nextseq上的infinium甲基化阵列扫描
NextSeq控制软件（NCS）v4可在NextSeq 550系统上实现低/中吞吐量的甲基化粒子芯片扫描。虽然NCS v4兼容在NextSeq 500和550系统上使用，但只有NextSeq 550系统能够进行BeadChip扫描。
有关更多信息，请参阅Infinium甲基化珠芯片支持页面和Infinium甲基化试剂盒产品页在Illumina网站上。
阵列扫描nextseq与iSCAN
ISCAN专门用于扫描所有Infinium Beadchips。虽然ISCAN装置可以用自动加载器装备，以便于高通量扫描，但它不能序列核酸样品。NextSeq 550提供低/中通量Cytosnp和甲基化珠芯片扫描，而无需使用自动装载器，并且还提供高吞吐量排序。如果您计划专注于大型样本卷（> 5000样品/年）依赖于阵列，ISCAN是更好的选择。如果您计划不需要大容量的研究（最多5000个样本/年）并希望将测序合并到您的学习中，NextSeq 550是理想的。
NextSeq 550支持与ISCAN的甲基化分析相同的infinium工作流程和分析管道。Nextseq 550支持ISCAN可以处理的所有甲基化物质（新鲜样品，FFPE等）。
比较数据
NextSeq 550仪器之间的平台内差异可以忽略不计。我们还发现，在两台iScan设备和三台NextSeq 550仪器上获得的结果之间存在很强的相关性。R平方和β值在同一仪器类型内以及iScan和NextSeq 550之间显示出强烈的相关性。
扫描结果与ISCAN设备＃1相比
| 细胞系 | 新鲜的冷冻 | FFPE | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| r平方 | ％delta 20. | r平方 | ％delta 20. | r平方 | ％delta 20. | |
| iscan＃2 | 0.998 | 0.003 | 0.989 | 0.011 | 0.963 | 0.036 |
| 下一个问题#1 | 0.996. | 0.003 | 0.982 | 0.019 | 0.937 | 0.062 |
| 下一个问题#2 | 0.996. | 0.003 | 0.983 | 0.017 | 0.947 | 0.051 |
| 下一个问题#3 | 0.995. | 0.004 | 0.979 | 0.021 | 0.94 | 0.058 |
每个仪器中的光学系统的设计是不同的，其在NextSeq 550上以较低的测量强度表现出。强度的标准化导致精确计算NextSeq 550以及ISCAN的甲基化变化。我们的数据表明，不管强度如何，维持甲基化素的关键精度规格。0.2的样品之间的β值的差异可达到99％的置信度。NextSeq 550和ISCAN的β和强度值的比较表明，对于两种仪器类型，β值仍然可比。
与ISCAN设备相比，扫描几种NextSeq乐器的结果
虽然我们的数据显示NextSeq 550和ISCAN提供了可比的结果，但在不同环境中可以有实验或设备特异性细微差别，这些环境中的ISCAN设备和NEXTSEQ 550仪器之间的比较。在这些情况下，我们建议进行专用验证。
规范的数据
要将在NextSeq 550上生成的数据进行比较到来自ISCAN设备的数据，我们建议使用标准归一化算法将信号强度转换为Beta值。标准化应在分析之前消除信号强度差异的效果。如果要比较系统之间的数据，则适用相同的指导。
如果对NextSeq系统进行了定期维护，那么仪器的年龄对标准化方法或数据质量没有影响。
有公共存储库，包含使用ISCAN与甲基化珠拍进行的实验的IDAT文件。用于处理nextseq 550数据的相同的归一化技术可以与ISCAN收集的公开可用的原始数据一起使用。即使用信号归一化，Illumina也敦促任何具有历史ISCAN数据的比较结果在NextSeq 550仪器上验证。