通过多路复用增加容量
下一代测序(NGS)技术的进步极大地提高了测序速度和数据输出，导致了当前测序平台的海量样本吞吐量。利用这种增加容量的关键是多路复用，它在文库制备过程中为每个DNA片段添加独特的序列，称为索引。这允许在单个排序运行期间同时对大量库进行池化和排序。
多路复用带来的吞吐量增加增加了一层复杂性，因为在最终的数据分析之前，需要在被称为解复用的过程中对来自池库的测序读取进行识别和计算排序。然而，使用多路复用技术，无论使用的是库准备方法还是测序系统，都存在索引跳变的可能性。在解复用过程中，索引跳变可能会导致顺序读分配到错误的索引，导致不对中。
什么是跳指数?
索引跳变或索引切换是一种已知现象，它影响了NGS技术，因为开发了时间采样多路复用。1它会导致特定类型的错误分配，导致库从预期索引错误分配到不同索引（在多路复用池中）。
在使用的仪器上，可以看到指数跳变在略微升高的水平图案化的流动池排除放大化学与那些不使用模式流细胞。具有更高级别的免费适配器的库将看到更高级别的索引跳转。
影响是什么？
虽然索引跳变会发生，但它对大多数应用程序的影响有限，并且后台跳变读可以作为噪声被过滤掉。典型的指数跳跃水平在模式流单元系统范围0.1-2%，这取决于库的类型、质量和处理。使用唯一的双索引组合消除了从下游分析的跳读，因为意外的组合将被指定为未确定。
提示和最佳做法
为了最小化索引跳变的程度和影响，客户应该遵循以下准备库的最佳做法:
- 从库准备文件中删除免费适配器
- 在-20°C下单独存储库
- 排序前的池库
- 使用独特的双索引池组合（独特的i5和i7索引）
指数跳跃的缓解
Illumina正在扩大我们提供的独特双索引的数量，现在有24个和96个索引可用。独特的双重索引使研究人员能够删除意外的组合，只关注具有正确索引组合的“真实”数据。
以下产品与新的独特的双索引套件兼容:
Illumina还在开发一种酶解，这将有助于减少图书馆中免费适配器的水平。这一步发生在库生成之后，进一步降低了索引跳变级别。
补充资料
有关更深入的信息，请参阅以下参考资料：
- Nextera图书馆准备的最佳实践（视频）
- TruSeq样品制备的最佳实践（网络研讨会）
- NEXTERA DNA样品制备试剂盒（网络研讨会）
- 独特的双索引设计推荐策略（简报）
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参考文献
- Kircher M，Sawyer S，Meyer M.双索引克服了Illumina平台上多重测序的不精确性。《核酸研究》2012:2513–2524。