如何在BaseSpace Sequence Hub中编辑示例表并重新申请iSeq, MiSeq, HiSeq或NovaSeq分析

05/16/18


样品表可以编辑,FASTQ生成分析重新排序iSeq, MiSeq, HiSeq, NovaSeq运行上传到BaseSpace Sequence Hub.示例表是一个以逗号分隔的值(*.csv)文件,存储了设置、执行和从排序运行中生成多路分解fastq所需的信息。Illumina建议使用windows操作系统Illumina实验经理创建示例表的软件,因为它指导用户完成整个过程,并将检查错误。

有很多原因需要重新进行FASTQ Generation分析。例如,如果索引不正确地输入到示例表中(例如,反向补码),则必须更正索引并重新对数据进行多路复用。的技术故障诊断多路分解问题可以帮助用户诊断解复用问题。排队也可以用来转弯适配器修剪打开或关闭,或重新格式化示例表以删除任何非法字符。非法字符的例子是示例表的Sample ID字段中的空格或字母数字以外的任何字符、破折号或下划线。

注意:只有运行的所有者才能重新安排分析。这是可能的所有权转移如果有必要的话。一个共享的运行不提供重新申请分析所需的必要权限。

注意:在BaseSpace Sequence Hub中有两种数据聚合模式:CLASSIC和NEW。下面提供了两种模式的说明。要确定正在使用哪种模式或在模式之间切换,请使用仪表板页面右上角的拨动开关。

使用BaseSpace Sequence Hub的CLASSIC模式从iSeq、MiSeq、HiSeq或NovaSeq运行和requeue编辑示例表:

  1. 登录BaseSpace帐号后,选择运行标签在页面顶部。
  2. 选择您希望重新排队的运行的蓝色超链接。
  3. 选择蓝色更多的按钮下拉菜单并选择修复样品表和Requeue注意:如果您不是运行的所有者,则此选项将显示为灰色。
  4. 选择加载原始加载原始样例表进行编辑。在示例表中检测到的任何错误都将显示在编辑窗口上方。编辑可以直接输入或从纯文本编辑器(如记事本)复制/粘贴,以维护逗号分隔的值。编辑不能从电子表格程序复制,如Excel。编辑完成后,选择蓝色队列分析按钮。如果队列分析按钮未激活,请检查并解决任何验证错误。
  5. 当分析正在进行时,运行摘要页面上的状态将显示“正在分析”,当重新排序的分析完成时,状态将更改为“完成”。

使用BaseSpace Sequence Hub模式从iSeq、MiSeq、HiSeq或NovaSeq运行和requeue编辑样例表:

  1. 登录BaseSpace帐号后,选择我的数据标签在页面顶部,然后选择运行从下拉菜单中。
  2. 选择您希望重新排队的运行的蓝色超链接。
  3. 选择状态图标,然后选择Requeue从下拉菜单,然后“样品表”。注意:如果您不是运行的所有者,则此选项将显示为灰色。

  4. 选择加载原始加载原始样例表进行编辑。在示例表中检测到的任何错误都将显示在编辑窗口上方。编辑可以直接输入或从纯文本编辑器(如记事本)复制/粘贴,以维护逗号分隔的值。编辑不能从电子表格程序复制,如Excel。编辑完成后,选择蓝色队列分析按钮。如果队列分析按钮未激活,请检查并解决任何验证错误。
  5. 当分析正在进行时,运行摘要页面上的状态将显示“正在分析”,当重新排序的分析完成时,状态将更改为“完成”。

注意:BaseSpace Sequence Hub的用户最多只能尝试5次请求。如果需要其他requreques的帮助,请发送电子邮件给Illumina技术支持,并准备好分享您的运行ID和示例表。要找到运行ID,请在BaseSpace中打开运行,并在web浏览器地址栏中查看https://basespace.illumina/com/run/后的数值。

使用BaseSpace Sequence Hub PrepTab设置的MiniSeq和NextSeq 500/550运行需要不同的步骤来编辑运行设置和重新申请分析MiSeq运行也可以在MiSeq Reporter中本地重新排队独立于BaseSpace Sequence Hub FASTQ生成。也可以在本地运行管理器中对iSeq运行进行本地重新排队。