该产品原名Nextera DNA Flex。
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Illumina DNA预处理的标准化是在标记过程中进行的，因此不需要在库准备结束时执行基于珠子的标准化。
试剂盒包括足够体积的样品纯化珠试剂，用于处理试剂盒的预期数量的样品。不得将任何其他制造商的珠子或柱用于本协议。
GC区域的覆盖范围可能受到所用热循环器的型号、设置和性能的影响。Illumina已经验证了Bio-Rad DNA引擎四分体2、Bio-Rad S1000、Bio-Rad C1000和MJ Research PTC-225 DNA引擎四分体热循环器。其他热循环器的性能可能不同，这可能会影响基因组覆盖率。
不。Illumina DNA准备化学与富集化学不兼容。
Prep针对K2-EDTA和K3-EDTA管（由BD制造）的使用进行了优化。其他的血管也可以工作，但它们还没有被彻底验证。
还对以下附加试管进行了测试（每根试管1个样品，在采集当天进行测试）。
储存和运输在2-8°C。在采集血液的3天内进行裂解反应以获得最佳结果。
这还没有被彻底证实。
是的，Illumina DNA Prep可以用于卡片上的血迹。
这取决于血液样本的白细胞计数。具有平均白细胞计数（健康个体平均每毫升血液中有4-7 x 106个白细胞）的样本10µl血液中的DNA估计量为200-600ng。
不建议这样做，因为这可能会影响裂解反应的效率，最终会影响获得的DNA量，从而影响最终的文库产量。
这个试剂盒还没有完全通过手指上的血液验证。
该协议已被开发与奥瑞根唾液收集管的工作。在相同条件下，采集到其他试管中的唾液样本可能不稳定，因此不建议使用其他试管。
口腔拭子样本类型尚未用本协议进行测试。橙素唾液管是唯一经过测试的采集方法。
样品在室温下可稳定5年。参考来自DNA基因技术．
由于管盖中的稳定试剂在样品中的最终浓度不同，样品可能不太稳定。
Oragene/唾液样本也可储存在-20°C或-80°C下。样本可经历至少三次冻融循环，且无DNA降解迹象。请参阅DNA基因技术．
不，可在开始制备前的任何时间点进行培养。在50°C培养步骤后，样品在室温下稳定长达5年。
样品应至少孵育1小时，但该孵育也可隔夜进行。
这种试剂可稳定唾液样品。
不同样本和供体的细菌DNA含量是不同的。在被检测的大约80%的样本中，至少有80%的DNA与人类参考序列一致。
唾液样本中的DNA含量在样本和捐赠者之间差异很大。根据唾液样本的原始量子位读数，假设在裂解步骤中捕获了50%的DNA，DNA的量在34纳克到2.7微克之间。
不建议这样做，因为这可能会影响裂解反应的效率，最终会影响获得的DNA量，从而影响最终的文库产量。
协议中有3个安全停止点：
通过将样本(大约10-100 ng)用1%琼脂糖凝胶用SYBR染色，评估基因组DNA的质量。高质量，完整的基因组DNA出现一个高分子量条带(> 10000 bp)，在缺乏低分子量涂片。低分子量涂片可以表明RNA或降解DNA的存在。
该试剂盒针对gDNA（双链DNA）进行了优化，不适用于单链DNA/RNA。
库产量没有标准化。减少多样性/增加副本。
如用户指南中详细说明的，还可以实施其他PCR循环。
尽管测试人员已经成功地从超过500 ng的输入DNA生成了库，但该应用程序不受支持。
是的。各种基因组都经过了测试，数据保持一致。在BaseSpace序列中心可以找到各种各样的基因组，由Illumina DNA Prep制备，来自细菌、植物、农业和人类。
从FFPE样本中分离出的DNA的质量可能是高度可变的。由于这种可变性，很难可靠地预测使用该协议从FFPE样品制备的文库的质量。Illumina不支持FFPE或降解DNA作为本协议的输入。源于此示例类型的失败库不适合由Illumina进行更换或故障排除。
是的。PCR扩增产物必须为> 150 bp。较短的扩增子可能在库清理步骤中丢失。标记不能直接在片段的远端添加适配器，因此预计从每个远端测序覆盖范围下降~50 bp。为确保扩增子靶区充分覆盖，设计引物时每端超出靶区50bp。
对于100-500 ng之间的DNA输入，不需要对初始DNA样本进行精确量化，并且预期最终产量的标准化。
如果您使用少于100 ng的DNA输入，我们建议进行量化。要量化PCR和富集文库中的输入基因组DNA和DNA，请使用荧光测定法，该方法针对双链DNA，如QuantiFluor或PicoGreen。gDNA的浓度可使用量子位双链DNA BR分析或量子位双链DNA HS分析进行测定。这些分析使用的荧光染料对RNA上的双链DNA具有高度选择性，可检测浓度范围为10 pg/μl–1000 ng/μl的样品。PicoGreen染料也可用于精确测量DNA浓度。
有关更多信息，请参阅Illumina DNA准备参考指南．
通过该方案一次可处理1 ~ 96个样本。
有关更多信息，请参见索引适配器池指南．
不建议使用任何其他索引，因为工具包中的索引纯度很高，并且经过了仔细优化，从而在库之间实现了均匀的索引表示。
此大小选择步骤确保只有所需大小的片段进入PCR，优化富集以获得最佳结果。
双面珠纯化的目的是对文库片段进行大小选择；两步工艺首先去除大片段，第二步去除小分子量片段。
有关样品纯化珠尺寸选择和最佳实践的更详细信息，请访问在线培训排序课程，查看在线TruSeq样品纯化珠尺寸选择和最佳实践。
样本因库准备中使用的洗涤剂而起泡。只要包括清洗步骤（如协议中所述），库不会受到影响。如果需要，轻轻上下移液将减少泡沫量。
Indel精确度和召回率受库准备和用于调用变体的信息学方法的影响。在某些情况下，通过减少PCR周期，您可能会看到indel召回率和精确度的提高，但这也会导致相应的低产量。如果去除了太多的PCR循环，可能没有足够的文库产量进行测序。
是的，但是您需要量化库产品。
是的，你仍然可以继续。
不，如果BLT干燥，则不应继续。
让它们孵育一段时间，直到珠子澄清。
通过移液管上下移动几次小心地重新悬浮，然后继续操作。
只要珠子在磁铁上孵育后“清除”，就可以继续进行。
如果你认为你转移了一些珠子，目视检查并重新清除磁铁上的上清液。
是的，但我们没有看到在珠珠饱和后正常化的额外好处。
我们对冷冻试剂进行了多达4次的冷冻/解冻测试，未观察到任何活性损失。
基因组DNA输入需要2到3个小时，直到库准备加载到流细胞上。时间取决于准备的库的数量。
96索引板配置支持从2到96丛的唯一双索引。参考索引适配器池指南获取样本的唯一双索引的详细信息。
Illumina DNA/RNA UD索引的IDT使用10个碱基对索引代码，而Nextera DNA CD索引使用8个碱基对索引代码。因此，您可能需要调整您的测序设置。有关更多信息，请参见Illumina DNA/RNA UD指数IDT．
不，因为这是一个双链DNA库，而且两条链都被测序了。
当使用100-500 ng的DNA输入时，库准备标准化特性避免了对生成的单个库进行量化和标准化的需要在内部一个实验。
但是，在不同的库准备事件之间，您可能会观察到最终收益的细微变化。为了达到最优的集群密度，用相同的容量将库汇集在一起，并量化池。
由于库准备事件和用户之间可能存在差异，在汇集来自不同实验的样本时，对库进行单独量化和规范化。
使用安捷伦2100生物分析仪检查标记样品、预富集库和后富集库的质量和预期大小分布。有关生物分析仪痕迹和库大小分布的例子，请参阅库准备参考指南。生物分析仪的配置文件的变化是预期的，因为它依赖于输入的DNA类型。
在1000-3000 bp处出现一个小的凸起/肩部/峰值并非非典型现象。峰的出现在DNA样本之间可能有所不同，并不影响下游测序。我们不知道这个峰值是什么，数据不受这个峰值的影响。
生物分析仪上的平均片段长度为600 bp (150-1500bp大小范围)。
350 bp中位数插入大小测序。
实际得率可能会因样品质量和样品类型的不同而有所不同，通常对于高质量的DNA样品，期望得率大于4 ng/ul，在实验中，得率的CV <20%。
根据输入DNA的类型和质量，扩增文库产品的外形可能与所示示例不同。BLT和双面尺寸选择的使用有助于保持产品长度。然而，在双SPRI期间不准确的移液将导致碎片大小变化。不同库的配置文件可能会有所不同。
方法由我们的自动化合作伙伴编写和测试，以支持24和96样本试剂盒配置，包括多达96个反应的完整板运行。96样品工具包设计为自动化友好型，包括自动化处理所需的额外体积。
否，自动化仅由Illumina DNA Prep提供的24倍和96倍索引板支持。
指定为“Illumina合格”的方法由我们的自动化合作伙伴开发、分发和支持。访问高吞吐量的库准备自动化了解更yobet亚洲亚博官网人口多有关合作计划及合作伙伴的资料。
一般来说，Illumina DNA Prep的设计与大多数自动化液体处理系统兼容。
Illumina的所有自动化合作伙伴都在为至少一个现有的自动化平台开发方法。有关更多信息，请与各合作伙伴联系。要查看合作伙伴列表，请参见高吞吐量的库准备自动化．
所有试剂都提供足够的过量容量，以支持96样本试剂盒配置中的自动化要求。此外，96样本套件配置应支持至少两次运行，每次运行48个样本（2次运行x 48个样本）。
我们推荐使用我们合作伙伴的Illumina Qualified*方法，好处包括:
*Illumina Qualified表示，用这种方法制备的库的性能与手动制备的库相当。
看到索引适配器池指南确保你的测序设置适合你的测序平台。
是的，但是图书馆在汇集之前需要量化。如果输入的DNA至少为100 ng，则可以在第二次实验之前将每个独立实验的文库合并并量化。由于从用户到用户观察到的可变性，不建议在量化之前汇集所有独立实验的样本。
是的，BaseSpace公共数据中有示例数据集。
如果您正在使用以下软件产品来对Illumina DNA准备库进行排序，请确保使用指定的版本。有关您需要的软件的信息，请参见Illumina DNA Prep兼容产品．
来自任何Illumina测序系统的成对端流式细胞可以用来对这些文库进行测序。
这是标记库的正常特征，与标记位点的序列上下文有关。
在运行创建过程中，选择显示高级模块设置选择。从这里选择添加自定义设置选项对于read 1 adapter Triming，输入adapter作为选项名称和适当的顺序。对于Illumina DNA Prep，序列为CTGTCTTATACATCCT。
下载Illumina DNA准备定义文件从产品文件将Illumina DNA Prep支持站点的页面移动到桌面等已知位置。打开本地跑步管理器应用程序并选择Gear（系统设置）图标。从这里选择图书馆准备工具然后选择添加库准备工具包选项导航到模板文件的位置并添加该文件。新套件现在将显示在图书馆准备工具包下拉菜单时创建运行。