TruSeq DNA外显子组常见问题

NEXTERA DNA外显子组使用基于转座子的碎裂而TruSeq DNA外显子组使用一个使用机械剪切的替代富集方法。

TruSeq DNA外显子组方法适用于对Nextera标记反应不佳的DNA。TruSeq DNA外显子组协议是经过验证的TruSeq Nano Library Prep和Enrichment kit的组合。

混合预富集的样品数量取决于所使用的试剂盒。每个库的输入量随着复杂度的变化而变化。指的是参考指南可用不同的plexities和详细的指导。

下面富集和面板组件都可以通过IDT订购。从IDT，由于浓缩成分（阻滞剂和锁定试剂）和一个目录数取决于样本的实验次数的面板组件二阶产品编号。更多信息可以在找到IDT网站。

以下试剂盒可用于使用Illumina试剂进行文库制备和富集TruSeq DNA外显子组工作流程。这些套件包括索引适配器，不需要单独订购。

单索引适配器在管中提供。每个i7索引的适配器在其管中与同一个不包含(i5)条码的通用适配器配对。

组合双索引适配器是镀耦对的适配器，使得每个I5索引适配器将与在板上的阵列矩阵中的每个I7索引适配器配对。

唯一双索引适配器是镀对适配器，这样每个i5索引适配器和每个i7索引适配器只在一个板上使用一次。通过独特的双索引适配器，索引跳读的识别和过滤允许客户有信心地多路复用他们的样本。

Illumina建议在Illumina测序器上使用独特的双索引适配器进行库准备和测序。

有关更多信息，请参阅优化目标重新排序技术说明的覆盖范围。

需要100 ng输入基因组DNA。Illumina强烈建议使用基于荧光的量化方法进行输入基因组DNA。

套件中提供了协议所需的所有珠子。

每个套件配置允许一定的最大样本数（24或96），并且可以同时处理所有样本。当处理少于每个套件的最大样本数量时，将等分试剂储存试剂以供随后使用，而不是反复解冻和冷冻相同的试剂管。

该协议具有用于150插入片段大小的片段进行了优化。改变这个长度可以导致在胎圈尺寸选择步骤或低效的探针结合的样品损失。

管协议在Eppendorf管中处理样品，推荐用于处理≤16个样品的预富集。板方案使用96孔板，推荐用于>16样品的预富集处理。

管和板协议需要不同的消耗品、磁支架和培养设备。期望从这两个选项中得到等价的结果。然而，平板选择可以产生更一致的结果之间的样品。

你可以一次准备一个样品，但Illumina建议至少三个样品，以节省成本。

看看索引适配器汇集指南对于低压丛指南指南。

在使用Illumina富集试剂的TruSeq DNA外显子协议中有7个安全停止点。安全停止点在以下步骤之后:DNA片段，DNA修复和大小选择，连接，首次PCR扩增，首次洗脱，第二次洗脱，最终PCR清理。所有的都可以在-25°C到-15°C的环境下安全地保存7天。

使用XGEN Exome研究面板提供不同的停止点，可用于闪耀/ IDT Exome工作流程。请参阅XGEN EXMES研究面板文件。

插入片段的中位大小约为150 bp。因此，建议2 x 76测序运行。较长的测序长度显示了覆盖范围的回报递减。

使用片段分析仪或生物分析仪检查Covaris剪切样品的质量和预期大小分布、预富集库和后富集库。有关生物分析仪痕迹和库大小分布的例子，请参阅参考指南。

TruSeq富集外显子文库显示一个200-400 bp的紧峰。

TruSeq富集外显子组数据可以使用HiSeq数据或MiSeq记者富集工作流程MiSeq数据HiSeq分析软件丰富的工作流程进行分析。欲了解更多信息，请参阅HiSeq分析软件或MiSeq记者支持页面。

如果运行被上载到Basespace或BaseSpace现场，样品可与该BWA富集或ISAAC富集应用进行分析。确保正确的舱单运行应用程序之前选择。

或者，Illumina的序列碱基调用输出文件（* .bcl）进行解复用，并使用bcl2fastq转换软件转换为FASTQ格式。然后将这些文件可用于与其他第三方软件包（例如，BWA和GATK）分析。

Basespace公共数据页面上提供数据集。