跳到内容

人类全基因组测序

对整个人类基因组的不偏不倚的看法

人类全基因组测序(WGS)提供了对我们遗传密码最详细的了解。WGS有能力评估基因组中的每一个碱基,并导航使我们独特的基因组变异的复杂性。

人类全基因组测序以前是一项具有挑战性的应用,现在是最简单的应用之一。文库制备、测序、生物信息学和变异分析的进步使从样本到报告在不到30小时内成为可能。无论你是在进行一个全面的基因组评估,还是使用基因组作为其他研究的基础,人类全基因组测序从来没有像现在这样容易。

基于人体WGS的综合变异检测

人类基因组是复杂的,从小的单核苷酸变化到大的染色体重排,以及几乎所有介于两者之间的变化。人类全基因组测序是在单一检测中检测所有这些变异类型的最全面的应用。1 - 8

变体类型包括:

  • 单核苷酸变异(SNVs)
  • 插入和删除(Indels)
  • 结构变异(sv)
  • 拷贝数变异(CNVs)
  • 重复扩张
  • 线粒体DNA (mtDNA)变异
  • 假字
快速全基因组测序工作流程

我们的快速工作流程包括无pcr文库准备、高精度测序和fpga加速分析,使用基因组评估平台进行变异分析和报告。

读白皮书

以工作流产品

Illumina DNA pcr free Prep
Illumina DNA pcr free Prep

为敏感应用(如人类全基因组测序)提供高性能、快速和集成的工作流程。

查看产品
NovaSeq 6000系统
NovaSeq 6000系统

可扩展的吞吐量和灵活性,几乎适用于任何基因组、测序方法和项目规模。

查看系统
TruSight软件套件
TruSight软件套件

一个全面的二级和三级分析平台,提供从序列到报告的体验。

查看产品

人类WGS的生物信息学创新

我们用于分析人类全基因组测序数据的很多软件都可以在开源平台上使用,这使得生物信息学社区可以合作、测试并最终改进这些工具。
SpliceAI

SpliceAI是一个深度神经网络,可以准确预测剪接连接。剪接突变在罕见疾病、自闭症谱系障碍和智力障碍中特别常见。9

视图开源
ExpansionHunter

ExpansionHunter可用于检测短串联重复序列的大规模扩增,这已被证明会导致脆性X染色体综合征、肌萎缩性侧索硬化症、弗里德赖希共济失调症、亨廷顿舞蹈症和其他疾病。10、11

视图开源
PrimateAI

灵长类ai是一种深度神经网络,使用了来自6种非人类灵长类物种的数十万种常见变体。它可以系统地识别人类的致病变异。12

视图开源
SMNCopyNumberCaller

脊髓性肌肉萎缩是由SMN1基因的丢失引起的,但由于SMN1和SMN2几乎相同,分析起来可能具有挑战性。该软件从人类全基因组测序数据中准确识别出SMN1和SMN2拷贝数。13

视图开源

科学家如何使用人体WGS

人类全基因组测序最佳实践

生病儿童医院的Christian Marshall博士解释了临床最佳实践如何帮助WGS诊断遗传疾病。

WGS推动罕见病研究创新

Matt Might博士是休考尔精确医学研究所的教授和主任。他的儿子伯特兰(Bertrand)是第一个确诊的患者NGLY1缺乏症,一种极其罕见的疾病。

从外显子到全基因组

DRAGEN平台嵌入在TruSight Software Suite中,使GeneDx能够扩展到全基因组分析并精确识别变体。

基因组洞见网络研讨会系列

请听该领域的专家分享他们的工作如何影响通过人类全基因组测序找到答案的能力。
看现在
用WGS调用cnv和sv

Andrew Gross博士和Shimul Chowdhury博士介绍了来自WGS的cnv和SVs的最新进展。

基因组最棘手的难题

Mike Eberle博士讨论了WGS生物信息学中调用重复展开和谬误的进展。

“全功能”基因组

Eric Rush医学博士和Tanner Hagelstrom博士,FACMG在罕见病诊断实验室中讨论了与WGS的综合变异呼叫。

NovaSeq 6000流单元灵活性

NovaSeq 6000系统提供了四种适合人类全基因组测序的流式细胞配置。当需要快速周转时,SP流池是单块WGS的理想选择,S1流池是三块WGS的理想选择。S2是两个或三个WGS三人组的快速、强大和划算的选择。S4提供了前所未有的吞吐量,支持16个40×覆盖率的WGS样品或24个30×覆盖率的WGS样品。每个NovaSeq 6000测序运行可以容纳一个或两个流程单元的灵活性和可扩展性。

视图工具

人类全基因组测序出版物

医学基因组计划

该联盟的成立是为了为临床全基因组测序的使用提供实际指导和支持标准的制定。

阅读刊物
WGS捕捉到多种致病遗传变异谱

本文比较了全基因组测序和染色体微阵列分析,以识别不同类型的遗传变异。

阅读刊物
WGS对服务不足地区罕见病的作用

iHope项目在墨西哥北部一个资源有限的畸形诊所展示了WGS的好处。

阅读刊物

相关解决方案

罕见的疾病基因组学

每2000人中就有1人患有罕见疾病。已知的罕见病有7000多种,而且每年发现的罕见病都在增加。

罕见病的人类WGS

全基因组测序有可能结束罕见疾病患者的诊断困难。

人口基因组学

人口基因组学项目将大规模基因组和临床数据整合到一个学习型卫生系统中,推动卫生保健创新。yobet亚洲

癌症全基因组测序

癌症全基因组测序有助于癌基因、肿瘤抑制因子和其他危险因素的分析。

非侵入性产前测试

NIPT分析来自母体血液样本的无细胞DNA,以筛查早在妊娠早期的某些染色体条件。

参考文献
  1. Lionel AC, Costain G, monfare N,等。与靶向基因测序面板相比,改进的诊断率表明全基因组测序作为第一级基因检测的作用。地中海麝猫。2018;20(4): 435 - 443。
  2. Sanghvi RV, Buhay CJ, Powell, V等。通过比较10个中心的外显子组和基因组测序数据,描述覆盖率降低的区域。地中海麝猫。2018;20(8) 855 - 866。
  3. Dolzhenko E, van Vugt JJ, Shaw RJ, Bekritsky,等。从无pcr全基因组序列数据中检测长重复扩增。基因组研究》2017;27(11):1895 - 1903。
  4. Gross A, Ajay SS, Rajan V,等。临床WGS中的拷贝数变异:罕见和未诊断疾病的部署和解释。遗传医学。2019;21(5):1121 - 1130。
  5. Alfares A, Aloraini T, Subaie LA,等。与全外显子组测序再分析相比,全基因组测序提供了额外但有限的临床应用。麝猫医学。2018;(11):1328 - 1333。
  6. Lindstrand A, Eisfeldt J, Pettersson M,等。从细胞遗传学到细胞基因组学:全基因组测序作为一线测试,全面捕捉了智力残疾背后的致病遗传变异的不同频谱。基因组医学。2019;11(1):68。
  7. 陈x,桑奇-胡安A,法国CE,等。脊髓性肌萎缩症的诊断和基因组测序的载体筛选。麝猫医学。2020;22(5):945 - 953。
  8. 陈曦,Schulz-Trieglaff O, Shaw R,等。Manta:用于种系和癌症测序的结构变异和内嵌的快速检测。生物信息学。2016;32(8):1220 - 1222。
  9. Jaganathan K, Kyriazopoulou Panagiotopoulou S, McRae JF,等。用深度学习预测初级序列的拼接。yobet亚洲细胞。2019;176 (3):535 - 548. - e24。doi: 10.1016 / j.cell.2018.12.015。
  10. Dolzhenko E, van Vugt JJFA, Shaw RJ,等。从无pcr全基因组序列数据中检测长重复扩增。基因组研究》2017;27(11):1895 - 1903。doi: 10.1101 / gr.225672.117。
  11. Dolzhenko E, Deshpande V, Schlesinger F,等。ExpansionHunter:一种基于序列图的工具,用于分析短串联重复区域的变化。生物信息学,2019,35(22):4754 - 4756。doi: 10.1093 /生物信息学/ btz431。
  12. 孙丹兰,高宏,Padigepati SR,等。用深度神经网络预测人类突变的临床影响[发表的修正出现在Nat Genet. 2019 Feb;51(2):364]。Nat麝猫。2018;(8):1161 - 1170。doi: 10.1038 / s41588 - 018 - 0167 - z。
  13. 陈x,桑奇-胡安A,法国CE,等。脊髓性肌萎缩症的诊断和基因组测序的载体筛选。麝猫医学。2020;22(5):945 - 953。doi: 10.1038 / s41436 - 020 - 0754 - 0。