iGenomes是一组参考序列和注释文件，用于常见分析生物体。这些文件已从Ensembl、NCBI或UCSC下载。染色体名称已更改为简单且与下载源一致。每个iGenome都是一个压缩文件，包含生物体单个基因组构建的序列和注释文件。
有关更多信息，请参见iGenomes概述和更改日志。
| 种 | 源 | 建立 | |||
|---|---|---|---|---|---|
| 拟南芥蒂利亚纳 | 运用 | TAIR10 | TAIR9 | ||
| 美国国立生物技术信息中心 | TAIR10 | build9.1 | |||
| Bacillus_cereus.写明ATCC 10987株 | 美国国立生物技术信息中心 | 2003-02-13 | |||
| 枯草芽孢杆菌菌株168 | 运用 | 申请 | |||
| 黄牛（牛） | 运用 | UMD3.1 | Btau_4.0 | ||
| 美国国立生物技术信息中心 | UMD_3.1.1 | UMD_3.1 | Btau_4.6.1 | Btau_4.2 | |
| UCSC | 博斯托8 | 博斯托7号 | bosTau6 | bosTau4 | |
| 秀丽隐杆线虫 | 运用 | WBcel235 | WBcel215 | WS220 | WS210 |
| 美国国立生物技术信息中心 | WS195 | WS190 | |||
| UCSC | ce10 | ce6 | |||
| 犬属后裔（狗） | 运用 | CanFam3.1 | 广泛的2. | ||
| 美国国立生物技术信息中心 | build3.1 | build2.1 | |||
| UCSC | canFam3 | canFam2 | |||
| 鲐鱼类（斑马鱼） | 运用 | GRCZ10 | Zv9 | ||
| 美国国立生物技术信息中心 | GRCZ10 | Zv9 | |||
| UCSC | 达尼尔10. | danRer7 | |||
| 黑腹果蝇 | 运用 | BDGP6 | BDGP5 | BDGP5.25 | |
| 美国国立生物技术信息中心 | build5.41 | build5.3. | 大楼5 | 构建4.1 | |
| UCSC | DM6. | dm3 | |||
| 肠杆菌药物λ. | 美国国立生物技术信息中心 | 1993-04-28 | |||
| 科仕caballus(马) | 运用 | Equacab2 | |||
| 美国国立生物技术信息中心 | EquCab2.0 | ||||
| UCSC | equCab2 | ||||
| 大肠杆菌应变K12, DH10B | 运用 | EB1 | |||
| 美国国立生物技术信息中心 | 2008-03-17 | ||||
| 大肠杆菌菌株K12，MG1655 | 美国国立生物技术信息中心 | 2001-10-15 | |||
| Gallus Gallus.（鸡） | 运用 | Galgal4 | 华盛顿2号 | ||
| 美国国立生物技术信息中心 | build3.1 | build2.1 | |||
| UCSC | galGal5 | galGal4 | galGal3 | ||
| 大豆蛋白 | 运用 | GM01 | |||
| 智人 | 运用 | GRCh37 | |||
| 美国国立生物技术信息中心 | GRCh38 | build37.2 | build37.1 | build36.3 | |
| GRCH38诱饵 | |||||
| UCSC | hg38 | hg19–没有注释文件。 |
hg18 | ||
| Macaca Mulatta. | 运用 | Mmul_1 | |||
| 亩骶(老鼠) | 运用 | GRCm38 | NCBIM37 | ||
| 美国国立生物技术信息中心 | GRCm38 | build37.2 | build37.1 | ||
| UCSC | mm10 | mm9. | |||
| 结核分枝杆菌应变H37Rv。EB1 | 运用 | H37RV.EB1. | |||
| 美国国立生物技术信息中心 | 2001-09-07 | ||||
| 粳稻(大米) | 运用 | irgsp - 1.0 | MSU6 | ||
| 黑猩猩（黑猩猩） | 运用 | CHIMP2.1.4 | CHIMP2.1 | ||
| 美国国立生物技术信息中心 | build3.1 | build2.1 | |||
| UCSC | 潘特罗4 | 潘特罗3 | 潘特罗2 | ||
| 菲克斯 | Illumina公司 | RTA. | |||
| 美国国立生物技术信息中心 | 1993-04-28 | ||||
| 铜绿假单胞菌菌株PAO1 | 美国国立生物技术信息中心 | 2000-09-13 | |||
| 鼠形(老鼠) | 运用 | Rnor_6.0. | Rnor_5.0 | RGSC3.4 | |
| 美国国立生物技术信息中心 | Rnor_6.0. | Rnor_5.0 | RGSC_v3.4 | ||
| UCSC | rn6 | rn5 | rn4 | ||
| 乳头杆菌sphaeroides.应变2.4.1 | 美国国立生物技术信息中心 | 2005-10-07 | |||
| 酿酒酵母酿酒酵母(酵母) | 运用 | R64-1-1 | EF4 | EF3 | EF2 |
| 美国国立生物技术信息中心 | build3.1 | build2.1 | |||
| UCSC | sacCer3 | sacCer2 | |||
| 粟酒裂殖酵母 | 运用 | EF2 | EF1 | ||
| Sorangium cellulosum应变So_ce_56 | 美国国立生物技术信息中心 | 2007-11-27 | |||
| 高粱二色的 | 运用 | Sbi1 | |||
| 金黄色葡萄球菌应变NCTC 8325. | 美国国立生物技术信息中心 | 2006-02-13 | |||
| 阴囊(猪) | 运用 | sscrofa11.1. | Sscrofa10.2 | Sscrofa9 | |
| 美国国立生物技术信息中心 | Sscrofa10.2 | Sscrofa10. | Sscrofa9.2 | ||
| UCSC | susScr3 | susScr2 | |||
| 玉米（玉米） | 运用 | AGPv4 | AGPv3 | AGPv2 |