一种有效的生物监测工具
环境DNA测序是研究生物多样性和监测生态系统变化的一种新兴方法。由于生物体将DNA释放到环境中，eDNA分析可以在不破坏生态系统的情况下提供物种的线索。eDNA的潜在应用包括港口监测、生物多样性调查、压载水测试、土壤测试等。
现代环境DNA测序方法允许在水生，土壤和其他样品中表征细菌和真核物种。在未来，EDNA测序承诺是生物监测和保护的重要工具。
环境DNA测序的好处
研究环境DNA的科学家通常分析给定样本中每个物种的微量DNA，而不知道所代表物种的类型或数量。通过下一代测序（NGS），您可以从单个样本中同时分析数千个物种。NGS还提供了检测环境中低水平eDNA所需的灵敏度。
相比之下，自然环境的身体调查需要手动数据收集，并且可以是破坏性的。传统的DNA方法，例如细菌克隆和Sanger测序，仅提供给定样品的有限快照。这些方法可能是耗时且昂贵的，并且对处理大或复杂的样品无效。
环境DNA测序方法
对于某些样品类型，使用环境DNA测序方法的组合可以帮助在生态样本中揭开多样性的全部宽度。
edna metabarcoding.
每一种生物都有一个独特的DNA序列或条形码。这个DNA条形码是一个高度可变的区域，分散在保守的基因组区域之间。eDNA元编码涉及到目标特异性的扩增和这些条形码的测序，通常是线粒体细胞色素氧化酶1 (CO1)或18S核糖体亚基。这些都是区分高级真核生物的有用方法。
16s及其偏见组学
环境Metagenomics通常依赖于测序16S或内转录的间隔（其）RRNA基因以分别用于检测细菌或真菌。16S及其RRNA基因测序都是熟悉的方法，用于将样品系统和分类法与环境样品进行比较。
亚博官网人口长程PCR
长程PCR可用于扩增大的DNA序列，如线粒体基因组。当更小的DNA条形码没有可用时，这些更长的DNA序列可以帮助区分物种。这种方法有利于对未被环境降解的DNA进行测序。
环境DNA分析的思考
- 生物体脱落不同率的DNA，这可能影响环境样品中相对丰度的测量。
- 环境DNA会因温度和其他因素而退化。
- 物种特异性DNA条形码的可用性取决于现有数据库的质量。
- 某些环境DNA取样、提取和储存方法比其他方法更容易受到污染。
- 应优化DNA提取方法，以确保检测低丰度存在的物种
- 策略分析设计是实现对特定靶标的选择性富集和避免物种间交叉反应的关键。
在七大洋航行进行一项史诗般的浮游生物研究
塔拉海洋探险队联合了一组研究人员，他们收集并分析了数百个海洋样本。
环境DNA测序协议
这些公开的协议支持多种环境DNA分析方法，从16S宏基因组学到eDNA代谢编码。
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