Illumina提供三种方法来帮助研究人员进行排序SARS-CoV-2。下一代测序(NGS)提供了一种有效的方法，可以在不事先了解感染病原体的情况下筛选样本并对病毒进行特征分析。下面描述的Illumina SARS-COV-2工作流程不适用于诊断目的（此公告不会解决CovidSeq工作流程）。提供详细信息和示例结果的应用说明包括下面的每个工作流程。

用Truseq™链式总RNA测序总RNA金文库制备工作流程

• 使用Illumina台式系统检测冠状病毒的全面工作流应用笔记。
• 样品准备工作流程：
  • 用QIAGEN QIAMP病毒迷你试剂盒提取病毒RNA（目录号52904）。
  • 库是用Truseq Stranded Total RNA图书馆准备金套件（Illumina，48样品套件，目录号。20020598; 96样品套件，目录号20020599）。
• 测序和数据分析：
  • 由于每个样本的推荐1000万读数，直接从拭子或类似样品源制备的样品最适合NextSeq™系列系统。
  • 使用相同的库制备工作流程从病毒培养制备的文库非常适合包括ISEQ™100，MiniSeQ™和MiseQ™系统的其他台式仪器，这是由于每个样本的较低的读数为500,000读数。
  • 使用SARS-COV-2参考基因组使用Illumina本地运行管理器（LRM）Resequecing模块执行本地数据分析。
  • 可以使用IDBydna爆炸平台执行下游分析（www.idbydna.com/explify-platform）。

使用Illumina DNA Prep with Enrichment(以前称为Nextera™Flex for Enrichment)文库准备工作流程进行富集测序

• 使用Illumina NGS系统检测冠状病毒的丰富工作流程应用笔记
• 样品准备工作流程：
  • 用QIAGEN QIAMP病毒迷你试剂盒提取病毒RNA（目录号52904）。
  • 使用Thermo Fisher的科学最大值H减去双链cDNA合成套件（Thermo Scientific，Catalog No.K2561），病毒RNA是逆转录的。其他逆转录工作流程可以兼容，包括第一链合成模块和来自NEB的第二链（非标准）合成模块。
  • 病毒cDNA用作输入Illumina DNA富集准备库准备工具包(以前称为Nextera Flex for Enrichment)，并与呼吸道病毒寡核苷酸面板（Illumina，目录No.20042472）。
• 测序和数据分析：
  • 测序是在台式iSeq 100、MiniSeq或MiSeq系统上执行的，这些系统非常适合这些样本的低读要求
  • 使用SARS-COV-2参考基因组使用Illumina本地运行管理器（LRM）Resequecing模块执行本地数据分析。
  • 可以使用IDBydna爆炸平台执行下游分析（www.idbydna.com/explify-platform）。

用SAMPISEQ™为Illumina SARS-COV-2研究面板测序扩增子测序

• Amplumina SARS-COV-2研究面板产品页面
• 面板概述：
  • 此扩展性社区面板（按订单）包含247个靶向SARS-COV-2基因组的游泳池中的扩增子。该面板设计用于SARS-COV-2基因组（〜30 kB）的> 99％覆盖，并涵盖所有潜在的血清型。
  • 除社区小组外，Illumina的AmpliSeqL.Ibrary Plus套件，指数和cDNA合成套件需要生成库。
• 样品准备工作流程：
  • 用QIAGEN QIAMP病毒迷你试剂盒提取病毒RNA（目录号52904）。
  • 参考AmpliSeq为Illumina社区面板参考指南，第3章，为此RNA面板的协议。
• 测序和数据分析：
  • 在图书馆准备之后，由于这些样本的读取要求低，通常对台式序列序列，ISEQ 100，MiseQ，MiniSeQ或NextSeq 500/550进行测序
  • 这DNA扩增子应用程序在BaseSpace™或Dragen™Metagenomics.App可以用于数据分析。

本面板仅用于仅研究（RUO）应用程序，而不是用于诊断程序。