该资源提供了一步一步的指导，通过过渡到Nextera DNA Flex Library Prep在iSeq 100系统的过程。
Nextera DNA Flex的总库预备时间为2.5小时。
Nextera DNA Flex Library Prep与TruSeq DNA Nano Library Prep(6小时)和Nextera XT Library Prep(4小时)的时间比较，请参见Nextera DNA Flex Library Preparation Kit数据表。
与其他Illumina DNA库预备套件相比，以下数据表提供了有关Nextera DNA Flex Library Prep Kit的信息。
关于使用Nextera DNA Flex Library Prep和iSeq 100测序系统的测序方法，包括病毒和细菌全基因组测序，请参考以下资源。
联系您当地的销售代表，了解计算每个样本的成本。
Nextera DNA Flex支持以下样品类型：
Nextera DNA Flex针对gDNA (dsDNA)进行了优化，与ssDNA/RNA不兼容，因为这些都不是用于标记的底物。有关受支持的样本类型和要求的更多信息，请参阅Nextera DNA Flex Library Prep参考指南， 这Nextera DNA Flex微生物菌落提取证明了方案指南（殖民地）,或Nextera粗裂解液方案，用于偏心蛋白下一代测序（粪便样本）．
大于150 bp的PCR扩增产物可用作输入。有关更多信息，请参阅的“示例输入建议”部分Nextera DNA Flex Library Prep参考指南．
Nextera DNA Flex协议与DNA输入1-500 ng兼容。对于人DNA样品和其他大型复杂基因组，推荐的DNA输入为100-500ng。对于小型基因组，DNA输入量可以降低至低至1ng（相应地修饰PCR循环条件）。注意，如果需要使用<100ng DNA输入，则需要定量和归一化初始DNA样品。
有关DNA输入建议的更多信息，请参阅Nextera DNA Flex Library Prep参考指南和Nextera DNA Flex常见问题．
有关微生物菌落的具体指南，请参阅微生物全基因组测序与Nextera DNA Flex文库制备试剂盒应用程序的注意。
对于100-500ng之间的DNA输入，不需要精确定量初始DNA样品，预期最终产量的标准化。
如果您使用的是<100 ng DNA输入，建议对初始DNA样本进行量化，以确定所需的PCR周期数。使用荧光测定法对双链DNA进行定量，如QuantiFluor或PicoGreen。
可以使用Qubit DSDNA BR测定或QUBit DSDNA HS测定来确定GDNA的浓度。这些测定使用荧光染料，其对RNA上的双链DNA具有高度选择性，并且可以检测浓度范围为10pg /μl-1000ng /μl的样品。皮卡温染料也可用于精确测量DNA浓度。
有关更多信息，请参阅Nextera DNA Flex Library Prep参考指南．
以下内容已使用Nextera DNA Flex微生物菌落提取演示方案指南：
有关评估DNA样品质量的信息，请参阅评估DNA纯度部分Nextera DNA Flex参考指南．
在BaseSpace Sequence Hub中可以找到使用Nextera DNA Flex（来自细菌、植物、农业和人类）制备的各种基因组。整个基因组的数据保持一致。公共数据可用于以下系统：
260nm在280nm处吸光度在260nm处的吸光度比率提供样品纯度的指示。该方案针对具有1.8-2.0的吸光度比值的DNA进行了优化，其表示纯DNA样品。此范围之外的值表明存在可能导致不完全标签的污染物，并对最终的图书馆产量产生不利影响。出于完整的污染物清单，包括对图书馆的来源，避税和影响，见Nextera XT故障排除技术说明．
由污染物引起的不完全标签可能导致图书馆准备失败，群集不良，或意外的高脚手架数。
有关更多信息，请参见评估DNA纯度部分Nextera DNA Flex参考指南．
有关使用Nextera DNA Flex库准备工具包的介绍，请查看以下资源：
有关所需套件、耗材和设备的信息，请参阅Nextera DNA Flex耗材和设备清单. Nextera DNA Flex试剂与Nextera DNA或Nextera XT试剂不兼容。
索引适配器和图书馆预备套件单独出售。如果从血液样品开始方案，还需要弯曲裂解试剂盒。不建议使用第三方索引。
在Nextera XT和Nextera DNA Flex试剂盒之间有一种共同试剂：重悬浮缓冲液。
Nextera DNA Flex和TruSeq DNA Nano试剂盒之间有三种共同的试剂:再悬浮缓冲液、增强PCR Mix和样品纯化珠。
有关更多信息，请参见Nextera DNA Flex Kit内容物，Nextera XT套件内容， 和Truseq DNA纳米套件内容物．
参考Nextera DNA Flex库准备消耗品和设备清单．该信息也可在工具包内容部分获得Nextera DNA Flex Library Prep参考指南．
使用碎片分析仪（安捷伦，前身为高级分析）或安捷伦科技2100生物分析仪检查标记样品的质量和预期尺寸分布。有关生物分析仪痕迹和库大小分布的示例，请参阅Nextera DNA Flex Library Prep参考指南．预期生物分析仪配置文件的变化，因为它取决于输入DNA类型。
有关更多信息，请参阅的“检查库质量”部分Nextera DNA Flex Library Prep参考指南．还提供以下视频资源:
可提供以下资源：
见上文“初步考虑”。
见Nextera DNA图书馆准备表演表在Nextera DNA Flex Library Prep Kit数据表．
Nextera DNA Flex的上样量为20 μl，上样浓度为200 pM。库自动变性成单链，并在仪器上进一步稀释。
有关更多信息，请参阅准备流单元格和库以及集群生成中的部分ISEQ 100序列系统指南．
该套件使用优化的Nextera适配器。
有关更多信息，请参阅Nextera Kits的序列部分Illumina适配器序列文件和《Nextera工具包汇集指南》部分索引适配器汇集指南．
Nextera DNA Flex库预备套件通过在单一反应步骤中通过碎片和添加适配器标签序列来使用珠子基转孔体复合物。当用输入DNA饱和时，基于珠基的转座组复合物片段的设定数量的DNA分子，提供柔韧性，使用宽DNA输入范围，一致的紧张碎片尺寸分布和标准化文库。在标签步骤之后，有限循环PCR步骤将Nextera DNA柔性指数适配器序列添加到DNA片段的末端，使能在所有Illumina测序平台上的能力。然后将随后的样品纯化珠（SPB）清洁步骤净化文库以用于illumina测序系统。
有关更多信息，请参阅NEXTERA DNA Flex测定的工作部分Nextera DNA Flex Library Prep参考指南．
请参阅演示协议Nextera DNA Flex微生物菌落提取和用Nextera DNA Flex库预备套件直接细菌菌落测序应用程序的注意。
来自应用笔记的以下文献引用也可能有用：
有几个因素可以削弱Nextera酶的性能:
有关其他信息，请参阅Nextera XT库准备：提示和故障排除．
有关提取协议的信息，请参阅Nextera DNA Flex微生物菌落提取协议指南和用Nextera DNA Flex库预备套件直接细菌菌落测序应用程序的注意。应用程序说明包括额外的资源。
标引是一种对生物样本进行标记，然后使用生物信息学方法来区分每个样本在运行过程中产生的测序数据的方法。
的“对端流单元(工作流B)上的双索引工作流”部分的更多信息索引测序概述指南．
可以通过协议一次处理1-96个样品。但是，建议使用多通道移液管处理8个样本或8个倍数。
要优化用于实验的样本池，您需要知道样本基因组大小，所需的覆盖范围和重复百分比。关于多路复用考虑的进一步信息，可以在优化Nextera DNA弯曲中的优化样本池中找到，在下面的ISEQ 100系统部分上。
有关支持的索引组合的信息，包括汇集少量样本的情况下，请参阅NEXTERA汇集指南部分索引适配器汇集指南或者是池计算器．
不建议使用任何其他索引，因为工具包中的索引纯度很高，并且经过了仔细优化，从而在库之间实现了均匀的索引表示。
有关更多信息，请参阅Illumina Nextera适配器部分Illumina适配器序列文件和Nextera汇集指南部分索引适配器汇集指南．
SPB是样品纯化珠的缩写，SPRI是固相可逆固定化的缩写。这两个术语是同义的。Illumina已经从使用SPRI术语过渡到使用SPB术语。
双面珠净化的目的是尺寸选择库碎片。两步过程首先去除大片段，第二步骤除去小分子量片段。
有关样品净化珠粒尺寸选择和最佳实践的更多详细信息，请参阅在线培训序列课程Truseq：样品净化珠尺寸选择和最佳实践．
不建议使用第三方样品净化珠来清理库。第三方珠或柱可能与Nextera DNA Flex Library Prep套件不兼容。
GC区域的覆盖率可能会受到所使用的热循环器的模型、设置和性能的影响。Illumina已经验证了Bio-Rad DNA引擎四分体2,Bio-Rad S1000, Bio-Rad C1000，和MJ研究PTC-225 DNA引擎四分体热循环器。其他热循环器的性能可能不同，这可能会影响基因组覆盖范围。
还可以看到Nextera DNA Flex耗材和设备清单．
Nextera DNA Flex与Nextera CD索引和Illumina Nextera UD索引工具包的IDT兼容。它与Nextera XT v2索引工具包不兼容。
有关珠上标记的信息，请参考以下资源:
可提供以下资源：
有关SBS技术的信息，请查看测序：Illumina技术视频或指下一代测序技术介绍．
iSeq 100系统需要iSeq 100 i1试剂试剂盒。有关所需的用户提供的消耗品和设备的信息，请参阅ISEQ 100序列系统指南．
请参见设置顺序运行(本地运行管理器模式)或设置序列运行（手动模式）部分ISEQ 100序列系统指南．
要优化样本池进行实验，您需要知道样本的基因组大小，您想要的覆盖范围以及重复的百分比。推荐的Nextera DNA Flex库的读取长度为151个循环。的测序覆盖计算器可以计算可以池的样本数。
参考估算测序覆盖技术说明有关规划排序运行的更多指导。
还可获得以下资源:
最佳排序深度根据您正在运行的应用和您的实验目标而异。请参阅适用参考研究的文献。
如果您使用的是Nextera DNA CD索引，建议使用2×151 BP。如果您使用IDT for Illumina Nextera UD索引，请参阅Idt for Illumina Nextera UD索引支持页面。Illumina Nextera UD Indexes的IDT包含10个碱基对索引代码，可能需要进行调整来设置你的测序。
重新排列时，读取长度短于2x250可能是足够的。但是，对于德诺维组装，组装基因组可能难。
请参阅中的准备序列库和群集生成部分ISEQ 100序列系统指南．
Nextera DNA Flex的上样量为20 μl，上样浓度为200 pM。库自动变性成单链，并在仪器上进一步稀释。
有关更多信息，请参阅准备流单元格和库以及集群生成中的部分ISEQ 100序列系统指南．
查看技术公告PhiX Control v3库是什么？它在Illumina NGS中的功能是什么？
请参阅读取部分中的周期数ISEQ 100序列系统指南．
成对末端测序允许用户对片段的两端进行测序，并生成高质量、可对齐的序列数据。配对末端测序有助于检测基因组重排和重复序列元件，以及基因融合和新转录本。
因为对端读取更可能与引用对齐，所以整个数据集的质量会提高。Illumina所有下一代测序(NGS)系统都能够对端测序。
单读测序涉及只有一端测序DNA，是使用Illumina测序的最简单方法。通过使用专有的可逆终止剂化学和一种新型聚合酶，该解决方案迅速和经济地提供大量的高质量数据。
有关更多信息，请参阅Illumina网站和配对末端流量单元（工作流b）部分的双索引工作流程的索引测序概述指南．
图案化的流动细胞在流动池的两个表面上含有数十亿个纳米线。结构化组织甚至提供了测序簇的间距。
有关详细信息，请参见阵列流动单元技术网页，视频， 和技术报告．
指测序数据分析中的关键概念简介在网络研讨会上介绍和讨论Illumina测序数据分析的概念和一般方法。本次网络研讨会主要针对Illumina NGS的新用户，涵盖了基本的分析方法德诺维组装、RNA测序和SNP发现。讨论了实验设计的基本概念。
如果使用本地运行管理器进行分析，设备和计算要求可在安装部分中提供本地运行管理器软件指南．
需准备的数据如下:
参考比较德诺维组件的组装度量部分用Nextera DNA Flex库预备套件直接细菌菌落测序应用程序的注意。
覆盖图显示，与Nextera XT DNA方法相比，Nextera DNA Flex方法，包括直接殖民地方法，全部均衡覆盖的均匀性，无论哪种生物体或GC含量都有。
有关更多信息，请参阅全基因组覆盖的比较部分用Nextera DNA Flex库预备套件直接细菌菌落测序应用程序的注意。
你可以使用ISEQ 100系统样品表模板创建样品表。使用Basespace序列集线器运行监控和存储时，在手动模式下排序时需要样品表。下载和编辑样品表，然后在运行设置期间将其上载到控制软件。
有关运行设置的介绍，请参阅设置序列运行（本地运行管理器模式）或设置序列运行（手动模式）部分ISEQ 100序列系统指南．
查看序列的Nextera套件部分Illumina适配器序列文件和《Nextera工具包汇集指南》部分索引适配器汇集指南．
良好的索引表示表明，当每个库与其他库一起复用时，在流单元上接收到的覆盖率大致相同。这就转化为对给定实验结果的更统一的覆盖范围和准确性。
有关更多信息，请参阅索引表示和库插入大小比较部分直接菌落测序与Nextera DNA Flex Library Prep Kit应用注释
本地运行管理器是一个基于windows的Illumina台式测序数据软件，包括本地分析选项和运行和用户管理。的本地运行管理器网络研讨会提供本地运行管理器的概述，并针对新的和中级用户。有关更多信息，请查看本地运行管理器支持页面和本地运行经理概述在线培训课程．
有关设置本地运行管理器的信息，请参阅序列文件格式，用于数据分析网络研讨会的FASTQ处理工具， 和本地运行管理器介绍网络研讨会．
有关安装的系统最低要求，请参见《安装指南》中的“安装”章节本地运行管理器软件指南．
BaseSpace Sequence Hub是基于Illumina云的测序数据分析解决方案。有关主题的信息，如运行和项目之间的差异、使用数据以及共享数据，请参阅BaseSpace Sequence Hub网络研讨会．有关使用BaseSpace Sequence Hub的详细信息，请参阅BaseSpace Sequence Hub支持页面和使用BaseSpace Sequence Hub准备运行训练课程。
请参阅以下资源：
有以下分析应用:
微生物测序（用于分离物）：
第三方工具/软件（微生物学/孤立）：
| 资源 | 描述 |
|---|---|
| Nextera DNA Flex Library Prep参考指南 | 提供有关Nextera DNA Flex库准备的全面信息，包括详细的协议。 |
| Nextera DNA Flex库准备耗材和设备列表 | 与Nextera DNA Flex Library Prep kit使用的消耗品和设备的交互式列表。 |
| 索引适配器汇集指南 | 提供准备具有平衡指数组合的库的准则，用于在Illumina系统上测序。 |
| Illumina适配器序列文件 | 用于Nextera，Truseq，Trusight和AmpliSeq的Illumina适配器寡核苷酸（oligo）序列，用于Illumina图书馆预备套件。此信息仅供Illumina仪器使用。 |
| Nextera DNA Flex Library Prep支持页面 | 提供有关兼容Illumina产品的文档，培训资源，常见问题提问和信息。 |
| 资源 | 描述 |
|---|---|
| ISEQ 100序列系统指南 | 提供系统概述和用于操作和维护ISEQ 100排序系统的说明。 |
| iSeq 100测序系统设置海报 | 有关安装和设置ISEQ 100排序系统的说明。 |
| iSeq 100测序系统位点准备指南 | 提供实验室规范和要求为iSeq 100测序系统准备一个站点。 |
| 本地运行管理器软件指南 | 本地运行管理器软件概述以及在仪器计算机上安装分析模块的说明。 |
| ISEQ 100序列系统支持页面 | 提供有关兼容Illumina产品的文档，培训资源，常见问题提问和信息。 |