在Novaseq 6000系统上测序人的全基因组

工作流程概述

本页面提供了在NovaSeq 6000测序系统上进行人类全基因组测序(WGS)的信息和建议。

图书馆准备

Truseq DNA PCR-Faill-Prep协议提供了以下全基因组测序的以下能力。

• 低样本(LS)和高样本(HS)协议适用于一系列实验。
• 一种自由的工作流程，可以增加基因组覆盖质量以检测长重复扩展。
• Illumina-TruSeq Unique Dual (UD) Indexes的IDT可单独购买。

有关TRUSEQ DNA PCR的信息和其他功能，请参阅TRUSEQ DNA PCR的参考指南．

DNA输入要求

Truseq DNA PCR-Free套件需要高质量的GDNA。降解的DNA可导致珠净化期间的低产率和样品损失。有关DNA输入建议的更多信息，量化输入DNA，并评估DNA质量，请参阅TRUSEQ DNA PCR的参考指南．

低和高样本量

Truseq DNA PCR无含有低样品（LS）和高样品（HS）尺寸的方案。LS协议一次优化用于处理24个样本，并且HS协议一次优化用于处理96个样本。

有关每个协议和可使用信息的信息，请参见TRUSEQ DNA PCR的参考指南．

IDT for Illumina - Truseq UD索引

ILUMINA-TRUSEQ UD索引的IDT增加了PLOXITY，以允许准确的读取分配和有效的流动单元使用。IDT for Illumina-Truseq索引是单独购买的。有关汇集指南的信息，请参阅索引适配器池指南．有关索引适配器序列的信息，请参阅Illumina适配器序列．

图书馆量化

要想在Illumina测序系统上获得高质量的数据，需要在流细胞的每个车道上获得最佳的簇密度。优化群集密度需要使用qPCR精确定量无pcr的DNA库。qPCR以外的方法可能不准确。非qpcr方法对两端没有适配器且不形成簇的分子进行定量。由于缺乏PCR富集，更多的这些非聚类分子可能会出现。

有关量化PCR无DNA文库的更多信息，请参阅TRUSEQ DNA PCR的参考指南．

测序和分析

NovaSeq 6000系统提供以下全基因组测序功能。

• Novaseq 6000是具有宽输出范围的双流动电池系统。
• Novaseq XP流动单元Dock允许在每个流动单元中测序不同文库并降低负载量。
• 有图案的流动细胞减少纳米井之间的间距，以增加簇密度和数据输出。
• 实时分析（RTA）在运行期间执行图像分析和基本调用。
• 排序工作流与BaseSpace Sequence Hub集成。
• 单独的项目或方法是车道。
• 在一个通道内进行多路复用，以最大限度地增加每个流池的样品总数。
• 完成Novaseq 6000系统协议，较少的库输入。

要求

观看NovaSeq 6000测序系统位点准备指南操作和安装要求。

可调输出

NovaSeq 6000系统可以同时对一个流池或两个不同输出的流池进行排序。对于使用无pcr文库的全基因组测序，使用2 × 150 bp的读长和插入尺寸为350 bp或2 × 250 bp的读长和插入尺寸为550 bp。有关全基因组测序的样本吞吐量和运行时间的更多信息，请参见NovaSeq系统规范．

Novaseq XP工作流程

Novaseq XP Workflow是Novaseq 6000系统上标准的板载集群生成的替代方案。使用Novaseq XP Workflow，您可以执行以下附加过程：

• 单独的项目或方法是车道。
• 在一个通道内进行多路复用，以最大限度地增加每个流池的样品总数。
• 完成Novaseq 6000系统协议，较少的库输入。

有关完整的协议信息，请参见Novaseq 6000测序系统指南．有关NovaSeq Xp协议的精简版本，请参见NovaSeq Xp工作流程清单．

图形流池技术

NovaSeq 6000系统使用图形化的流单元来生成紧密间隔的簇。有图案的流动细胞在流动细胞的两个表面的固定位置包含数十亿的纳米孔。结构化的组织结构甚至提供了排列簇间距，使流细胞不容易超载，并对更大范围的簇密度具有更大的容忍度。精确的纳米井定位不需要绘制簇位置(生成模板)，并节省了每次测序的时间。簇密度越高，每个流单元输出的可用数据越多，从而降低排序运行成本。

有关更多信息，请参阅图案流动单元技术网页，图形流单元技术视频,图案流动细胞技术技术说明．

实时分析

Novaseq 6000系统使用RTA3软件提供作为互操作文件存储的运行质量的实时度量。Interop文件是包含图块，周期和读级度量的二进制输出。有关使用RTA3的更多信息，请参阅Novaseq 6000测序系统指南．

测序分析查看器

测序分析查看器（SAV）允许您从RTA3提供的互操作文件中查看实时度量。SAV可以安装在网络计算机上以监视远程位置的运行。要下载最新版本，访问文档和查看兼容产品，请参阅测序分析查看器．

BaseSpace序列枢纽

BaseSpace序列集线器上的整个基因组测序应用程序是支持对齐，变体调用和注释的WGS数据的工具。有关全基因组测序应用程序的更多信息，请参阅Basespace序列集线器全基因组测序应用程序．

在分析之后，您可以使用BaseSpace Variant Interpreter来识别带有易于访问的注释的具有生物学意义的变体。如果说快速分析小型变异是一项优先任务，那么DRAGEN Germline Pipeline应用程序可以在大约60分钟内以30倍的覆盖率分析人类全基因组。有关管道工具和输出的信息，请参见拖动生物IT平台．

数据存储

Illumina建议将数据上传到Basespace序列集线器。有关每次运行所需存储的信息，请参阅NovaSeq 6000测序系统位点准备指南．有关配置Basespace序列集线器的信息，请参阅“Novaseq 600”测序系统指南。

图书馆准备的其他资源

用于排序和分析的额外资源

资源	描述
NovaSeq 6000系统指南 （文档＃1000000019358）	提供NovaSeq 6000测序系统的操作和维护的系统概述和说明。
NovaSeq Xp工作流程清单 （文档＃1000000044404	为有经验的用户提供Novaseq XP协议的浓缩版本。
Novaseq 6000系统支持页面	提供有关Illumina兼容产品的文档、培训资源、常见问题和信息。
Basespace序列集线器全基因组测序应用程序	为使用全基因组测序应用程序在BaseSpace序列中心提供在线帮助。