唯一的双索引是一种已知的缓解措施，用于在解复用步骤期间将意外的索引组合分配给数据集时，过滤下游分析中出现的索引跳跃读取。本公告描述了设计自定义惟一双索引时的最佳实践和注意事项。有关索引跳变的更多信息，请参阅指数跳白纸．

许多策略可以用来开发独特的双指数。一些更常见的设计是串联、串联互补和不同的(图1)。所有这三种方法都提供不同的索引组合，这样就没有样本与库池中的其他样本共享i7或i5索引序列。

图1。最常见的独特双索引设计的例子。

串联式设计(插片两侧索引相同)

——AGCGCTAG ------------------ 插入 ------------------ AGCGCTAG——
——TCGCGATC ------------------ 插入 ------------------ TCGCGATC——

串联补充设计（相同指数的反向补充）

——AGCGCTAG ------------------ 插入 ------------------ CTAGCGCT——
——TCGCGATC ------------------ 插入 ------------------ GATCGCGA——

独特的设计（无关指标序列）

——AGCGCTAG ------------------ 插入 ------------------ CGTCTGCG——
——TCGCGATC ------------------ 插入 ------------------ GCAGACGC——

最近对不同设计策略的测试和评估发现，串联或串联补体设计对测序质量有不同的影响。我们希望分享观察到的效应，并提供避免串联设计策略的建议。

串联设计对i5读的影响

下面是两个流单元的例子，每个都包含特定类型的库预备适配器设计(图2)。比较不同的设计(如TruSeq适配器)和串联设计。在这些实验中，串联设计表现出较低的质量(Q30 < 75%)和表型' T overcall / A undercall '导致index2或i5 Read的解复用性能较差。

图2。拼音性能比较独特和串联独特指标设计。

串联设计对阅读4的影响

下面是来自相同流动单元的车道，其中使用与替代组合中相同的寡核苷酸进行串联补充和不同的库预备设计，作为串联补充或不同的组合（图3）。

图3。读4性能的不同和串联独特的索引设计。

在图2中，箭头突出显示的区域显示了在不同配对设计中未看出的串联成对指数的Q30分数中的不均匀性。不均匀的水平是可变的，对数据产生最小的影响。使用串联设计时可以看到这种表型。它可以在许多客户的工作流中被视为化妆品。

由于I5索引的Q30分数减少，读取的读取4个不均匀的设计指数，我们建议客户在以后的索引设计中使用惟一索引(独特配对)。

Illumina公司已经与集成DNA技术公司(IDT)建立了合作关系，以创造独特的双索引设计IDT为Illumina - TruSeq UD索引。

IDT Illumina合作伙伴关系正在使用不同的设计原则创建2个初始产品，并且伙伴关系将继续使用此策略构建索引组合。

有关其他信息，请发送电子邮件技术支持techsupport@illumina.com