Illumina综合癌症小组常见问题

本实验中使用的适配器针对AmpliSeq工作流程进行了优化。Nextera或TruSeq适配器与此分析不兼容。

参见内容和存储。

可以为Illumina设计运行3种不同的AmpliSeq，每一种都具有相同的测序运行条形码。然而，你的目标扩增子的大小和所需的覆盖率必须在一次运行中达到。

建议进行2×151 bp对端读取。

看到产品的兼容性。

您可以通过增加测序吞吐量(例如，更大的流单元输出或测序平台)或减少每次运行汇集的样本数量来操纵覆盖率。

DNA扩增子分析工作流程可用于进行比对和变体调用。本地运行管理器和BaseSpace序列集线器有可供分析的应用程序。DNA扩增子分析应用程序可在BaseSpace序列中心。可以使用BaseSpace变体解释器对任何变体调用执行进一步的分析。本地运行管理器有一个类似的DNA扩增子分析模块，利用相同的工作流和算法作为BaseSpace序列Hub应用程序。

是的，在BaseSpace公共数据中有示例数据集。

目标碱基是指在参比基因组中定位于目标区域的总测序碱基的百分比。这个指标反映了a)被设计、合成和合并的扩增子中碱基的百分比和B)生成序列数据映射到目标区域。