全部崩溃
|全部展开
Illumina DNA PCR-Free数据可以用DRAGEN生殖系管道。也可以使用其他管道，但可能产生不同的结果。
Read1和Read1的适配器调整顺序是:
CTGTCTCTTATACACATCT + ATGTGTATAAGAGACA
孵育可以在开始准备前的任何点进行。在50°C孵育步骤之后，样品在室温下可稳定长达5年。
样品应至少孵育1小时，但这种孵育也可进行过夜。
对于FFPE，我们建议使用基于pcr的试剂盒，如Nextera DNA Flex。然而，对于高质量的FFPE, Illumina PCR-Free可能是合适的。
是的。参见应用说明，标题为“Illumina DNA PCR-Free Prep的微生物全基因组测序，标记”。
不支持冷冻血液。
高质量的库将生成从25ng到2000ng。然而，为了获得最佳的性能，并且在样本量允许的情况下，我们建议使用饱和的DNA (gDNA至少300ng，综合提取推荐的原始样品体积)。
BLT-PF珠与稀释的HP3 (NaOH)进行接头连接后，有洗脱步骤，负责文库变成DNA单链。
我们没有修改660g/mol，而是使用负载浓度的2倍调整来补偿用量子位（ssDNA）或qPCR（dsDNA）定量的差异。用户必须了解其测量方法，以了解正确的装载浓度。
从这个计算的输出提供了dsDNA的摩尔浓度当量，这使得转换到其他仪器和建立的负载浓度更直接可比。
它仅与用于Illumina®-DNA/RNA UD索引的10 bp IDT®兼容（以前是用于Illumina®Nextera DNA唯一双索引的IDT®）。
在产品发布时将支持多达192个udi。其他UDIs将在2020年晚些时候提供。
为了优化索引表示，Illumina推荐使用IDT进行Illumina DNA/RNA UD索引集A, tagination(20027213)或Illumina DNA/RNA UD索引集B(20027214)。
要纠正库池期间性能较差或较好的索引对，请参阅平衡全基因组测序的样本覆盖率关于近似预期索引表示的技术说明。Illumina不支持指数修正。
进行了IPB调整，以获得足够的低至350bp和高至550bp的片段库。更多细节，请参阅应用说明标题“可调谐插入尺寸与Illumina DNA PCR-Free Prep, tagentation”。
100-299 ng DNA输入应使用带热循环器的标准输入工作流。带有热循环器的低输入工作流应与25-99 ng DNA输入一起使用。对于300-2000 ng的DNA输入，可以使用带热循环器的标准输入或带Hybex的标准输入。
全血、干血斑和唾液应使用热循环器工作流程，参考指南中对这些输入进行了详细说明。详情请参阅参考指南。
在产品发布时，将会有一个Illumina预设协议(IPP)用于这个库准备套件。
我们建议单个样品最多存放7天。更长的存储时间可能是可能的，但Illumina不支持。
NovaSeq SBS v1.0试剂需要使用Read 1定制测序引物。如果不使用此选项，将导致库排序失败。所有其他支持的仪器和试剂都需要定制引物（读取1或读取1+索引2）。唯一的例外是NovaSeq SBS v1.5试剂，它已经包含所需的定制引物。有关详细信息，请参阅标题为“Illumina DNA PCR免费制备、标记试剂盒的定制引物要求”的公告。
关于处理，重要的是保留正确的部分(珠或上清)。IPB是高粘性的，某些试剂，如ST2, TWB和BLT-PF，容易起泡;这些试剂应缓慢地移液。建议仔细操作试剂，以确保在每个步骤中添加合适的试剂，并防止换管。必须始终使用正确的磁铁。对于标准工作流程，不能将BLT-PF和TB1主混合用于标记。如果使用MIDI板遵循Hybex协议，则对工作流程的更改包括使用不同的磁体、摇晃而不是移液，以及由于塑料热分布造成的孵育步骤持续时间和温度的差异。
两个工作流都提供了等价的数据。适当的工作流程的选择取决于实验室可用的设备，以及最终用户对任何一种方法的培训/熟悉程度。
单链(ss) DNA Qubit和qPCR都是适合文库定量的方法，参考指南中有进一步具体的指导。ssQubit推荐用于标准DNA输入(>300ng)，而qPCR推荐用于低DNA输入(< 300ng)。两种方法的转换计算将提供双链(ds) DNA的摩尔浓度当量。请注意，使用dsDNA Qubit试剂进行定量将导致定量失败。
不能使用RNA生物分析仪、片段分析仪和TapeStation。跟踪将不可见。
对于>300ng输入的文库，ssDNA Qubit的产率至少为2.8 nM，对于100-299 ng输入的文库或使用低输入协议的文库，KAPA qPCR的产率至少为0.75nM。
是的，该套件被设计为自动化兼容。请参阅Illumina公司的测序库准备自动化简介为更多的细节
Illumina DNA pcr - no, Tagmentation Library Prep目前与NovaSeq 6000兼容。
两股gDNA都将被测序。
使用标准输入工作流创建的库可以利用NovaSeq XP或标准工作流。用低输入工作流创建的库应该只使用NovaSeq XP工作流。NovaSeq的加载浓度可以在Illumina DNA PCR-Free参考指南中找到。
套件组件（所需存储温度为-15C至-25C）已经过6次冻融验证。
Illumina DNA PCR-Free Library Prep需要定制测序引物。定制测序引物盒在文库准备试剂盒产品页面出售。
对于NovaSeq (SBS v1)、MiSeq和HiSeq 1000/1500/2000/2500的测序者，请购买Illumina®DNA PCR-Free Prep sequencing primer Read 1 (cat# 20041796)。该试剂盒包含4管VP10自定义读1引物(7.5毫升每个)。
对于在MiniSeq, NextSeq 500/550和HiSeq 3000/4000上进行测序的人，请购买Illumina®DNA PCR-Free Prep sequencing primer Read 1 + Index 2 (cat# 20041797)。该试剂盒包含2管VP10 Custom Read 1引物(每个7.5 mL)和2管VP14 Custom Index 2引物(每个10.5 mL)。
对于NovaSeq试剂v1.0，请遵循NovaSeq系列自定义底漆指南．
对于NovaSeq试剂v1.5，不需要定制的引物试剂盒。遵循手册中的指导NovaSeq 6000系统变性和稀释库指南．
对于所有其他平台，请参阅Illumina DNA PCR-Free Prep的自定义引物要求，标记试剂盒公告、仪器系统指南、仪器变性稀释指南。
所有准备都需要库准备试剂、指标和SBS试剂。大多数测序运行也需要定制的测序引物。
根据输入量、输入类型(gDNA、全血、唾液、干血点)、工作流程类型(热循环器或Hybex)和定量方法，还需要额外的设备和消耗品。Illumina DNA PCR-Free标记文库需要Kapa qPCR(任意输入量)或单链Qubit试剂(输入量必须为> 300 ng)进行定量。在开始之前一定要查阅参考指南。
IPB和AMPure XP颗粒的性质(包括沉降时间)略有不同。可以使用AMPure珠子，但可能需要优化磁步骤。