Truseq芯片样品准备套件常见问题解答

该试剂盒有a组和B组，各包含12项指标。当一起使用时，集合A和B总共提供24个唯一索引。

对于一些库的准备，AMPure XP珠用户提供从贝克曼-库尔特基因组。更多信息请参阅适当的TruSeq DNA或RNA库准备指南。

Illumina建议DNA插入长度为200-800 bp。

使用基于荧光的方法进行定量，包括Qubit或Picogreen，以提供精确定量芯片DNA。

基于紫外分光光度计的方法，如Nanodrop，可以测量样品中存在的任何核苷酸，包括RNA，双链DNA，双链DNA和游离核苷酸，这些都可以不准确地测量DNA。

ChIP DNA样品很难进行片段化，因此选择更广泛的起始片段大小分布，以方便使用更广泛的起始材料。基于凝胶的尺寸选择侧重于狭窄的插入尺寸(结扎后250-300 bp)，以提高motif发现的成功率，更紧密的分布和更小的片段。如果可能，Illumina建议使用较小的起始碎片尺寸，以增加选定范围内的材料量。分布在200-800 bp范围内的样品已被证明能生成成功的库，即使大多数输入材料不是最终选择的尺寸。

该方案优化了18个PCR周期，以允许样品输入量和质量的变化。高质量的样本可能使用较少的PCR循环，但仍能产生足够数量的最终文库。PCR循环滴定可用于确定特定样品的最佳性能。Illumina不建议增加PCR循环的数量，因为这可能会扭曲文库的表达。

最终库显示了~250 ~ 300 bp的大小分布。

Illumina使用绿色激光对G/T碱基进行测序，使用红色激光对a /C碱基进行测序。在每个循环中，每个颜色通道至少需要读取两个核苷酸中的一个，以确保正确的配准。保持正在排序的索引读的每个基的颜色平衡是很重要的，否则索引读排序可能会由于注册失败而失败。对于少量样本的汇集策略，请参阅您正在使用的工具包的库准备指南中的适配器管汇集指南部分。此外，建议在进行样品准备之前，在Illumina实验经理(IEM)中创建一个样品表，以确认未列出的适当的指数组合。

每个Truseq芯片库制备试剂盒含有足够的试剂和适配器来处理48个样品。设置A和SET B各以来包含12个唯一索引，每个索引足够足以为8个单独的样本。

该方案被优化为包含凝胶大小选择步骤，选择150-200 bp的DNA插入。可以使用较长的插入;然而，这可能会降低信号噪声为绑定基序，并可能需要修改最佳运行性能。Illumina建议为最终文库选择250-300 bp的凝胶大小范围。

Illumina公司的专利方法确保了将2个不同的适配器以所需的方向连接到DNA片段的相反两端。PCR选择这些，并最终确定构建，以便在流动细胞表面杂交。可以通过对连接片段进行测序来确定适配器序列，但仅凭序列信息不足以揭示该方法。

TruSeq ChIP Library Prep Kit由于输入量低，不包含inline控件。

Illumina建议使用QPCR量化Truseq芯片库。有关更多信息，请参阅测序库QPCR量化指南．

TruSeq ChIP库与TruSeq所有聚类试剂盒和TruSeq双索引测序引物盒(单读或配对端)中的测序引物兼容。

序列TruseQ芯片库上的单读或配对端流量单元。

Miseq运行需要在运行开始时进行样品表以允许分析。在Illumina实验管理器（IEM）中创建样品表时，您可以在其他类别中选择FASTQ或CHIP-SEQ应用程序。两个工作流都会生成FASTQ文件。

TruseQ芯片样本准备套件生成您可以在单读或配对端流单元上排序的配对结束库。在许多情况下，单读（1×50bp）运行足以用于芯片SEQ分析。

对端读取可以增加对齐读取和解析读取映射到重复序列的能力。回顾文献和第三方分析软件，以确定哪种类型的运行足以满足实验的需要。

使用Casava和MSR进行多路分解。但是，它们不适用于TruseQ芯片分析。

有许多第三方解决方案可用于ChIP数据的分析。这些包括但不限于MACS、Avadis和Partek。请注意，Illumina无法为第三方软件的使用提供支持;如果有任何关于分析和使用软件的问题，请直接与软件资源联系。更多的文献参考可以在Illumina上找到表观遗传学网页。