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HiSeq v4试剂套件支持双索引工作流，不需要购买额外的SBS代理。双索引库的样本准备要求两个索引都出现在库中。但是，在排序期间不需要读取第二个索引。Illumina测序仪器支持单索引工作流，其中仅使用索引1。有关设置8碱基单索引测序运行的更多信息，请参阅仪器用户指南。
Illumina目前为HiSeq 2000或HiSeq 1000系统提供两个SBS套件:一个200循环套件和一个50循环套件。两个套件包含相同的配方，只是体积不同。
由于与v3中的一种试剂SRE相互作用，废物呈现深褐色，并有较强的气味。这是正常的。废色变化不影响性能，无毒。你可能会看到一个变色的漏斗帽和SRE sipper线。任何溅出的液体也会变成深棕色。
有关所需SBS工具包数量的信息，请参阅系统的系统指南。
是的。您可以将200周期的TruSeq SBS Kit v3分成两个相等的卷，每个卷最多适用于101个周期。请参阅您的仪器的系统指南，了解说明和存储要求。如果需要更小的卷进行更短的运行，Illumina建议使用TruSeq SBS Kit v3 (50 Cycles)。
是的。Truseq SBS试剂盒（200个循环）含有足够的试剂，用于209个循环的测序，其覆盖101个循环的读取1,7个循环，用于读取的索引读数，读取2的101个循环。
TruSeq SBS v3试剂支持一个替代工作流，用于在Read 1和Read 2的2x101周期测序运行开始时加载所有SBS试剂。使用这个工作流可能会导致Read 2的阶段稍微增加，而不应该导致质量的下降。
当使用Truseq V3聚类和测序试剂时，建议的最大簇密度为750,000-850,000个簇/mm²。
流池设计用于单一用途。所有八道必须同时使用，无论是对同一样品还是不同的样品。您可以一次运行8个样本而不需要多路复用。通过多路复用，您可以将吞吐量提高到每个通道最多12个样品或每个流单元最多96个样品。
HiSeq系统上的双索引运行包含8个bp的索引序列，而不是6个bp加上7个用于相位计算的索引序列。有关更多信息，请参阅您的测序系统的系统指南。
是的。Illumina建议在排序芯片SEQ库时使用Phix控制车道。含有高于或GC含量的基因组（小于40％或大于60％）的样品需要专用的PHIX控制车道进行串扰和阶段计算。有关更多信息，请参见使用PHIX控件进行HISEQ测序运行技术说明。
是的。Hiseq流动单元需要在测序之前使用用于在流动细胞上进行聚类。
索引用于单读库的读取使用7周期读取。Illumina不支持单索引库的6个周期索引。
有关试剂加载的信息以及用于您的库类型的底漆，请参阅符合物的系统指南。看看索引测序概述指南有关每个索引工作流程的详细信息。
Hiseq 2000是双流动单元系统，可允许您同时运行两个流量。Hiseq 1000是单流细胞系统。
Hiseq维护洗涤有三个步骤：水洗，然后是NaOH洗涤，然后是最终水洗。您可以预期以下从八行废管中提供的卷：
一个PhiX的插入使用少量的PhiX控制库在同一车道作为实验库。在运行过程中分析PhiX时，插入允许实时质量指标。
对于与PhiX基因组高度相似的基因组，不建议使用PhiX插入法进行测序。它不允许按照控制车道对该车道上的数据进行规范化。
Illumina提供序列分析查看器(SAV)软件，可以在Windows PC上运行，远程监控您的运行。该软件不允许对运行进行任何控制，并要求PC通过网络连接到分析服务器。
在HCS v1.3及更高版本中，您可以自定义菜谱以包含任意数量的读取。读取可以是索引的，也可以是非索引的。然而，Illumina并不保证定制食谱的性能。如果您需要帮助创建自定义食谱，请联系Illumina技术支持。
对于在HiSeq、hisiscansq或GAIIx上运行，在运行开始时创建并加载样例表是可选的。但是，使用样例工作表允许您在运行期间查看测序分析查看器(SAV)中的索引选项卡上显示的数据。如果在HCS中开始运行时未加载样例表，则无法在SAV中查看索引数据。当使用CASAVA v1.8.2分析索引样本时，需要一个样本表。当在MCS中设置运行时，MiSeq运行需要一个样本表。
Illumina建议您在进行库准备之前使用Illumina实验管理器(IEM)创建样本表，以确定适当的索引组合。
仪表控制计算机是执行实时数据分析的计算引擎。请勿安装除杀毒软件外的其他软件，以免造成数据丢失和其他不良影响。
ARM9BOARDSERIALPORT（ARM9CHEM）：超时等待错误表示ARM9通信超时。ARM9板是高智商与仪表计算机之间进行通信的众多组件之一。与ARM9超时相关的消息不一定表明硬件问题，也不会影响运行或数据质量。
如果重复出现此消息，在当前运行中执行正常停止，关闭HCS/RTA软件，然后给HiSeq系统和仪表计算机供电，重新建立系统之间的通信。启动HCS，继续运行。继续监视您的运行，以确保问题得到解决。如果显示运行数据受到影响，请联系Illumina技术支持以获得进一步的帮助。
为了在HCS 1.5中进行双指标测序，在配方屏幕的Index chemistry下拉菜单中选择TruSeq Dual Index sequencing Primer Box。这种选择使双索引库测序所需的化学物质得以使用，而且无论您将使用哪种测序引物，都必须用于任何双索引库(Nextera或TruSeq HT)的测序。选择任何其他设置将导致少于8个周期的索引读取。
首次启动HCS 2.2后，将出现有关仪器运行状况数据的通知。此通知仅在HCS的第一次初始化期间仅显示一次，并且不会再次出现。仪器健康协议和通知总是可以从菜单中获得选择|工具，您还可以在其中获得更多信息并打开或关闭选项。
采用带有四个CCD传感器的时延积分(TDI)线扫描光学系统拍摄图像。TDI线扫描系统通过最大化相机利用率大大提高了吞吐量。
HCS V2.2允许HISEQ仪器连接到互联网将仪器健康信息发送给Illumina。此信息是匿名的，仅包含通用运行度量标准。Illumina使用此信息来帮助改善Illumina产品。如果要关闭此选项或更有信息，请参阅HiSeq控制软件中的选项菜单。您可以在菜单下找到“选项”菜单，然后在“工具”下。
HiSeq控制计算机采用64位Windows Vista。
错误消息“必须具有至少一个有效的ETF来标准化/校正/校正失败的ETF”表示从流动单元缺乏荧光。要在运行开始时找到焦点，软件使用ETF。ETF是一种聚焦方法，其从流动池上的簇读取荧光。在运行可以启动之前，ETF必须在流动池的至少一个车道中找到荧光。
为了纠正问题，执行引物再杂交。如果在流动细胞上存在簇，则读取1次测序引物通常会增加荧光。
此外，检查cBot平板，以确保所有试剂都正确交付，测序引物适合文库类型。当您在HiSeq系统上重新加载流单元时，确认流体系统正常运行。
质量分数(或q分数)是对错误基本呼叫概率的预测。基于Phred量表，Q-score是一种传达小错误概率的紧凑方式。
给定一个基本调用，X, X不为真的概率P(~X)，由质量分数Q(X)表示，根据以下关系:
q（x）= -10 log10（p（〜x））
其中p（〜x）是基本呼叫错误的估计概率。
质量评分为10表示误差概率为0.1，质量分数为20表示误差概率为0.01，质量分数为30表示0.001的误差概率为0.001，等等。
在分析过程中，基本调用质量分数以编码紧凑的形式写入FASTQ文件，每个质量值只使用一个字节。这种方法用等于+ 33的ASCII码表示质量分数。
发送到Basespace序列集线器的文件是Interop文件夹，RunInfo.xml文件和runparameters.xml文件。
图像分析实时发生，逐步估计和基本呼叫开始在循环12之后开始，并且基本呼叫和质量评分在循环25之后开始。
BaseSpace Broker被设计成一旦在HiSeq本地驱动器上生成数据，就将数据上传到BaseSpace。它将使用尽可能多的带宽，以跟上正在产生的数据。在典型的HiSeq运行条件下，用于存储和分析的运行数据上传平均小于10Mbit/sec。
在大多数情况下，不需要对Basespace Broker数据上传的限制。如果需要更好地控制网络带宽使用，例如仪器与其他用户或有限的上传速度有限的站点共享网络的站点，可能需要节流。在本地网络连接暂时丢失然后恢复的情况下可能需要节流。这种中断使Basespace代理突然消耗更多的网络带宽，因为它试图赶上累积数据的传输。如果在这种情况下没有应用限制，则Basespace代理可能会在网络上消耗所有可用带宽，直到清除数据积压。如果应用了限制，如果本地网络允许，Illumina建议将节流到高于10 Mbit / SEC的最小规格。推荐值为20 Mbit / sec（约3mbytes / sec = 24mbits / sec）允许Basespace代理足够的带宽来恢复，即使发生了一些数据传输延迟。
如果需要节流，请向本地IT管理员提供以下说明:
通过应用程序而不是IP地址对Hiseq计算机执行BaseSpace的限制，如下所示：
如果在HISEQ控制软件中运行设置期间选择BaseSace选项，则只能将数据上载到BaseSpace。看看Hiseq 2500系统用户指南（零件＃15035786）有关设置与BaseSpace的连接运行的信息。
有关BaseSpace的更多信息，或设置免费BaseSpace帐户，请参阅//www.169o.com/products/by-type/informatics-products/basespace-sequence-hub.html．
不。缩略图仅用于视觉检查，以帮助诊断运行中的问题。它们不适合再分析。
不能，文件目录结构与MiSeq Reporter软件不兼容。然而，TruSeq Amplicon App可在BaseSpace Sequence Hub中使用，可用于分析TruSeq Amplicon癌症面板、TruSight骨髓测序面板和TruSeq自定义Amplicon面板。
如果您选择使用BaseSpace Sequence Hub仅用于运行监视，并且您的示例没有建立索引，则不需要示例表。如果要使用BaseSpace Sequence Hub进行数据存储和分析，则需要示例表。样品表可以是HiSeq Analysis Software格式或CASAVA格式。在使用BaseSpace Sequence Hub时，不能在流单元上组合索引和非索引示例。
bcl2fastq v1.8.4转换软件是在Linux科学计算系统上运行的独立软件。安装程序可以从Illumina网站下载。系统需求概述在bcl2fastq用户指南(part # 15038058)．如果zipped bcl文件，则需要使用bcl2fastq v1.8.4。
运行监控BaseSpace选项允许您通过登录您的Basespace帐户来远程监视正在进行的运行。您需要在运行设置期间选择“运行监控”选项。然后，从随时随地登录您的Basespace帐户，并在序列分析查看器的Basespace版本中查看您的运行（SAV）。
要将数据从HiSeq上传到BaseSpace，每台仪器至少需要10mbit /second的上行连接。可以通过www.speedtest.net等免费网络工具来评估网速。
由于运行输出具有zipped bcl文件，因此必须使用bcl2fastq v1.8.4转换软件在本地Linux分析系统上执行BCL以FASTQ转换。此工具在Linux上运行，具有与Casava的ConfigureBcltofastq.pl脚本相同的语法，选项和函数（包括多路分解）。唯一的区别是它可用于分析zipped或非压缩的bcl文件。
如果将数据发送到Basespace序列集线器，则在完成数据上传完成后自动执行BCL以FASTQ转换和解复用。
它是区分彼此靠近的两个或更多个簇。
参见Illumina的白皮书，减少全基因组数据存储足迹．
在仪器计算机和服务器之间，每台仪器需要1千兆的连接。有关更多信息，请参见HISEQ系统网站准备指南．
在运行设置期间选择使用BaseSpace运行监视。
除了HiSeq v4，其他所有模式都有保存CIF文件的选项。
没有对本地代理对Basespace序列集线器访问的影响进行测试。
不可以。HiSeQ系统的文件目录结构与MiSeQ Reporter软件不兼容。
然而，TruSeq Amplicon App可在BaseSpace Sequence Hub中使用，并可用于分析该工具包。
*。可以生成cif文件，可以使用OLB v1.9.4。
不，.cif文件不能用BaseSpace Sequence Hub分析。此外，无法在HiSeq v4模式下使用HCS v2.2输出.cif文件，也无法在HiSeq v2化学模式下输出Rapid Run模式。可在TruSeq v3模式和TruSeq chemistry的Rapid Run模式下输出.cif文件。
扫描和分析2车道的快速流动电池在每巷的两个表面上产生两个条子。每个条款分为16个瓷砖。对于2车道流动单元，每个流量细胞总共有128个瓦片。
Basespace序列集线器使用SSL / HTTPS端口443和域名* .basespace.illumina.com和* .s3.amazonaws.com。使用AES256标准加密到Basespace序列集线器的数据流。SSL用于保护。有关加密的更多信息，请参阅BaseSpace安全．
如果必须修改本地安全策略以允许访问BaseSpace Sequence Hub，请与您的IT代表联系。
使用树薯粉:要合并来自不同流单元(不同运行)的数据，请使用CASAVA v1.8.2中的configureBuild脚本。首先，使用configureAlignment分别对来自每个流单元的数据(示例)进行对齐。然后，将每个示例目录作为输入目录包含在configureBuild.pl命令行中。输入目录由-id选项指定，详细信息见CASAVA v1.8.2用户指南．
如果您正在使用CASAVA，请注意，Illumina将停止发行CASAVA软件，以更好地支持BaseSpace上的新产品。BaseSpace为大量的NGS应用程序提供了分析选项。
使用BaseSpace:BaseSpace包括示例合并功能，允许您将数据与来自不同流量小区的单个样本合并。在对准分析对样本数据的对齐分析之前执行此合并。