DesignStudio常见问题解答

不。下订单后，不能编辑设计。BaseSpace Sequence Hub和Local Run Manager分析所需的文件必须与您订购的材料保持同步。

不可以。但是，您可以使用“修改设计”按钮将内容复制到新面板，然后编辑它。

不可以。但是，您可以使用“修改设计”按钮将内容复制到新面板，然后编辑它。

“内硅”覆盖率是指扩增子贴片覆盖的基底的百分比。这个数字是基于计算机计算的，与实验覆盖率不同，实验覆盖率代表了面板在实验室中的实际性能。

DesignStudio接受使用人类基因组组织的基因命名委员会(HGNC)的基因符号和别名的基因组区域或基因列表文件的BED文件。模板可在设计器中工作流的“管理目标”步骤中获得。

BED文件使用“零基础、半开”(ZBHO)坐标。相比之下，dbSNP和COSMIC使用“一基、包容”(OBI)坐标。请注意，与dbSNP和COSMIC相比，Illumina的AmpliSeq坐标比dbSNP和COSMIC数据库中出现的坐标少一个启动坐标。

当将Illumina或Enrichment BED文件中的AmpliSeq坐标与UCSC基因组浏览器中的数据进行比较时，请注意UCSC同时使用两种坐标系统:web界面中的OBI，数据库和数据下载中的ZBHO。

小于250kb的设计预计周转时间为48小时或更少。设计大于250kb或与许多目标可能需要超过48小时返回。

按需设计的周转时间比其他设计的周转时间短。按需设计的250 kb或更少应在2小时内返回。

您可以使用“转移”按钮来共享设计。注意，转移功能不会为自己保留设计的副本。如果您想在您的帐户中保留一份副本，请使用复制功能在传输之前创建您自己的设计版本。

是的。您可以通过使用UCSC基因组浏览器导出功能生成BED文件，在表格浏览器部分。

是的。但是，您必须确保使用正确版本的基因组（用于人类HG19，MM10用于鼠标）。

我们支持Firefox，Google Chrome，Safari和Internet Explorer 11及以上。

目前，DesignStudio允许用户选择每个设计的140,175,275或375（推荐用于Miseq）的扩增子大小。扩增子尺寸包括引物序列和插入区域。我们建议使用175 BP用于FFPE DNA，140bp用于CFDNA，以及正常DNA的275bp。

如果初始设计中的覆盖范围小于100％，则可以尝试将底漆扩展到内含子以捕获整个外显子。底漆区域不被覆盖。因此，填充可以在外显子的末端和接头结区域的一些测序能够高质量测序。

您还可以修改您的设计，以选择较低的严格级别，以增加您的完全覆盖的机会。

是的，DesignStudio通过测序启用SNP基因分型。

Designstudio不设计甲基化实验的引物.DesignStudio不设计甲基化实验的引物。

当你选择下载结果DesignStudio的审阅设计页面上的按钮，您可以下载包含以下输出文件的压缩文件夹：

您可以直接向管道提交高达500 KB的设计。管道是有能力的加工设计高达5 MB，但这种设计成本高昂，占用了大量的计算资源。

我们建议您只提交不超过2mb的设计。对于2mb至5mb的设计，我们建议您与您的销售专员联系。

当用户提交一个基因进行设计时，只有外显子被用作目标。如果你希望设计整个基因(外显子和内含子)，用户需要提交基因的起始和结束坐标。

不可以。设计者使用UCSC基因组浏览器列出的外显子坐标。启动子不是外显子的一部分，需要使用描述基因组坐标的床文件要求。

同一池/管中的引物不重叠。

该工艺是一个自动化的管道，经过优化，可提供可靠的底漆装置的最大覆盖范围。

如果将重叠区域提交到设计流水线，则该区域内部连接并视为用于设计的单个区域，防止任何重叠。在用户界面中，将两个区域报告回已提交。虽然可以进行两次扩增子（在每个原始区域中一次），但是该扩增子及其引物仅在设计中发生一次。

有时，两台转向PCR加入以形成一个大型扩增子。管道中的池算法将引物分离成单独的池以最小化这些相互作用的风险。

• chromStart-特征在染色体或支架中的起始位置。染色体的第一个碱基编号为0。
• chromEnd- 染色体或脚手架中的特征的结束位置。Chromend基础不包括在该功能的显示中。例如，染色体的前100个碱基被定义为ChromStart = 0，Chromend = 100，并跨越0-99的碱基。

是的。管道首先尝试设计仅匹配目标的引物，而不是伪基因（或重复）版本。如果靶基因未覆盖在初始底漆选择中，则为了覆盖，在以后的回合中，匹配参数被放松。此过程仍然试图保持插入物的唯一性。

请注意，较低级别的严格性放宽了此过程的参数。

设计中的池步骤优化以最小化重叠放大器之间的干扰。因此，重叠的放大器被隔离成不同的池，并且在遵循用户指南时不会组合。

有几个原因可以解释为什么基因在设计中不能被接受:

• 一个基因必须是UCSC参考基因数据集的一部分
• 基因必须具有至少一种编码转录物
• 一个基因不能映射到一个以上的基因组位置(包括假常染色体基因(par1,2))
• 一个基因不能映射到未组装的contigs或alternate assembly -例如人类包括:chrUn_gl000228, chr4_gl000194_random和chr6_cox_hap2(见UCSC常见问题chrn_random表）

• 脱氧核糖核酸
  • 人类基因组* - 2013年12月(hg38, GRCh38.p2)
  • 人类基因组* - 2009年2月(hg19, GRCh37)
  • 鼠标基因组* - 2011年12月（MM10，GRCM38）
  • 基因靶标对应于Refseq V74
  • 热点目标对应于DBSNP v146（对于人和小鼠）和宇宙V82（仅适用于人类基因组HG38）
  • 热点目标对应于dbSNP v138(用于人类和小鼠)和COSMIC v82(仅用于人类基因组hg19)
• 核糖核酸
  • 人RNA Canonical RefSeq转录本* - 2009年2月(hg19, GRCh37)
  • * HGNC数据库，Hugo基因命名委员会（HGNC），Embl Outstation - Hinxton，欧洲生物信息学院，Wellcome Trust Genome Campus，Hinxton，Cambridgeshire，英国CB10 1SDhttp://www.genenames.org，11/2012

是的，它们是人类基因组的同一个版本。GRCh38代表“基因组参考联盟人类参考38”。它是GenBank中的初级基因组组装。在UCSC基因组浏览器的背景下，hg38是GRCh38的ID。

hg19构建是多个基因组的单一表示。hg38构建为一些基因组区域提供了替代序列(“alt_sequences”)，这些序列的可变性阻止了单个参考的充分表达。

• DesignStudio的Illumina项目的SompexieSQ使用的版本基于grch38.p2
• 未置换，替代和未透明的折叠被列为单独的染色体。它们首先通过染色体定位订购，然后通过GENBANK加入CONDIG的字母顺序。
• 重复和SNP位置被软掩码成小写字母，而模糊的IUPAC碱基、重复的中心点阵列和chrY PAR区域被硬掩码成“N”。
• 包含chr1-22、chrX、chrY和chr22_KI270879v1_alt。
• 除了区域269814-279356(基于1)外，Contig chr22_KI270879v1_alt是硬屏蔽的。
• 基因GSTT1位于chr22_KI270879v1_alt:270308-278486。

我们的HG38版本仅考虑CHR22_KI270879V1_ALT。该ALT染色体含有基因GSTT1，其是HG19中CHR22的一部分。我们决定能够在我们组织内的多个业务中使用基因组参考标准化。

我们不提供任何转换工具。我们建议用户联系他们自己的生物信息学专家以获得进一步指导。

不。旧的分析和面板是使用hg19作为参考创建的，应该使用为hg19创建的工具和分析管道进行分析。

是的。利用hg19作为参考基因组进行设计和分析的管道和工具仍然可用。

不可以。您只能将放大器从自定义设计复制到与相同的参考基因组相关联的另一种自定义设计。即使两个参考基因组是人类，也不可能将放大器复制到与不同参考基因组相关联的自定义设计。

不可以。您必须修改设计，添加新基因，并提交新订单。

不，不是此时。

不。我们使用的是经过特殊修改的底漆，所以标准底漆不能用于图书馆建设。

Illumina定制面板的SomexiSeq范围从12个扩大器到每个池到3,072个放大器。目标区域可以像1 bp一样小，但由于设计必须包括12个放大器，所以需要12套1个BP区域。

所有订单的最低价格相当于包含48个扩增子的订单的成本。

每个自定义引物池作为预池管交付。

电子邮件cheuduservice@illumina.com.．在提及您的订单时，请使用AmpliSeq作为Illumina设计ID号或解决方案ID号。

您可以重新开始或修改设计。如果修改设计，则保留所有设置，并将当前目标列表复制到处于未提交状态的新项目。在这一点上改变严格程度可能会增加您的设计覆盖率。如果您正在使用AmpliSeq进行Illumina基因设计，您也可以在选择修改时增加池的数量。对于所有其他调整，您可以导出目标列表并通过设置新设计更改参数。

如果您的设计在多个池中导致多个池，则每个池通过在AmpleDieSQ中引用的“放大DNA / cDNA靶标”为Illumina定制和社区面板参考指南。然后在“部分摘要的扩增子”步骤之前将池组合。它们通过指数结扎和最终图书馆放大持续作为一种样本。

要确保默认情况下涵盖整个外显子，我们将25 BP添加所选目标区域的填充和下游。该填充允许房间放置引物。填充确保了外显子末端的高质量测序，并允许一些测序在接头接线区域中。底漆区域不被覆盖。因此，如果从初始设计获得的覆盖率小于100％，我们可以再尝试一次将引物延伸到内含子以捕获整个外显子。

在DesignStudio的Illumina项目中，AmpliSeq目前不支持针对病原体的设计。

在DesignStudio的Illumina项目中，AmpliSeq目前不支持针对病原体的设计。

提交后，由于质量控制注意事项，在其他属性中，审核了臭名文件的重复。当已删除复制品并且已传递其他过滤器时，（可能减少）文件被接受到管道中。

我们设定了每个面板上至少有一个基因或24个扩增子的顺序。设计还必须至少有2个游泳池和12个放大器每个游泳池。

由于生产限制，我们设定了每个面板最多订购500个基因或15000个扩增子。我们一直在改进，所以这个限制很可能会增加。将来你们可以订购更大款式的。

Illumina使用RefGene v74作为注释的来源。

不，仅包括基因的编码DNA序列（CDS）区域作为按需基因设计的一部分。

基因扩增子均匀性是指一个基因扩增子的百分比大于0.2倍的所有针对该基因的扩增子的平均覆盖率。它代表了通过Illumina DNA Amplicon工作流从NextSeq数据计算得到的湿实验室均匀性。

不。按需面板只支持包含CDS区域的基因。假基因不受支持。

每个按需基因设计的填充是外显子的5'和3'末端的5 BP。

不。可能组合的数量是天文数字。在实验室里测试所有可能的组合是不可行的。然而，通过计算机搜索，我们已经尽可能地减少了引物-引物相互作用的发生。此外，当同时大量合成多个基因时，我们发现由于疑似引物-引物相互作用而导致的扩增子漏出不足1%。

Illumina按需面板的SomemSieSQ选自预先测试的基因目录，样品类型，最大扩增子长度和严格性优化并为您提供方便。

“观察到的覆盖”轨道表明在NextSeq上的验证实验期间每个靶向基因的每种扩增子的观察到读数的数量。在运行实验时，使用此曲目作为可能的性能的一般指导。虽然价值可以在测定中变化，但普遍覆盖趋势应保持一致。

在没有扩增子以提供预期目标的覆盖范围的情况下发生差距。我们尽一切努力在我们的按需设计中尽量减少这些地区的发生。

y轴表示观察到的覆盖范围由基因的平均扩增子覆盖归一化。

不可以。IGV查看器只能关注您的感兴趣的基因。在网格视图中，选择基因，并且IGV观看者自动更新该基因上的中心。

设计中的所有扩增子都包含在“观察覆盖范围”轨道中显示的读数。如果覆盖一个扩增子的读计数相对于邻近的扩增子来说比较小，那么“观察到的覆盖”轨迹就会显示为空。但是，如果您将比例更改为较低的值，那么您将能够可视化较低的读取数量。如果观察到的覆盖跟踪不存在，设计器将通知您该跟踪不可用的原因。

自定义DNA面板插入到AmpliSeq for Illumina on Demand是一个2池面板，允许您添加cds仅基因，在AmpliSeq for Illumina on Demand目录中没有提供到您的设计

由于AmpliSeq for Illumina On-Demand目录中可用的基因数量有限，因此一个Spike-in面板可以让你在单个靶标扩增反应中对所有预期靶标进行测序。

是的，尖峰面板的局限性涉及可以包括的基因数量。峰值板的最大尺寸为每个池123个放大器，总共246个扩增子。从性能角度来看，由于尖峰面板被制造为按订单面板制造，并且不是像按需面板一样测试的湿式实验室。

Spike-in Conels遵循我们的订单流程，并在每个订单上合成De Novo。反应的数量通常大（750-3,000个反应）。另一方面，按需面板已经过优化，初产，测试，并以小反应数批次提供。按需面板还包含可以在网格视图中可用的集成IGV查看器中可视化的数据。