illumina.com关于您的特定库和平台的任何问题。

*PhiX可以根据实验进一步调整。Illumina建议从更高的峰值百分比开始，并根据运行性能降低峰值百分比。

常见问题:

1. PhiX Control v3 Library能否为低多样性指标提供高核苷酸多样性?
   不，PhiX Control v3 Library是没有索引的，并且在索引读取时不平衡信号。
2. 在对低多样性库进行测序时还有其他考虑吗?
   降低库加载浓度，使簇密度低于化学版本和平台的最佳范围30-40%。所需的最佳减少量必须由经验来确定。欲了解更多信息，请参阅:
   Illumina测序平台的簇密度指南
   Illumina测序系统聚类密度的优化