什么是配对端测序?
配对端测序允许用户对片段的两端进行测序，并生成高质量的、可对齐的序列数据。对端测序有助于检测基因组重排和重复序列元件，以及基因融合和新的转录本。
除了在库准备过程中产生两倍数量的读之外，以读对对齐的序列还能够更准确地进行读对齐，并能够检测插入-删除(indel)变体，这在单读数据中是不可能的。1Illumina所有下一代测序(NGS)系统都能够对端测序。
Paired-End测序了
- 简单的Paired-End库:简单的工作流允许生成独特的插入大小范围
- 有效样本使用:需要与单次读取基因组DNA或cDNA测序相同数量的DNA
- 广泛的应用范围:不需要DNA甲基化或限制性消化;可以用于亚硫酸氢盐测序吗
- 简单数据分析：支持具有短插入库的高质量序列程序集。对标准单读库准备过程的一个简单修改有助于在一次对端读取期间读取每个集群的正向和反向模板链。两个读取都包含远程位置信息，允许读取的高度精确对齐。
Paired-End DNA测序
对端DNA测序reads提供高质量的比对DNA区域包含重复序列，并产生长contigs从头通过填补共识序列中的空白进行排序。对端DNA测序还可以检测常见的DNA重排，如插入、缺失和倒置。
Paired-End RNA序列
配对末端RNA测序（RNA-Seq）使发现应用成为可能，例如检测癌症中的基因融合和表征新的剪接异构体。2
对于成对端RNA-Seq，使用以下试剂盒和替代分段协议，然后进行标准的Illumina成对端簇生成和测序。
对于mRNA-Seq库准备，使用:
对于链总RNA库的准备，使用:
单读排序
单读测序只涉及从一端测序DNA，是利用Illumina测序的最简单方法。此解决方案可快速、经济地提供大量高质量数据。对于某些方法，如小RNA序列或染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq），单读测序是一个很好的选择。
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参考文献
- 基于实验设计的序列读取档案中高通量测序数据的功能挖掘和表征。《公共科学图书馆•综合》。2013;8 (10):e77910。
- 王梓，格斯坦M，斯奈德M。RNA Seq：转录组学的革命性工具。Nat牧师麝猫。2009; 10:57 - 63。