TruSight肿瘤15试剂盒常见问题

您可以购买独立的库预备试剂或包括图书馆准备和测序试剂的套件。以下套件可用：

• 目录＃OP-101-1001-TruSight肿瘤15 MiSeq试剂盒（包括文库制备和测序试剂），用于24个样本（48个文库）和3倍MiSeq v3试剂（600个周期）
• 目录＃20005610-Trusight肿瘤15 miniSeq试剂盒（包括图书馆准备和测序试剂）24个样品（48个文库），具有3x miniseq高输出试剂（300周期）
• 目录＃OP-101-1002-TruSight肿瘤15(仅库准备)，24个样本(48库)

您可以订购额外的MISEQ试剂盒V3（600周期）（MS-102-3003）或MiniSeQ高输出试剂（300周期）（FC-420-1003）。

Trusight肿瘤15靶向15个实体肿瘤基因，而第三次肿瘤26靶出26个基因。Trusight肿瘤15是一种多重PCR扩增子的测定和三颗肿瘤26使用Truseq定制扩增延长化学化学。

参观安全数据表（SDS）页面并输入适用的搜索条件。

在套件盒标签和试剂管上印有过期日期。illumina从套件发货时保证了三个月的保质期。

这Illumina适配器序列文件列出索引适配器序列和所有其他适配器序列。

下表列出了面板中包含的基因和外显子。

是的，此套件包含双索引适配器 - 24 I7索引和2个I5索引。

i7索引是6 bp，i5索引是8 bp。虽然索引的编号似乎类似于其他套件，但索引序列不同，可以在参考指南中找到。

输出预定义报告包括以下基因。这些基因也在列出TruSight肿瘤15产品页面。

以下FFPE DNA提取方法已得到验证。

• AllPrep DNA/RNA FFPE试剂盒（QIAGEN）(推荐)
• QIAamp DSP DNA FFPE组织试剂盒(QIAGEN)
• ReliaPrep FFPE gDNA Mimprep系统(Promega)

参考指南中提供了这些方法。

两个基因库的目标都是基因组的不同区域。在两个池之间，收益率和读取深度可能不同，特别是在有放大事件或大indel的情况下。为了最小化两个库之间的差异，在排序之前，所有库都被规范化为5 ng/ul。如果发生放大事件，可能会有轻微的偏差。

基因特异性引物在18-35 bp之间，大多数在20-25 bp之间。标签有20和21个bps长。

我们建议输入20ng /样品（10ng用于每个样品的扩增子混合A和B），并且每种扩增子混合物的2ng /μl的最小输入DNA浓度。

建议使用基于荧光的方法，例如Acculcle（优选的），QUBit或Picogreen，以定量输入DNA和最终文库。

是的。该试剂盒已优化FFPE DNA样品。

用RNase/DNase-free水或10 mM Tris-HCl稀释起始物质，pH 8.5。避免含有EDTA的缓冲液，如TE或AE。

不建议使用DEPC水。污染物可以抑制反应的部分。

每个样品的库混合A和B的库浓度≥20 ng/µl。收益率较低的库提供的变量调用质量较差、精度较低。一些FFPE样品不能产生足够的文库量进行测序。

典型产量为20-100 ng/µl。官方规格至少是20 ng/µl。

每个库准备批次至少处理四个样本。

推荐以下热循环仪为Trusight肿瘤15套件。遵循所列推荐的斜坡率设置TruSight肿瘤15参考指南

• Bio-rad C1000
• Bio-rad S1000
• Applied Biosystems GeneAmp PCR System 9700
• 应用生物系统Veriti热循环仪
• Eppendorf Mastercycler ep梯度
• Eppendorf MasterCycler EP梯度-S

Bio-Rad C1000、Applied Biosystems GeneAmp PCR System 9700和Eppendorf MasterCycler ep Gradient内部鉴定。

参考指南中列出了一个通用的96孔PCR板。请参阅特定热循环器的推荐板。

图书馆可以在-25°C至-15°C下存储长达14天。

扩增子平均〜150-175 BP，图书馆尺寸约为350年，但代表了一款多路复用PCR扩增子，而不是单一产品。另外，引物二聚体可以在凝胶中可见，作为大约160-180bp的双频带。

根据Illumina测序库QPCR量化指南。

用比双链DNA特异的荧光法定量也是足够的。

TruSight Tumor 15仅支持MiniSeq、MiSeq (v3 chemistry)和MiSeqDx (v3 chemistry)系统。在其他系统上进行测序是可能的，但还没有经过测试。

设置2 x 151 bp运行。

miseq与v3试剂：建议汇集8个DNA样本(16个库)。但有足够的指标制备24个DNA样本(48个文库)。

MiniSeq:通过高输出试剂，建议汇集8个DNA样品（16个文库）。随着中产量试剂，建议汇集3个DNA样本（6个文库）。

MiSeq v3和MiniSeq试剂盒均包含所有必需的测序引物。

以下装载浓度提供了最佳的簇密度。根据实验室的需求调整加载量。

• 米塞克：6 - 12点
• MiniSeq:0.8-1.2 PM

我们建议在980µl的DAL中添加~1%的PhiX，相当于20µl的20pM变性PhiX砧木。

两个清单文件（每个池一个）都需要分析排序运行。清单文件在MISEQ（MCS / MSR 2.6或更高版本）或本地运行管理器上自动安装。

可以从支持页面下载清单文件下载部分。

VariantStudio可用于注释和滤波。

目前，没有推荐的第三方软件工具。

请按照中的说明进行操作本地运行管理器软件指南。

这些区域用于EGFR、ERBB2和MET扩增分析的标准化。该放大软件将于稍后发布。

包含的变型在报告定义文件中可用。从中下载文件Trusight肿瘤15个产品文件。

genome.vcf文件是变量调用的主要输出文件。对于进一步的变量筛选，请使用BaseSpace变量解释器或预定义的PDF报告。